土壤动物是农田生态系统的重要组成部分，它们通过食物链，以植物残体、微生物、腐殖质和水等作为营养物质不断从环境中吸收养分，同时将体内未被消化的物质排出，在微生物的综合作用下再转化为土壤养分并被植物吸收利用，对土壤性质改良及农田生态系统物质循环和能量流动具有举足轻重的作用。
作为自然农法及有机农业从业者对“秸秆覆盖法”一定不陌生，它不仅在抑制杂草、提高土壤有机质方面效果显著，更重要的是它能显著影响土壤动物的组成和结构，增加土壤动物种类，提升土壤动物多样性，并以此来间接促进土壤环境的改善。
西南大学张赛博士为研究秸秆覆盖对土壤动物的影响，在中国重庆西南大学教学农场，连续6年实行小麦-玉米-大豆（红薯）旱三熟套作体系，采用以秸秆覆盖为主的保护性耕作栽培研究。研究表明，在不同农业生态系统中，秸秆覆盖对果园土壤动物的影响程度最大，菜地次之，农田较小。在无秸秆覆盖的情况下，化肥农药对土壤动物的影响程度较大；而在有秸秆覆盖条件下，营养物质能量来源对土壤动物的影响起主要作用。
在无秸秆覆盖的条件下，长期施用化肥农药的土壤中，尽管仍存在土壤动物，但是相较有机农业区减少了近73%，土壤动物多样性严重下降。施肥杀死了一些土壤微生物，除草则改变了土壤小环境，依附于杂草的土壤微生物减少，以微生物为食的土壤动物随之减少。
秸秆覆盖有利于土壤动物种类和数量的增加，使土壤动物多样性指数明显高出对照区（未秸秆覆盖）42%；相较常规栽培（化肥农药区），以有机及自然农法种植的果园土壤动物增加的幅度最大，约为9.3倍，稻田土壤动物增加了2.9倍；这可能是因为掉落的果实加速了秸秆分解，土壤中的营养物质丰富了，促进了土壤微生物及土壤动物活动。
在南瓜栽培采用秸秆覆盖也发现，地表和土壤中的动物活动更频繁，覆盖物下的土壤呼吸也更加强烈，这可能是因为土壤中更为活跃的微生物活动。而且与裸露田块相比，在秸秆覆盖的田块中，南瓜感染白粉病和其他真菌性病害的几率也有所减少。
对农业生产而言，小麦（或大麦等）及水稻秸秆是来源广且有效的覆盖物，在无秸秆时，我们也可在农作区域边种植小麦（或大麦、黑麦等），麦子的根系会深入地下改善土质，麦子长成后将秸秆进行覆盖，根系在土壤中仍能为土壤动物和微生物提供食物。
除了麦子及水稻秸秆，干草、落叶、树皮、锯木屑、海藻以及豆科植物的茎秆也可作为覆盖物。在使用木屑时，应先在木屑下面先施一层天然氮源（如青草，菜叶等），以便促进木屑分解。在铺设覆盖物时，落叶、干草之类蓬松的覆盖物需要铺设10-15厘米，而泥炭苔、树皮、锯木屑之类的覆盖物铺设5厘米，以看不见土地为益。
在高温高湿的环境下，秸秆被霉菌分解时会产生高温。因此，在铺设覆盖物时应注意：不要让覆盖物碰到菜茎，避免发酵产生的高温伤害作物。另外在秸秆被分解80%左右时（即覆盖秸秆处很明显能够看见裸露的地面），再铺盖新的秸秆。
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