顺治二年(1645)，江龙据大埔县城，刘良机据三河镇。
顺治三年(1646)，吴六奇（吴勾公）率兵攻下三河，杀刘良机后又击败江龙，收复大埔县城。
顺治五年(1648)，吴六奇复以大埔之地归明。
顺治六年(1649)，镇将江龙乘吴六奇出师潮州，再度占据大埔县城，惠潮巡抚王芊讨之，不克。
顺治七年(1650)，清廷派尚可喜克韶州，吴六奇与郝尚久迎降归清。
顺治八年(1651)，清廷派阮国平为大埔知县。
顺治十三年(1656)秋，大丰收。
康熙三年(1664)，福建省平和县大溪里蔡满有军功，将出任惠州协镇。为筹措盘缠，竟绑架诏安县秀篆乡富豪丘满观索取赎金千元。事为大埔木窖村民黄伊日、黄伊萃侦悉，乃集乡民20多人，于大埔咸水溪伏击蔡满，尽掳蔡满主仆8人。满妻投诉于饶平镇总兵吴六奇。知县禹昌允奉命围歼黄伊日等。黄等尽集楼中抗拒官兵，不敌，黄伊日等以积薪引火自焚，村中男女1000多人全部烧死。吴六奇改木窖村（今双溪乡木窖村）为沐教村。
是年，大水，较明天启元年(1621)水高尺余，民房漂荡甚众。
康熙七年(1668)，大水，冲崩沿岸土堡，百侯鸣凤楼被冲毁，湖寮土围一座崩塌，民房崩塌无数。
康熙十一年(1672)正月，下雨夹雹，雹如石砾。
康熙二十五年(1686)，宋嗣京修、蓝应裕纂《埔阳志》6卷。今存刻本（北京图书馆）。
康熙二十九年(1690)十一月，大水。
康熙三十三年(1694)闰五月壬午，大水涨至学前坎下。
康熙三十四年(1695)冬，恭州村演戏，时属黄昏，有二虎衔去二人。此后，双虎继续在黄坑、高陂、大麻、党溪、三洲等地为患。至三十七年，各乡死于虎患者80余人。
康熙三十五年(1696)，米贵民饥。
康熙三十六年(1697)，大饥，饿殍无数。
康熙三十七年(1698)春，恭州二虎互搏自毙。
康熙四十年(1701)六月，大水，县城居民漂去十之六七，三河镇店铺被冲毁十分之九，百侯溪南岸，楼屋俱淹。
康熙四十一年(1702)夏，大雨夹雹下，白如蚕茧，平地水盈数尺。
康熙四十九年(1710)二月，大雪。
康熙五十年(1711)正月初八日，百侯火灾，毁店100多间。
是年，春夏饥。
康熙五十一年(1712)春寒，淫雨百日。五月，大水。
康熙五十二年(1713)四月，大水，淹至学前石狮座盘；五月，大水又至学前平阶，民房多圯。
康熙五十七年(1718)五月，大水至学宫前。
康熙五十九年(1720)正月，大雪折树。
道光十一年(1831)，地震。
道光十二年(1832)，连年荒歉，民大饥，掘草根、剥树皮以食，道上乞丐倒毙屡见。
道光十三年(1833)五月廿七日，大水为灾，水浸入城，八夜未退。百侯淹塌大土楼3座，店铺100多间，大小房屋无数，溺死200多人。同仁水淹圯房屋1000多座，死亡1000多人，河岸村落房屋人畜尽为洪流席卷。
是年，大饥荒，饿殍遍野，地方不靖。
道光十七年(1837)，高陂张杨泉开始从暹罗“走水”（称水客），为大埔县收侨汇回国的第一人。
道光二十二年(1842)七月初七晚，大水，浸至圣殿后明伦堂墀下，退后初八复涨，十二日复退，衙内谯楼、监仓、民房倒塌十之六七。
道光二十三年(1843)七月十五日，大水，浸至城门墀下，三河、大麻、高陂水患尤甚。
道光二十四年(1844)三月，大风，下雨夹雹，县署曾家祠石华表倒塌，仙基坪合抱大树100多株被折。
道光二十六年(1846)二月，大雨夹雹，印山大树被大风连根拔起。
咸丰三年(1853)六月二十日，水涨，浸至圣殿半龛，二十七日才退。
咸丰六年(1856)十月，虫食麦苗殆尽。
咸丰七年(1857)，大饥，开仓平粜。
咸丰九年(1859)二月，太平军一部由石镇吉领导，自龙岩永定到大埔，占领县城。各乡义勇队反击县城，石军卸下民房门板作浮桥撤退，正渡河，遇大雨，水骤涨，溺死者甚多。余众渡河后由坪沙经松口往嘉应而去。
