Y叔带你画南瓜,糗世界带你画棒棒糖。他为了画好棒棒糖,写了个R包trackViewer,登上了Nature Methods
Ou, J., Zhu, L.J. trackViewer: a Bioconductor package for interactive and integrative visualization of multi-omics data. Nat Methods 16, 453–454 (2019) doi:10.1038/s41592-019-0430-y
trackViewer整合了Gviz,这样就可以把转录调控跟SNP画一起啦!
你感兴趣的人群之所以有特别的性状,有可能就是因为某个转录因子结合位点跟别人不一样呢~
把TCGA的ATAC-seq拿来,把Cistrome Database Browser上查到的转录因子ChIP-seq拿来,再把ENCODE的CLIP-seq也拿来,同一个区域平行对比这些高通量测序信号,可能有新发现呢~
上面这些图怎么画?
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