ggcor0.9.7这不来了

持续一个月，该来的更新总归会来的，和0.9.6相比，内容基本保持了稳定，主要是新增和删减，这一轮的核心是热图注释，新增的内容如下：

1. 注释

• anno_row/col_custom()——直角坐标自定义行列注释；

• anno_row/col/heat()——极坐标行列热图注释；

• anno_hc_bar()——聚类条形注释；

• anno_row/col_tree()——原anno_tree()拆分成两个，增加了进化树（不是很完美）支持。

• anno_bar/bar2/boxplot()——直角坐标柱状图和箱线图注释。

2. 随机森林（rand_forest()）/回归（calc_relimp()）方面的支持（焦硕相关文章统一实现）

3. 自由注释解决方案（借鉴了Y叔aplot包，我的方案更适合配合ggcor使用）

删除的内容也很多，好比原来对于上下三角使用不同映射颜色的图层函数，全部删除了，替代方案是在包里新增了geom_anno_tile()和geom_anno_tile2()，这两个函数也是anno_row/col/heat()的底层函数。

这仅仅是一份更新说明，更多详细的解释我们会慢慢更新。

安装

最新是0.9.7，有兴趣的自行更新。

## install.packages('devtools')devtools::install_github('houyunhuang/ggcor', force = TRUE)

packageVersion('ggcor')

## [1] '0.9.7'

注释

直角坐标注释

library(ggcor)dd <- rand_correlate(20, 12)dd2 <- data.frame(x = sample(colnames(dd[[1]]), 200, replace = TRUE),                  y = sample(rownames(dd[[1]]), 200, replace = TRUE),                  group = sample(LETTERS[1:3], 200, replace = TRUE),                  value = rnorm(200))dd3 <- data.frame(x = colnames(dd[[1]]),                  y = sample(2:30, 12))dd4 <- data.frame(x = rownames(dd[[1]]),                  y = sample(2:30, 20))p <- quickcor(dd) + geom_square()p + anno_bar(dd2, aes(x))

p + anno_bar(dd2, aes(y = y, fill = group))

p + anno_bar2(dd3, aes(x, y), flip = TRUE, pos = 'bottom')

p + anno_bar2(dd4, aes(y, x), flip = TRUE, pos = 'left', width = 0.4)

p + anno_boxplot(dd2, aes(x, value, fill = group))

p + anno_boxplot(dd2, aes(value, y), pos = 'right', width = 0.35)

极坐标注释

library(ggplot2)dd5 <- rand_dataset(10, 120) %>%  gcor_tbl(cluster = TRUE)dd6 <- rand_dataset(3, 120, col.names = LETTERS[1:3]) %>%  gcor_tbl(cluster = TRUE, 'LETTERS')dd7 <- rand_dataset(10, 3, row.names = letters[1:3]) %>%  gcor_tbl(cluster = TRUE, 'letters')quickcor(dd5, inner = 1.2, outer = 0.8, open = 45, circular = TRUE) +  geom_colour(aes(fill = value), colour = NA) +  anno_row_heat(dd6, aes(fill0 = LETTERS), width = 1.2) +  anno_col_heat(dd7, aes(colour = letters), height = 1.2, geom = 'point') +  anno_row_tree(bcols = c('#E41A1C', '#377EB8', '#4DAF4A')) +  anno_col_tree() +  set_p_xaxis() +  set_p_yaxis() +  scale_fill_distiller() +  scale_fill0_gradientn(colours = red_blue()) +  scale_colour_viridis_b()

一般化注释

dd8 <- rand_dataset(12, 20) %>% gcor_tbl()dd9 <- data.frame(x = paste0('var', 1:12), y = sample(2:30, 12))p <- ggplot(dd9, aes(x, y)) + geom_col() + remove_x_axis()ggplot(dd8, aes(.col.names, .row.names)) + geom_point(aes(size = value), colour = 'grey35') + anno_col_custom(p, height = 0.3) + theme_bw() + theme(axis.title = element_blank())

小结

没啥小结的，提前祝各位儿童节快乐。