《内经》一书即有战国之文章，又有秦汉之文字，历三国两晋、南北朝，以至隋唐，由于各种原因，使得该书有损有增，最后由唐代大医学家王冰重新审定纂编，乃成今日之传本，又经宋、元、明、清诸代，当避讳者又复不少，故其中未改或改之未尽的避讳字甚多，今就其知之者，合而论之。
一、“玄”字之避讳
清朝避“玄”字，这是因为康熙皇帝名玄烨，所以自康熙始至清代末年，天下书报文字均避“玄”。《内经》一书，凡清代刻本，均避“玄”字，常见有缺笔之“ ”，或将“玄”改成“元”字，此皆为避讳之法。明代刻本的《内经》也有避“玄”者，如顾从德翻刻宋本之《内经》，这是因为宋代始祖名玄朗，故讳“玄”，顾氏翻刻时，以样照旧而刻，故其中避讳字全部保留。今人若不察此，常误认为顾氏本为清代翻刻。
《中华读书报》2008年11月5日第10版“求疵录”栏载田吉《莫把玄烨换玄宗》一文提到，南怀瑾在《老子他说》一书第一章“玄元之妙”中“郑重其事地”讲：“唐明皇的庙号叫‘玄宗’，所以在唐玄宗以后，所有书写‘玄’字的地方，一律要改作‘元’字，以免犯‘大不敬’的忌讳。”其实，在过去，只有帝王或尊长的名（甚至不包括字）才应避讳。田文正确地指出，庙号是无须避讳的。但又说“直到唐玄宗去世九百年后，8岁的康熙皇帝玄烨即位，大小臣工们才忙不迭地将‘玄’字换成了意义相近的‘元’。”这就是只知其一，不知其二了。
首先，避“玄”字讳并不始于清朝的爱新觉罗·玄烨（当然也不始于唐朝的李隆基）。早在北宋大中祥符五年（1013年）十月，崇信道教的宋真宗赵恒仿效李唐王朝尊太上老君李耳为先祖的做法，虚构了一位“上灵高道九天司命保生天尊大帝”，说是赵氏始祖，名玄朗（事见《宋史·礼志七》）。自此以后，宋朝就开始避“玄”字讳，而代之以“元”字了。善书画的宋徽宗赵佶所书瘦金体《千字文》首句即改作“天地元黄”（见附图），而不作原来的“天地玄黄”。
其次，避帝王讳只终其一朝，改朝换代之后就不必讳了。元、明及清康熙年之前就不避“玄”字讳，例如，在元朝做官的赵宋宗室赵孟頫所书《千字文》就不再避“玄”字。所以，严格地讲，历史上只有北宋大中祥符五年十月之后至宋亡和清康熙元年之后至清亡这两段时间避“玄”字讳（虽然所讳对象不同），而不是自唐玄宗以后都避，也不是自清康熙起始避。
二、“胡、虏、夷、狄”字之避讳
清初避“胡、虏、夷、狄”四字，雍正皇帝有圣谕，云：“朕览本朝人刊写书籍，凡遇“胡、虏、夷、狄等字，每作空白，又或改易形声。如以‘夷’为‘彝’，以‘虏’为‘卤’之类，殊不可解，揣其意盖为本朝忌讳，避之以明其敬慎，不知此固背理犯义不敬之甚者也，嗣后临文作字及刊刻书籍，如仍蹈前辙，将此等字样空白及更换者，照大不敬律治罪。其从前书籍，若一概责令填补更换，恐卷帙繁多，或有遗漏，着一并晓谕，有情愿填补更换者，听其自为之。”乾隆皇帝在编纂《四库全书》时也有圣谕，云：“前日披览四库全书馆所进《宗泽集》，内将‘夷’字改写‘彝’字，‘狄’字改写‘敌’字；昨阅《杨继盛集》，内改写亦然，而此两集中又有不改者，殊不可解。‘夷’、‘狄’二字，屡见于经书，若有心改避，转为非礼，如《论语》‘夷狄之有君’，《孟子》‘东夷西夷’，又岂能改易？亦何必改易！且宗泽所指系金人，杨继盛所指系喑达，更何所用其避讳耶？因命取原本阅之，则已改者皆系原本妄易，而不改者原本皆空格加圈。二书刻于康熙年间，其谬误本无庸追究。今办理《四库全书》，应抄之本，理应斟酌妥善，再誉录等。草野无知，照本抄誉，不足深责，而空格则系分校所填，既知填从原文，何不将其原改者悉为更正？所有此二书之分校、复校，及总裁官，俱着交部分别议处。除此二书改正外，他书有似此者，并着一体查明改正。”
《黄帝内经素问集注·序》中，张志聪云：“讵敢追康节、希彝通《易》之秘。”其中“希彝”应作“希夷”，希夷乃宋代道家代表人物陈抟之号，也称陈希夷。张志聪此书成于康熙九年，知此，故陈垣先生云：“可以鉴定清初版本。”
三、“世”字之避讳
唐代太宗皇帝李世民，避讳“世民”二字，陈垣先生云：“‘世’改为‘代’，或为‘系’，从‘世’之字，改从‘云’，或改从‘曳’。‘民’改为人，或为‘ ’，从‘民’之字，改从‘氏’。”《素问·脉要精微论》云：“数动一代者，病在阳之脉也，洩及便脓血。”张介宾《类经》注云：“洩，泄同。”张氏不知此“洩”字，是避讳所成，故注“泄同”。唐代王冰原本，凡“泄”字均改为“洩”。宋代高保衡、林亿、孙奇在重新整理《内经》时，已做了回改工作，今日所见，实高、林、孙三人，回改未尽之文，理应改之。
四、“顺”字之避讳
