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·研究生物体产生的全部蛋白质。

· Foci：鉴定、结构测定、生物标志物、通路、表达（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。

蛋白质组学

·研究生物体产生的全部蛋白质。

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只有相对较少的开源软件解决方案可用，而R平台则很少。

· 处理技术和生物复制的必要性。

· 相对强度的定量令人不满意

· 研究光谱校准对临床预后的影响。

· 模块化且易于定制的分析程序

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贝叶斯分位数回归、lasso和自适应lasso贝叶斯分位数回归分析免疫球蛋白、前列腺癌数据

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血清肽多姆分析显示血小板因子 4 是与胰腺癌相关的潜在鉴别肽

G.M. Fiedler， A.B. Leichtle， J. Kase et al Clin Cancer Res June 1， 2009 15：3812-3819

“两个显著峰（m/z 3884;5959）对区分患者和健康对照的敏感性为86.3%，特异性为97.6%。"

“基于MALDI-TOOF MS的血清肽球分析允许发现和验证血小板因子4 [m / z 3884，7767;S.G.]作为胰腺癌的新鉴别标志物。

> spectra[[1]]

> abline(v=3884, col="blue")

> plot(spectra[[1]]

> spea <- lapply(sptra, transfensty, fun=moAvg)

> plot(spea[[1]]
> lines(b, col="red");

> bl <- estiline(specta[[1]]

> speca <- lapply(spe, remoeline)
> lines(specra[[1]])

> peas[[1]]

> top <- intnsity(p) %in% sort(int
> labePeak

> peaks <- lapply(spetra, detecPeaks)

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