大家好，今天给大家介绍2022年6月发表在Hepatol Commun期刊上的论文，题目为A Dual-Filtration System for Single-Cell Sequencing of Circulating Tumor Cells and Clusters in HCC。这是一篇仅仅通过解读单细胞测序结果就能够发出来的文章！虽然都是单细胞测序，但并不是所有测序就能够发文章的，我们一起学习一下这篇文章的亮点所在！
肿瘤干细胞是肿瘤细胞的一个子集，具有多能性并保持去分化状态，对化疗更有抵抗力，被认为是治疗后复发的主要原因。CT簇是CT细胞和中性粒细胞的寡克隆集合。在其他中，CT簇的存在与单独的CT细胞相比，预后较差。因为许多HCC患者没有进行活检，而循环肿瘤 (CT)细胞和簇的鉴定和测序可以实现HCC的无创分子特征。然而，关于HCC 的CT聚集文献很少，并且没有报道过HCC CT簇的测序。该团队之前报道了一种双过滤系统，用于收集和测序小鼠和人类乳腺癌中的CT细胞和CT簇。
在6例患者中鉴定出71个CT细胞或群集。另外2例患者未见可识别的CT细胞或簇。scRNAseq基因表达数据K-means分析结果显示测序的细胞或簇形成了两个不同的组 (图1)。
组1细胞在患者之间均匀分布，1名患者的组1细胞为零，5名患者组1细胞为4到9个 (图2)。ScRNA-Seq分析结果显示组1细胞表现出异质性，但总体上与癌症生物学相关的候选基因水平高于组2 (图2和表2)。组1细胞富集了与上皮表型相关标志，ASGR2，KRT8，CDH1；上皮-间充质转化标志 (CD44)和干性标志 (PROM1 [CD133]， POU5F1，NOTCH1, STAT3。此外，大多数肝细胞相关基因在多个第1组细胞中表达。这些标记支持第1组细胞的肝细胞起源。8例患者中，5例 (62.5%)有可检测到的组1细胞。这5例患者中位生存期为39天，而其他3例无组1细胞的患者中位生存期为384天 (log-rank检验P = 0.048; 图3)。
总结：这篇文章很简单地分选了外周血中CT细胞后测序，然后分析挖掘出亚组并进行差异分析和生存分析，甚至连fig也只有3张。当然，本文最重要的是应用了双过滤系统，用于分离和分析 HCC中的CT细胞和群集。其实，这个步骤应用外周血流式细胞分选应该也可以做到，后续结合单细胞测序思路差不多。这也说明单细胞测序只要有好的idea，即使是很简单的分析，也能把文章发出去哦！参考文献：Chen VL, Huang Q, Harouaka R, et al. A Dual-Filtration System for
Single-Cell Sequencing of Circulating Tumor Cells and Clusters in HCC. Hepatol Commun. 2022;6(6):1482-1491. doi:10.1002/hep4.1900
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