chip-seq技术依托于高通量测序技术和生信分析的发展,可以在全基因组范围内分析DNA与蛋白质的相互作用,目前常用于研究转录因子,各种组蛋白修饰在基因组上的结合位点,和依托芯片的Chip-chip技术相比,chip-seq实验周期更短,更加高效,覆盖的基因组范围也更加广泛,是研究基因调控,表观修饰的利器之一。
本文整理了chip_seq分析相关的资料,首先是chip_seq的基本概念以及常用的质控指标
对于chip_seq而言,测序深度的可视化也是非常重要的一环
其核心分析内容,当然是peak calling了
得到peak之后,就是对peak区域进行注释
根据peak区域的序列,还可以进行motif分析,识别特定蛋白结合区域的序列
chip_seq发展了这么多年,已经积累了大量的实验数据和分析结果,公共数据库很多
chip_seq也常被用来研究增强子和超级增强子
chip_seq数据分析结果的好坏取决于实验的质量,一个好的文库是数据分析成功的前提,所以在chip_seq中质控的指标很多,只要保证实验的准确性和可靠性,才能分析得到有效的结论。
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