2006年深圳大学提出了综合改革构想，于2008年《珠江三角洲地区改革发展规划纲要》和2009年《深圳市综合配套改革总体方案》的颁布后正式启动。
《深圳大学综合改革方案》由六个子方案组成，即《人事制度改革方案》、《高端人才特聘方案》、《教学改革深化方案》、《科研工作创新方案》、《后勤改革推进方案》、《管理体制探索方案》。2010年，深圳大学全面实施人事改革，推进教学改革。
在人事改革方面，深圳大学《人事制度改革方案》围绕办学目标，参考国际经验，试图建立一个全员聘任、分类管理、能进能出、有动力、有压力、有活力的人事制度。改革方案开通教师竞争渠道，使在岗者竞级，新岗位竞聘，允许破格应聘，高端人才直接长聘，设置高级讲师岗位，扶持优秀教学型教师；制定教师工作量，允许教学、科研、公共服务三种工作量有条件互补，用制度形式明确教师应担负起教学、科研、社会服务三大任务；确认指导学生创新是工作业绩。该方案获得教职工代表大会80%的赞成票，合约签署全部完成。
在教学改革方面，深圳大学《教学改革深化方案》明确指出学校的根本任务就是人才培养，教育教学是学校的永恒主题。应根据学校实际，树立适应大众化教育的教育教学理念，有教无类，因材施教，厚积薄发，经世致用；办学以育人为本，育人以素质为本，素质以做人为本；以素质教育为基础，以专业教育为主干，以教学质量为核心；培养素质好、基础好、动手快、转型快的事业骨干和创业创新型人才。
该校新一轮教学改革的基本策略是“抱持根本，系统反思，找准要害，寻求变革，面向未来，创新整体”。所谓抱持根本，系统反思，就是坚持教学工作的中心地位，系统梳理以往教学改革的推进策略，找准当前教学改革的方向。所谓找准要害，寻求变革，即针对当前存在的教学过程比较松懈、教学方式比较粗糙、人才培养模式比较呆板等主要问题，营造全程紧张的教学过程，追求精致化课堂教学，寻求因材施教新模式，坚持质量考核。同时，加强专业结构调整优化；深入推进课程改革；以整合社会资源为依托，构建灵活开放的教学运行机制；以打造一流师资和管理团队为重点，建立强大人才质量支撑体系；以深港合作为重点，大力推进教育教学模式国际化。所谓面向未来，整体创新，即加强研究世界高等教育的发展趋势和中国高等教育的发展现状，制定出适应国际高等教育发展趋势的改革思路，最终实现整体创新。该校教学改革的最终目标是营造一个先进的、以学生为本的、有利于因材施教的教学体制和教学机制。
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