晚年的杰弗逊，大部分时间都生活在沮丧中，但是，尽管有诸多不幸的折磨，杰弗逊心中那团追求自由的理念之火一直没有熄灭，哪怕面对冷漠，哪怕面对敷衍。
杰弗逊退休后，就曾向弗吉尼亚州议会提出发展教育的一揽子建议。杰弗逊的这个建议太过庞大，议会根本拿不出那些钱，只好勉强同意成立一个委员会，对建立弗吉尼亚大学的提议进行论证。杰弗逊抓住这个机会，不仅自己亲自主持这个论证会，还把刚刚从总统位置上退下来的麦迪逊拉了进来，以确保论证获得通过。
从1817年开始，杰弗逊就全身心地投入到弗杰尼亚大学的创建中。杰弗逊亲切地称这所大学为我们的“学术村”。
弗吉尼亚大学完全是按照杰弗逊的自由的理念创建的。
杰弗逊一直主张，无拘无束的思索和探究的自由，坚信这种自由将会为社会带来众多的益处。他一直认为教规教会是对这种自由的极大限制。因此，杰弗逊坚决否认弗杰尼亚大学与任何教会的隶属关系——当时几乎所有美国的大学都是特定教派的神学院——而杰弗逊在这所大学里则完全禁止教授任何神学。
在教学上，弗杰尼亚大学放弃了美国大学中大多数规定和课程，让学生可以自由地选择自己想学的课程，拒绝不想学的东西。学校也没有单独的行政机构。学校由教师和学生合作管理，监事会监督运行。威廉·沃特是一位著名的传记文学作家，当听说他愿意来学校授课时，杰弗逊很高兴。但是，当他得知，沃特的要求是想担任大学的校长时，杰弗逊阻止了这个聘任。弗杰尼亚大学不需要一个行政管理者。根据杰弗逊的愿望，弗杰尼亚大学在1904年以前，一直没有任命过校长。他的要求就是去除权威，打破常规。
在校园的规划设计上，杰弗逊要在学校中营造一种家庭般亲密自由的氛围，围绕一块公共用地或草坪建造相互独立而位置邻近的住宅。美国的大学通常采用的是一座独立的大楼，看上去像一座堡垒，杰弗逊的理想是想在他的大学重现新英格兰乡村自治的亲密与和谐。教授和学生住的地方相隔不远，教授住所的两侧沿着石柱廊便是学生的宿舍，像是一个大家庭。教授是学生的准父母和监护人。如果“学术村”代表了田园生活，是和谐生活的本质体现，那么家庭就是乡村里最重要的部分，在这里大家充分了解，相互关爱，每个人都可以将纪律潜移默化地内化于心，获得完善。
弗杰尼亚大学1825年建成招生，1826年7月4日，美国建国五十年国庆日，杰弗逊以83岁的高龄与世长辞，完成了他心目中最后一项追求自由的事业。
所以，尽管杰弗逊已经远离人们而去，但是，他那种执着的追求自由的精神，一直激励着美国人民，形成了影响世界的美国梦。
由此，我们也就理解了，在杰弗逊波澜壮阔的一生中，他为什么选择了这样三件事刻在自己的墓碑上，让美国人民世世代代铭记。
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