避“顺”字者，乃南北朝梁武帝之父，其名曰顺之，故避“顺”字。陈垣先生云：“《南齐书》为梁武父顺之讳，凡‘顺’字皆改为‘从’，遇顺之名则空之。”又云：“《南齐书·王俭传》‘天应民顺。’‘民顺’宋本作‘民从’，盖避梁武帝父顺之讳。”又云：“《南齐书·武帝纪》永明十一年：‘孝子顺孙’，梁武帝父名顺之，故子显修史，多易‘顺’为‘从’，如《天文志》‘五星从伏’，‘太白从行’，‘荧惑从行’，‘岁星太白俱从行’，‘辰星从行’之类。宋‘顺帝’亦作‘从帝’，今汲古阁本，惟《祥瑞志》、《豫章王嶷、王琨传》各两见，《刘休传》一见，余篇多作顺帝，盖后人所改，监本于此数处，亦改为顺字矣。《百官志》汉顺帝，宋本亦作从。《州郡志》从阳郡、从阳县，汲古阁本改为顺阳，唯监本尚是‘从’字，而《张敬儿、陈显达传》中，仍为顺阳，《陈显达传》‘南乡县故顺阳郡治也’，宋本作‘从阳’，今《武帝纪》及《明帝纪》俱有‘顺孙’字，元本必作‘从孙’，后来校书者以意改易耳。”
综上所述，易“顺”为“从”，是南北朝梁武帝时代文字使用中一个明显的特点，而我们今日所见之《内经》，其中易“顺”为“从”者，比比皆是，开卷可得，以《素问》为例：
第一篇：“逆从阴阳，分别四时。”
第二篇：“秋冬养阴，以从其根。”“逆之则灾害生，从之则苛疾不起。”“从之则治，逆之则乱。”
第三篇：“骨髓坚固，气血皆从。”“营气不从，逆于肉理。”
第四篇：“一逆一从，阴阳表里。”
第五篇：“此阴阳反作，病之从逆也。”“分部逆从，各有条理。”
第七篇：“人有四经十二从”，“四经应四时，十二从应十二月。”
第十三篇：“又失四时之从，逆寒暑之宜。”“不知日月，不审逆从。”“逆从倒行，标本不得。”“数问其情，以从其意。”
第十五篇：“上为逆，下为从。”“孤为逆，虚为从。”“行所胜曰从，从则活。”
第十六篇：“刺避五脏者，知逆从也。”
第十八篇：“脉从阴阳，病易已。”“脉有逆从，四时未有脏形。”
第十九篇：“四时之序，逆从之变异也。”“脉从四时，谓之可治。”
第二十篇：“七诊虽现，九候皆从者，不死。”“视其经络浮沉，以上下逆从循之。”“上实下虚，切而从之。”
第二十二篇：“何如而从？何如而逆？”
第二十七篇：“夺人正气，以从为逆。”
第二十八篇：“滑则从，涩则逆也。”“秋冬为逆，春夏为从。”
第二十九篇：“更虚更实，更逆更从。”
第三十一篇：“视其虚实，调其逆从。”
第三十四篇：“阳明逆，不得从其道。”
第四十篇：“居脐上为逆，居脐下为从。”
第四十三篇：“逆其气则病，从其气则愈。
第四十八篇：“其从者喑，三岁起。”
第五十二篇：“从之有福，逆之有咎。”
第六十四篇：“四时刺逆从论。”“大逆之病，不可从也。”“以从为逆，正气内乱。”
第六十五篇：“病有标本，刺有逆从。”“逆从得施，标本相移。”“夫阴阳逆从，标本之为道也。”“治反其逆，治得为从。”
第六十七篇：“从其气则和，逆其气则病。” “各从其气化也。”
第六十九篇：“各从其动而复之耳。”
第七十篇：“故曰补上下者从之，治上下者逆之。”“其久病者，有气从不康。”“血气以从，复其不足。”
第七十一篇：“夫五运之化，或从五气，或逆天气，或从天气而逆地气，或从地气逆天气……欲通天之纪，从地之理……从逆奈何。”“愿夫子推而次之，从其类序。”
第七十四篇：“其逆从何如？”，“主胜逆，客胜从”，“同者逆之，异者从之”，“气相得者逆之，不相得者从之。”“所谓寒热温凉，反从其病也。”“脉从而病反者……脉至而从”，“有逆取而得者，有从取而得者”，“微者逆之，甚者从之”，“何谓逆从？从者反治”，“逆之从之，逆而从之，从而逆之。”
第七十八篇：“诊不知阴阳逆从之理，此治之一失也。”
第八十篇：“何者为逆，何者为从？”，“阳从左，阴从右，老从上，少从下”，“不察逆从，是为妄行。”
由此可知，今日所见之《内经》版本是王冰所重编，而王冰所使用的底本，则是南北朝梁武帝时代之刻本。因为唐代王冰以至宋代林亿等人均未回改其中的避讳字，故今本存之。又按：“运气七篇”，后人多疑是王冰将《阴阳大论》一书加入《内经》，今观其避讳字，当知此“七篇大论”之文，也是梁武帝时代之再刻本。
五、“喜”字之避讳
东魏孝静帝名“元善”，为避其偏讳，故改“善”为“喜”，《灵枢·百病始生篇》云：“留而不去，传舍于经，在经之时，洒淅喜惊。”《五邪篇》云：“邪在心则病心痛喜悲。”《癲狂篇》云：“狂始生，先自悲也，喜忘……。”《素问·至正要大论》云：“岁阳明在泉……民病喜呕……。”《五常政大论》云：“太阳司天……喜悲数欠……。”以上诸“喜”字，均应作“善”，故改之。
