小麦茎基腐病主要由假禾谷镰孢菌 （Fusarium pseudograminearum）、禾谷镰孢菌 （Fusarium graminearum）等病菌综合侵染引起的真菌病害，该病一旦侵染，小麦分蘖减少，病株矮弱，穗粒数减少，粒重降低，后期易形成枯白穗，减产严重。该病源菌可在土壤中存活，随农事操作及流水传播蔓延。随着种植制度和耕作方式变化，近年来小麦、玉米双季秸秆大量粗放还田，对病原菌越冬越夏极为有利，为该病大面积发生积累充足菌源，逐年呈快速上升加重趋势，成为制约小麦生产的重大病害，对粮食安全构成重大威胁，一定要早期预防，加强防治。
一是选用良种。选择抗耐小麦茎基腐病品种，或抗逆性强的品种，产量、品质等特性优良，质量符合相关标准。自留种时，要注意规范去杂、去劣。
二是合理轮作。常年发病较重的小麦-玉米连作区，根据当地实际，每隔2-3年，玉米与大豆、棉花、花生、蔬菜等作物进行轮作，切断菌源连续积累的途径，降低小麦茎基腐病发生危害。
三是适当深翻。小麦-玉米连作秸秆还田地块，玉米收获时，秸秆尽量打碎还田或机械化收集打捆清除田外，播前土壤深翻，深度约30cm左右，将表层秸秆或残留物翻至土层下，压低病原菌基数，降低病害发生危害。每隔3年深翻一次。
四是适期晚播。根据小麦茎基腐病发生情况、气候条件和耕作实际，适当将小麦播种时间推迟10天左右。山东各地最晚播种时间不宜迟于10月20日，即霜降前3-4天。晚播地块宜加大播种量。
五是精耕细管。加强田间管理，精耕细作，健身栽培。深翻后，耙细整平，表层土壤尽量平整，小麦播种深度均匀合理，降低病菌侵染机率。合理施肥，忌偏施氮肥，追肥可采用滴灌式，降低肥害机率。干旱、涝洼易发病或加重病情，需及时浇水和排涝。盐碱地区深层地下水加重发病，宜采用地表水灌溉。
六是种子处理。秋季小麦播种后至越冬前是小麦茎基腐病菌侵染关键时期，保苗是防病关键，主要采取种子包衣或拌种技术。可选用含有咯菌腈、戊唑醇、苯醚甲环唑等成份的药剂处理种子。百公斤种子可用27%苯醚·咯·噻虫悬浮种衣剂300ml、或32%戊唑醇·吡虫啉悬浮种衣剂500ml、或48%苯甲· 吡虫啉悬浮种衣剂400ml等，包衣或拌种，或27.2%氟环菌·咯菌腈·噻虫嗪种子处理悬浮剂等拌种，兼治地下害虫、蚜虫等。或百公斤种子用1亿活芽孢/克枯草芽孢杆菌微囊粒剂300-400g，或用1亿孢子/克木霉菌水分散粒剂2.5-5kg，进行拌种。
七是药剂防治。返青早期施药，或翌年一开春，尽可能在春分前喷药防治。胶东地区可根据当地气候适当延后。可选用含有戊唑醇、氰烯菌酯、氟唑菌酰羟胺、丙环唑、嘧菌酯等成份的药剂喷施小麦茎基部。可亩用80%戊唑醇水分散粒剂10-12g，或200g/L氟唑菌酰羟胺悬浮剂50-65ml，或18.7%丙环·嘧菌酯悬乳剂30-60ml，或48%氰烯·戊唑醇悬浮剂40-60ml，对水喷雾。施药方式可采用背负式人工喷雾或自走式施药器械喷雾，操作时注意调低喷头高度和方向，适当加大用水量，重点喷小麦茎基部。
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