基因变异如何解读？9个步骤一个都不能少！

小拓讲基因

预知未来，才能改变未来，

从这里开始了解关于基因的一切。

今天小编与大家交流一下BRCA1/2变异解读的具体步骤，建议按以下的先后顺序进行数据解读，1~7为证据收集，8为综合分析，9为复核。

1、在人群数据库中是否有记录或者记录的人群频率

查询人群数据库记录（表1），根据人群数据库中的记录进行解读。

如人群数据库中记录该突变在任意人群中的等位基因频率≥1%，给予BA1证据，则该位点的临床意义分类为1-良性。

如人群数据库中无记录或等位基因频率＜0.03%，给予PM2证据。

2、分析突变类型

如变异属于LOF变异（Loss of function，功能丢失型），则其中移码突变、无义突变、经典±1或2 bp的剪接突变、大片段缺失突变应给予PVS1证据。

对于LOF突变，需注意以下几点：

基因3’端末端的LOF变异需谨慎解读，BRCA1第1855位氨基酸和BRCA2第3309位氨基酸后发生的无义突变或移码突变需要结合文献情况进行综合判断。

某些剪接位点变异（表2）也会有产生框内插入缺失的可能性，同时某些剪切突变被证明可产生可能修复BRCA1和BRCA2基因功能的自然存在的框内RNA异构体的变异，这些位点不能直接作为LOF变异。

3、查询突变数据库的报道情况

查询变异位点在突变数据库（表3）中的报道情况。

突变数据库可靠的记录为致病性/疑似致病性，给予PP5证据。

突变数据库可靠的记录为良性/疑似良性，给予BP6证据。

4、数据库中在编码区同一位置是否存在致病性变异

在编码区同一位置存在的致病性变异，如为相同氨基酸改变，给予PS1证据；如为不同氨基酸变化，给予PM5证据。

注意：如已知致病性变异为通过影响剪接而致病的，不适用于此部分证据。

5、查询文献

查找文献，找寻是否存在功能验证、临床药物实验、家系中共分离、疾病中发生频率等相关证据，如文献描述中存在表4所列的任一证据内容，则给予相应的证据等级。

6、计算预测

运用功能预测软件或剪切预测软件（表5）对位点进行功能预测。对同一突变类型，当预测软件的预测结果均一致时方可作为支持下证据，预测结果最好经过实验性研究的验证，否则不适合作为唯一证据。

7、其它相关证据查询

收集患者的病史、家族史等信息进行判断。

8、分类判断

整理位点的所有证据，根据ACMG的分类标准，得到该变异位点的最终判读结果。

9、复核

对于收集的证据以及最终的人工判定结果，必须提交至解读审核小组（小组成员至少三人）进行讨论与复核，以返回的意见为最后结论。

BRCA1/2基因变异位点解读过程，需要花费大量的人力来确保输出结果的准确性。厦门艾德生物自主研发的高通量测序数据分析系统，整合了多个专业数据库及本地数据库，所有收录位点均经过专业生信人员人工复核，实现了一键式完成测序下机数据分析，可以节约90%左右的人力成本，为客户提供专业高效的服务。