摘要
最近，越来越多的证据表明，长非编码RNA(LncRNAs)在人类肿瘤发生中起着重要作用。然而，lncRNAs在人类胃癌中的作用在很大程度上尚不清楚。
研究结果
图1
图1:通过生物信息学分析筛选HOXC-AS3。
A，B：原始微阵列数据从GEO下载，包括GSE50710(n=20)和GSE58828(n=6)。然后，使用RMAExpress对原始数据进行归一化和z分数转换。这些GEO数据集中前20个失调的lncRNA显示在a和b中。
图2
图2：胃癌组织中HOXC-AS3的鉴定和HOXC-AS3的表达及其临床参数和H3K4me3和H3K27乙酰化的获得可以激活GC中的HOXC-AS3。
A：使用TCGA数据库(来自TANRIC的数据)分析HOXC-AS3在GC组织(n=285)和非癌组织(n=33)中的表达。
B：通过RACE证实HOXC-AS3的全序列。用qRT-PCR方法在112对胃癌组织中检测到C HOXC-AS3。胃癌组织中HOXC-AS3的水平明显高于非肿瘤组织。通过从HOXC-AS3Ct值减去ΔCt值来确定GAPDH Ct值。较小的ΔCt值表示较高的表达。
D：HOXC-AS3在TNM分期晚期患者中的表达明显增高。高水平HOXC-AS3表达的E患者与低水平HOXC-AS3表达的患者相比，生存时间缩短(P<0.01，log-rank检验)。
F：Kaplan-Meier生存图显示高HOXC-AS3表达水平与GC患者(n=631)中较差的OS相关。
G：UCSC基因组生物信息学位点显示H3K4me3和H3K27Ac在HOXC-AS3的启动子处高度富集。芯片检测检测胃癌组织和细胞中HOXC-AS3启动子H3K4me3和H3K27Ac的水平。*P<0.05，**P<0.01
图3
图3：HOXC-AS3在体外调节GC细胞的增殖和迁移。
A：用qRT-PCR分析胃癌细胞系(SGC-7901，BGC-823，MGC-803和SNU-601)与正常胃上皮细胞系(GES-1)HOXC-AS3的表达水平。
B：MTT法检测HOXC-AS3过表达质粒和ASO转染后BGC-823和SGC-7901细胞的增殖情况。
C：转染过表达质粒的BGC-823和SGC-7901细胞的C EDU分析和HOXC-AS3的敲除。转染过表达质粒的BGC-823和SGC-7901细胞的D集落形成试验和HOXC-AS3的敲除。
E：Transwell比色法分别观察转染后BGC-823细胞迁移能力的变化。
F：转染后48h用流式细胞仪分析细胞周期。条形图表示G1-G0、S或G2-M期细胞的百分比，如图所示。
G：转染后48h，用流式细胞仪对BGC-823和SGC-7901细胞进行染色和分析。LR，早期凋亡细胞。UR，终末凋亡细胞。*P<0.05，**P<0.01。
图4
图4：HOXC-AS3在体内调节GC细胞的增殖和迁移。
A：将scramble或shHOXC-AS3稳定转染BGC-823和SGC-7901细胞，分别注射到裸鼠体内。每隔2天注射一次，计算肿瘤体积。肿瘤重量表示为肿瘤重量±S.D.(标准差)的平均值。qRT-PCR检测HOXCAS3的平均表达。免疫组织化学分析显示，来自shHOXC-AS3细胞的肿瘤Ki-67染色低于对照组。
B：通过将稳定转染HOXC-AS3的BGC-823细胞注射到裸鼠体内进行实验转移动物模型的分析。显示了每个实验组小鼠的肺，以及肺表面的肿瘤结节数量。全肺和HE染色肺切片的可视化。*P<0.05，**P<0.01。
图5
图5：HOXC-AS3与YBX1相互作用。
A：在细胞核和细胞质分离后，用qRT-PCR检测RNA表达水平。GAPDH作为细胞质标记，U6作为细胞核标记。
B：体外转录，下拉试验-MS和WB试验表明，去硫代异丁酰化-HOXC-AS3可以与BGC-823细胞中的YBX1结合。
C：对YBX1(来自Abcam的两种不同抗体)进行RIP实验，并对共沉淀RNA进行HOXC-AS3的qRT-PCR。HOXC-AS3在RIPs中的折叠富集与其匹配的IgG对照RIP有关。lncRNA MEG3为阴性对照。
D：使用一系列HOXC-AS3缺失映射构建物和RNA下拉WB分析，YBX1结合活性映射到HOXC-AS3的核苷酸115nt。
E：通过BGC-823提取物的RNA下拉建立图谱，并通过免疫印迹检测检索到的蛋白质。通过qPCR和western blot检测HOXC-AS3敲除后YBX1的表达。*P<0.05，N.S.，不显著。
图6
图6：HOXC-AS3的下游基因网络和HOXC-AS3和YBX1共享的一组共同的目标基因。
A：在BGC823细胞中敲除HOXCAS3YBX1后，基因转录本的均值中心的分层聚类改变(YBX11.5倍变化)，具有三个重复。
B：基因本体分析HOXC-AS3敲除后所有表达改变的基因。
C：GSEA显示响应HOXC-AS3敲除的基因富集于与细胞增殖和转移显着相关的基因集。
D：HOXC-AS3敲除差异表达基因的共表达网络分析。实线表示正的皮尔逊相关，而虚线表示负的皮尔逊相关。节点大小和节点颜色代表基因的共表达能力k-core，节点大小越大，k-core值越大。
结论
综上所述，我们的数据表明异常的组蛋白修饰激活的HOXC-AS3可能在胃癌的发生中起重要作用，并可能成为胃癌诊断和治疗的靶点。
DOI：10.1186/s13059-018-1523-0
参考文献
[1].Siegel R, Naishadham D, Jemal A. Cancer statistics, 2013. CA Cancer J Clin. 2013;63(1):11–30.
[2].Sugano K. Screening of gastric cancer in Asia. Best Pract Res Clin Gastroenterol. 2015;29(6):895–905.
[3].Catalano V, Labianca R, Beretta GD, Gatta G, de Braud F, Van Cutsem E. Gastric cancer. Crit Rev Oncol Hematol. 2009;71(2):127–64.
[4].Guttman M, Amit I, Garber M, French C, Lin MF, Feldser D, Huarte M, Zuk O, Carey BW, Cassady JP, et al. Chromatin signature reveals over a thousand highly conserved large non-coding RNAs in mammals. Nature. 2009; 458(7235):223–7.
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