对于这个问题，可能不少人的回答是用脑思考，但也有人会说是在用心思考。究竟是用心思考对，还是用脑思考对呢？赞同用心思考的人会说，我们经常教育他人要专心致致、用心学习，所以，用心思考是对的。赞同用脑思考的人会说，意识是脑神经进化出现的，真实存在的是我们的脑神经，心非真实存在，所以，用心思考是误读。
如果从实体物质观出发，把看得见、摸得着的实体性的东西当做核心或根本，那么真实存在的确实是我们的脑。但是，物质存在的形态有很多种。除了实体性存在，还有非实体性存在。比如，反物质就看不见、摸不着，我们能说反物质不是真实存在？。如果我们只是把实体物质当做真实存在，那么反物质就是非真实的东西。另外，社会规律也是非实体性的，社会规律难道不是真实的？所以，从实体物质观出发，把实体性的东西看成是真实的，非实体的东西看成是不真实的。在逻辑上，也是不能成立的。
那么，如何解决用心思考还是用脑思考的问题呢？系统论的出现为我们合理解决这个问题提供了新的方法。如果我们把心（精神、意识、思维）看成是人脑神经系统基础上突现的高层次系统，并且是这个高层次系统在积极、主动反映和认知事物，那么是在用心思考还是在用脑思考的问题就能够得到合理解释了。脑神经只量产生心的基础，真正认知事物的是心。所以，才会有“心之官则思”的说法。
当然，还有一个问题是坚持用脑思考的人回答不了的。在生活中，没有人会否认我们的行为是有意识有目的的，即精神、意识能够支配和控制我们人的形体和四肢。但是，如果说脑是真实的，心是非真实的，那么非真实的心如何能够支配、控制人的形体和四肢的问题呢？可是，如果把心看成是人脑神经系统基础上突现的高层次系统，心为何能够支配、控制人的形体和四肢的问题就能够得到合理解释。因为，按照系统论原则，高层次系统对低层次系统起支配和控制作用。所以，作为高层次的心完全能够支配和控制低层次的形体和四肢。
所以，我认为我们是在用心思考是对的。当然，脑对心的基础作用是不能否定的，但它只是产生心的物质基础，真正认知事物的是我们的心。
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