土壤中微生物的种类较多，有细菌、真菌、放线菌、藻类和原生动物等。数量也很大，1克土壤中就有几亿到几百亿个。大部分土壤微生物对作物生长发育是有益的，它们对土壤的形成发育、物质循环和肥力演变等均有重大影响，当然也有那么些不被人喜欢的致病微生物。正是有了它的的默默耕耘，大地才会有春华秋实的生生不息。
首先：土壤微生物可以形成土壤结构；
土壤并不是单纯的土壤颗粒和化肥的简单结合，作为土壤的活跃组成分,在自己的生活过程中，通过代谢活动的氧气和二氧化碳的交换，以及分泌的有机酸等有助于土壤粒子形成大的团粒结构，最终形成真正意义上的土壤。土壤微生物的区系组成、生物量及其生命活动对土壤的形成和发育有密切关系。
其次：土壤微生物最显著的成效就是分解有机质；
比如作物的残根败叶和施入土壤中的有机肥料等，只有经过土壤微生物的作用，才能腐烂分解，释放出营养元素，供作物利用，并形成腐殖质，改善土壤的结构和耕性。
然后，还可以分解矿物质，代谢产物能促进土壤中难溶性物质的溶解。例如磷细菌能分解出磷矿石中的磷，钾细菌能分解出钾矿石中的钾，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也离不开它。
另外：土壤微生物还有固氮、防病、促进生长的作用；
在植物根系周围生活的土壤微生物还可以调节植物生长，植物共生的如根瘤菌、菌根和真菌等能为植物直接提供氮素、磷素和其他矿质元素的营养以及有机酸、氨基酸、维生素、生长素等各种有机营养，促进植物的生长。
土壤中各种微生物之间有互惠互利的，也有相互敌对的。例如，土壤中存在一些抗生性，他们能够分泌抗生素，抑制病原的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中的病原微生物对作物的危害，所以，土壤中的微生物其实也有不利的一面。
最后：微生物还可以降解土壤中残留的有机农药、城市污物和工厂废弃物等
它能把有机农药、城市污物和工厂废弃物等分解成低害甚至无害的物质，降低残毒危害。当然，这些所有的功能都是由不同种群的来完成，每一个功能的实现也需要有大量的微生物共同工作才行。
那么人类怎么利用好土壤里的微生物为我们服务呢？
你可能会想，要是能让他们听人类的话，想要他们干什么，他们就发挥什么功能就好了。嗯，没错，科学家们也是这么想的。现在，在医药卫生事业、工农业生产上，已经有大量应用的例子。就拿土壤中的来说吧，通过开发和筛选有效菌种，培育高效菌种，我们可以修复污染的土壤、生产菌肥、生物农药等等。
为了充分开发（特别是细菌）资源，1994年美国发起了微生物基因组研究计划（MGP）。通过研究完整的基因组信息开发和利用微生物重要的功能基因，不仅能够加深对微生物的致病机制、重要代谢和调控机制的认识，更能在此基础上发展一系列与我们的生活密切相关的基因工程产品，包括：接种用的疫苗、治疗用的新药、诊断试剂和应用于工农业生产的各种酶制剂等等。
通过基因工程方法的改造，促进新型菌株的构建和传统菌株的改造，全面促进微生物工业时代的来临。
到那时，土壤不再是黑箱，而是一个可以看得见的、摸得着的系统，在许多年以来土壤微生物学家所面临诸多问题就可以解决了。土壤管理者可根据实际情况，通过各种措施，有目的的调理土壤微生物数目和种类，制定农业生产措施；也可以根据土壤微生物客观条件制定耕作制度。通过改进施肥、栽培制度、人为引入等措施，来恢复原有的群落或增加某些功能，从而抑制作物土传病菌、提高土壤微生物多样性，有助于土壤生态肥力的提高，从根本上防治作物土传病害、连作障碍。
正是如此，土壤离不开微生物，所以改良土壤方面，我们就要从微生物方面下手。
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