同治三年(1864)八月，因淫雨、崩山，高陂畲客窠山崩数十丈，窠底发现100多株大树，大可合抱，小径尺余，质坚、色黑，乡人取来制家具。
是年十月，太平军侍王李世贤、康王汪海洋率部陷大埔，后进据福建之汀州、漳州。
同治四年(1865)四月十二日，太平军由康王汪海洋率领（约10多万人）进入大埔，在小靖与参将郑绍忠打了一仗，太平军死伤700余人，败退撤至镇平（今蕉岭）。
是年九月，太平军汪海洋部在江西受挫折，返福建平和、广东饶平后又复回师大埔，因清廷闽、浙总督左宗棠统大兵由闽下驻防大埔城花园墩，粤东炮船十数艘由左督师扼驻三河。由于太平军没有及时攻占兵家必争之地——三河坝，以致败亡。
同治六年(1867)，百侯乡人赴大塘市，途遇暴雨，奔避船中，船小人多，溺死36人。
同治八年(1869)三月，下大雨夹大雹，坪沙、太宁、长治、长富、永青、石上六甲民房瓦顶多被打碎。
同治十二年(1873)，张鸿恩修、饶于磐纂《大埔县志》18卷，卷首1卷。
光绪十六年(1890)八月，高陂镇发生火灾，从午时起，烧至戌时，大火延及上街、下街、后街、柴行街，烧毁店铺100多间。
光绪十八年(1892)十一月二十八日起，严寒，水皆成冰，深山穷谷，积雪二三尺许，至翌年四月始消，草木多陨，人畜冻死甚众。
光绪二十年(1894)四月，洪水，城内黄氏存耕堂后楼被冲塌，死19人。
光绪二十四年(1898)，大旱，百侯禾稼无收。
光绪二十六年(1900)，萧启元、詹润生倡募慈善基金，以款交商家生息，设同善堂施棺木医药。
光绪二十七年(1901)八月，大旱，至翌年四月共8个月未下雨，溪水干涸，田地失耕，三河往旧寨、东文部均可涉足过江。
光绪二十八年(1902)春夏间，高陂三洲乡鼠疫蔓延，死60多人，至五月中旬始息。
光绪三十年（1904）六月，水灾，大麻社银溪沿岸桥路田地半数遭冲圯，溪口商店崩塌数间，李子坪山崩，龙颈凹桥毁。
是年，张龙云、张际云、饶熙、彭荫芗、邹鲁等人创办乐群中学。民国3年(1914)改名大埔县立第一中学（今大埔中学）。
光绪三十一年(1905)，创办在城官立高等小学堂，公立仰文、永青高等小学堂，坪沙丘氏两等小学堂，埔北两等小学堂，洲田刘氏初等小学堂等。
光绪三十二年(1906)十一月，三河城天花流行，几十名儿童染病死亡。
是年，创办三河医局。永兴甲戴芷汀每年捐资250元为常年经费用以施医、施药。
宣统二年(1910)夏，三河天花流行，有几十名儿童染病身亡。
是年六月十四日，高陂内山数百人集队反对钉门牌，到高陂仰文学校（今高陂中学）烧图书器具，烧掉黄、李两姓人住房两座，抢捣廖某商店l间（当时因为省咨议局议员罗文光回籍在仰文学校设宣讲所，乡民认为钉门牌即收人头税，宣讲所即为抽收人头税机关）。县令胡良铨驰请府道派兵镇压，后经胡知县与各乡绅士多方斡旋，风波方息。
宣统三年(1911)三月，三河鼠疫流行，染疫死亡者140多人。
是年七月，水灾，在城之汀江、漳河、靖河三水同时暴涨，浸入县署二门，五日始退，其水位超过道光二十二年和咸丰三年。华侨曾捐款赈济。
是年秋，革命军光复大埔，成立县政府。
是年十月，乡人陈乔谷驱逐巡检李嘉颖，自称都校。
是年十一月，江西、广东、福建三省的三点会头领林嵩山到三河强迫商民入会，被管带蓝揆芳当场击毙1人，擒11人，解汕处决，林嵩山中途逃逸。
是年十二月，由高陂罗云石、枫朗罗子衡集股购买的铁底船大埔第一艘小轮船“捷安”号开航。
是年冬，县令胡良铨见清廷大势已去，表示愿意交出公文钤印，十三区自治会代表决议成立临时政府，选张龙云为民政长。地方地痞趁机骚扰，胡良铨也乘机逃逸，临时政府无形瓦解。后，全县公民大会改推张秩卿为民政长（未就任）。十月，安抚使熊长卿派管带刁其昌驻埔城，众推刁其昌为临时县长，局势暂告安定。
是年，茶阳城西仙基桥兴建（于1915年建成）。
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