自弘治十二年（1498年）葡萄牙航海家达-伽马率领船队抵达印度西海岸的卡利卡特，开辟了从西欧绕过非洲南端的好望角直达印度的新航路之后，在十六世纪的最初十余年里，葡萄牙人逐渐占领了印度西海岸的科钦、第乌、果阿和马来半岛的马六甲等地。并于正德九年（1514年），首次抵达东亚，来到明朝所属珠江口东侧的屯门海澳进行贸易，希冀建立东亚贸易网络。
正德十二年（1517年），葡萄牙东方舰队指挥官安德拉德与葡萄牙使者皮雷斯率领四艘葡萄牙大帆船再次抵达屯门，后辗转来到广州通过陆路前往北京向明朝进贡，以期获得在明朝自由贸易的权利。次年，在寻求贸易未果的情况下，安德拉德的兄弟西芒-德-安德拉德率领该舰队直接抵达屯门，建立据点，大肆进行走私贸易，后于正德十六年（1521年）为广东地方政府所驱逐。
其后，迫于明朝强大武力的威压，葡萄牙舰队最终退往福建、浙江沿海一带，与中国、日本的走私商人一同聚啸于浙江宁波的双屿、福建泉州的浯屿、漳州的月港等走私口岸，开展武装走私贸易活动。但这种武装走私的行为并不能被明朝所容忍，最终在嘉靖二十七年至二十八年（1548-1549年）葡萄牙舰队在被闽浙地方政府所驱逐后。再次潜回广东，在珠江口西侧的上川、浪白等海澳开展走私贸易。
葡萄牙人在屯门、双屿、浯屿、月港、上川、浪白等地所开展的贸易都只能算是居停性质的临时走私贸易，时间短暂，且不被明朝所承认，不能视为长久的贸易据点。为了获得稳固的贸易据点，扩大其在东亚地区的贸易网络，自嘉靖三十二年至三十六年（1553-1557年）葡萄牙商人将珠江口西侧的澳门作为自己的目标。
尽管在1784年由葡萄牙海外殖民大臣卡斯特罗在葡萄牙发布的《王室训令》中宣称，葡萄牙人是在为明朝清除了骚扰珠江口的海盗，战胜了盘踞香山岛的一个海盗集团之后，以武力征服的方式从明朝手中获得澳门作为固定住所的。
但历史往往不是单方面书写的自我吹嘘。根据《明史-佛郎机传》记载，嘉靖三十二年（1553年）葡萄牙船队谎称遭遇风浪，向广东地方政府请求暂时租借澳门所在岛屿进行晾晒货物。同时买通广东地方官员，许诺以每年缴纳白银500两为条件，在澳门上岸，并私自开展贸易活动，并建立定居点。
在经过近20年的半公开贸易及经营之后，澳门已然成为葡萄牙在东方的明珠，这群葡萄牙商人最终被明朝正式准许在澳门开展贸易，为此葡萄牙商人们将每年上缴广东地方政府的500两白银改为上缴明朝中央政府，他们也正式获得了在澳门的租借居住权，得以不再以走私的名义存在。但澳门的领土主权仍然属于明朝，为有效管理日益繁荣的澳门，明朝逐步开始在澳门设置守澳官，驻扎军队，对澳门实施全面的军事及政治管理。
为了更好的管理澳门，明朝在允许葡萄牙人定居澳门的同时，也逐渐的形成了一整套对澳门的管理制度，虽然允许葡萄牙人建立自治机构，但同时也出台了一系列如铁桶般的管理制度强化明朝对澳门的主权与统治。
明朝在接纳每年500两地租银的基础上，明确了葡萄牙人在澳门的租客性质，对澳门实行设官守之的政治管理模式。在16世纪末期形成了一套行之有效的行政管理模式，其基本管理原则是以“建城设官而县治之”的方式，即在行政管理体系上将澳门划归广东香山县管辖，在行政级别上隶属于香山县，由香山县派驻官差，设置提调、备倭和巡缉等三个行署，同时指派海防同知和市舶提举进驻澳门，管束葡萄牙人的商业及陆上行为。
这三个行署的官员被统称为守澳官，这是明朝在澳门正式确立的地方行政长官，他们除了主管澳门地区的治安、防务以外，还参与海关税务和一些行政事务的管理。在发生一些重大事件时，他们有权力将澳门地区发生的相关情况直接报送至两广总督府，由两广总督这一层面的封疆大吏来直接处理澳门地区的政务。
此外，明朝还在澳门设立议事亭，这是中国官员向澳门葡萄牙管理人员宣读明朝政令以及双方讨论政务的场所，在一定程度上促进了明朝与西方的直接交流。
