1.市面上通行的简体中文版《外台秘要》大致可分作以“宋本”为底本和以“程敬通本”为底本两种。初学者在购买时请务必选择前者，请务必选择前者。“程敬通本”存在很多程氏臆改之处，如《外台秘要·卷第十六·肺劳实热方五首》：“疗肺热，不问冬夏老少头生白屑搔之痒起者……沐头汤方……右三味，熟研纳米泔汁中一宿渍，去滓，木匕搅之三五百遍，取劳乃用沐发……”，“木匕搅之三五百”合情合理，程氏却觉语句不通而臆改为“米泔搅之三五百遍”。
在程敬通本中，类似这样因其个人理解问题而臆改的地方非常之多，既不利于初学者了解《外台秘要》原书旧貌，也不利于培养初学者对晋唐医学文献语文特征的察觉能力。
需要说明的是，现在网络上流传的文字版《外台秘要》大多是以程本为底本录入的，因此在使用这些电子文档时要特别注意这个问题。
2.《外台秘要》大致可分为正文、王焘注文和宋臣注文三部分。在宋本《外台秘要》的影印件中，正文和王焘注文为大字，宋臣注文为小字。而有些出版社出版的普及本或校注本有时会将王焘的注文缩成小字，购买时应当注意。
总的来说，医论病论、方证条文、方药组成、服药节度和用方经验部分一般为正文（即王焘从他书专录的内容）；“出xx卷”和饮食禁忌（这些禁忌也是有规律可循的）多为王焘注文；其他按语多为宋臣注文。
其中，王焘注文虽然看起来有些千篇一律，但有时却是我们解决部分文献问题的关键。
3.王焘在编写《外台秘要》时主要参考了《诸病源候论》的体例，是以“疾病+疾病兼证”为章节目录来编写的。但《诸病源候论》主要是讲证候出现的病理生理机制的，而《外台秘要》则是一部方书，因此《病源》的体例与《外台》其实并不完全适配。加之王焘本人对一些医学词汇的理解欠深刻，就导致了《外台秘要》的部分章节在编写上有很强的割裂感。例如在主要论治“肢体瘫废中风”的《外台秘要·卷第十四·中风及诸风方十四首》一章中出现了“《深师》疗中风汗出干呕，桂枝汤方”和“桂枝汤，疗中风，身体烦疼，恶寒而自汗出，头强痛急方”这样治疗“伤寒中风”的条文。
又如在《外台秘要·卷第十一》中，将本成体系的《近效》治消渴诸法，拆解至了多个小节。
类似情况在《外台》中并不罕见，有的甚至将原书一节的内容分散到了不同的章。初学者应尽量留意这些散落在不同章节的医方的内在联系，这对于研究晋唐医家各具特色的学术思想是很有帮助的。
《外台秘要》的学习不是一蹴而就的，需要留意、思考、研究的问题也不仅以上三点。但对于刚刚接触《外台》的同学们来说，熟悉它的版本、目录、体例比读懂它的医方更为重要，可以让同学们在日后进一步的学习和研究中少走很多弯路。这也是做所有汉唐医学文献研究的基础。
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