一、加强保健栽培防病
（1）选用抗耐病品种。种植抗病品种是防治小麦茎基腐病的有效措施，各地要根据近年田间观测和抗性鉴定情况，选择种植适合当地条件的小麦茎基腐病抗耐病品种，或抗逆性强的品种。
（2）合理轮作。常年发病较重的小麦-玉米连作区，每隔2—3年，玉米与大豆、棉花、花生、蔬菜等作物进行轮作，切断菌源连续积累的途径，降低小麦茎基腐病发生危害。重病田改种大豆等经济作物。
（3）适当深翻。小麦—玉米连作秸秆还田地块，秸秆尽量打碎腐熟还田，播前土壤深翻，深度约30厘米左右，将表层秸秆或残留物翻至土层下，压低病原菌基数，降低病害发生危害。每隔3年深翻一次。
（4）适期晚播。各地应根据当地小麦茎基腐病发生和天气情况，适当推迟小麦播种时间5—10天，晚播地块需要适当加大播种量并控制播种深度，适宜的播种深度为3—4厘米。
（5）精耕细管。土地深翻后，耙细整平。合理施肥，忌偏施氮肥。天气干旱有利于发病或加重病情，田间管理中需注意及时浇水。盐碱地区采用深层地下水浇地易导致发病加重，宜采用地表水灌溉。
二、加强种子处理
秋季小麦播种后至越冬前是小麦茎基腐病菌侵染的关键时期，采取种子包衣或拌种处理是有效预防发病的关键。可结合小麦其他病害的预防，选用含有咯菌腈、戊唑醇、种菌唑、苯醚甲环唑、吡唑醚菌酯、氰烯菌酯、丙硫菌唑、氟唑菌酰胺等成份的药剂进行种子处理，对小麦茎基腐病的发生具有良好的兼治效果。如采用苯醚·咯·噻虫悬浮种衣剂、戊唑醇·吡虫啉悬浮种衣剂、或吡唑醚·灭菌唑种子处理悬浮剂包衣或拌种处理小麦种子，在防治小麦散黑穗病或纹枯病的同时，对小麦茎基腐病也有较好的兼治效果。另据田间部分省试验结果，如三氟吡啶胺等一些新型药剂防效较好，各地可在进一步试验的基础上，逐步扩大示范应用面积。
三、加强返青期施药预防
在小麦返青早期施药可进一步控制茎基腐病的危害。可结合小麦纹枯病等苗期其他病害的防治，可选用含有戊唑醇、氟唑菌酰羟胺、丙环唑、嘧菌酯等成份的药剂喷施小麦茎基部。如采用戊唑醇、氟唑菌酰羟胺、丙环·嘧菌酯、甲基硫菌灵、氰烯·己唑醇、氰烯·戊唑醇等喷雾预防返青期纹枯病、白粉病等的同时，可起到兼防茎基腐病的效果。同时，施药时注意调低喷头高度和方向，适当加大用水量，重点喷小麦茎基部，防治效果更为明显。
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