在司法方面，明朝在澳门切实的贯彻了自身的司法主权，对涉及中葡居民之间的案件，不论民事亦或是刑事案件，一律交由明朝官员依照《大明律》进行审判，葡萄牙人不得干预，同时规定，普通案件由县丞审理，而重大案件交由澳门同知进行审断，葡萄牙人必须严格遵守明朝的法治管理。
在税收方面，明朝则在澳门设立海关，负责商船抽税事宜。在设关之初，海关抽税仍按正德十二年（1 5 2 1 年）所定采取实物抽税制，即将船上货物的五分之一抽做税收 ，剩下的五分之四的货物则由葡萄牙商人与明朝商人进行自由贸易。至穆宗隆庆五年（1 5 7 l 年），明朝“以夷人报货奸欺，难于查验，遂改实物抽税的方式为定丈抽之例，按船大小以为额税直接抽取税银的方式，将西洋船定为九等，虽然丈抽法还不是现代意义上的海关征税法，存在着一刀切的情况，但是相较于之前的实物征税法已然是向前迈了一大步，对明朝海关制度的完善具有一定的指导作用。
而能够缴纳税收对澳门葡萄牙商人而言，是使他们由走私商人转变为正规商人，取得合法贸易资格的一件大事。自此之后，葡萄牙商船队再也不必冒极大的风险进行走私贸易。为此自明朝征收关税以后，历经约3 0 0 年的时间，葡萄牙人一直都照章缴税，以期保证维护其开展商贸的资格。
在澳门定居数十年之后，葡萄牙人的野心开始膨胀，为了获取澳门的统治权，他们开始私自招揽来自日本的浪人作为打手，建筑城垣，架设炮台，妄图建立独立的武装力量。同时接纳明朝明令禁止进行贸易的日本商船，开展对日贸易。
万历三十六年（1608年），澳门葡萄牙人内部一部分争斗领导权失利的葡萄牙人散播谣言致使澳门陷入混乱。香山县县令蔡善继获知此事后立即进入澳门平息骚乱，并制定《制澳十则》对违法葡萄牙人严厉惩处（历史原因《制澳十则》已不可考）。
史载：“香山知县蔡善继履任，即条议制澳十则上之，未几澳弁以法绳夷目，夷华将为变，善继单车驰往，片言解，得悍夷至堂下，痛笞之。”
其后，万历四十一年（1613年）广东巡视海道签事官喻安性巡视澳门发现葡萄牙人大量蓄养日本浪人作为私人武装，遂驱逐倭奴，警告葡萄牙人不得夹带倭奴，并于次年就葡萄牙人违犯明朝法令的五个问题，详请两广总督张鸣冈、巡按周应期，制定《海道禁约》责令葡萄牙人必须遵守，明确了明朝对澳门行使主权的正当权益，其具体内容如下：
1.禁蓄养倭奴；2.禁买卖人口；3.禁兵船编饷；4.禁接买私货；5.禁擅自兴作。
《海道禁约》的出台，具有明确的法规性质，任何违法该禁约的葡萄牙人都将受到严惩，既是明朝对澳门行使主权的象征，也是明朝对澳门官制制度化的标志性事件。
明朝官员在制定管理澳门葡萄牙人相关管理措施的同时，也采取了相应的军事部署来加强对葡萄牙人的防范与控制。
万历四十二年（1614年），由两广总督张鸣冈提议，上奏明朝内阁经兵部批准，于广东增设海防同知出镇澳门对岸的雍陌营防地，并在雍陌营设立三品参将府，驻军千人，随时应对澳门任何突发情况。
自嘉靖三十二年（1553年）葡萄牙人登岸澳门起，明朝就一直对澳门享有完整的主权，对澳门明朝采取设置官吏、推行政令、征收关税、驻扎军队等形式，有效的行使对澳门的主权。从始至终，明朝给予葡萄牙人的权利都仅是贸易权及部分对葡萄牙人自身的自治管理权，在明朝看来，他们仅是暂时租用土地落脚的客商，属于类似于藩属国一般的从属人员，在司法、税务等方面葡萄牙人与明朝百姓共同接受明朝的统治管理，澳门葡萄牙商人们自明一代，也从未违抗过明朝对其的管理。
参考文献：
《明史-佛郎机传》
《明史纪事本末》
《王室训令》（葡萄牙）
《大明律》
《海道禁约》
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