哪个RBP结合了我的ncRNA
搜这个颇具争议的HOTAIR,详见论文重复再起波澜丨那些年,热门的LncRNA(HOTAIR)真的重要吗?
我们还是看哪个RBP结合了HOTAIR吧!
还能看到RBP上其他层面的信息
例如SNP
例如m6A修饰位点
这个RBP调控了哪些RNA?
上面是针对某一个RNA,找哪个蛋白调控了RNA。
相反的方向,围绕RBP,查询某个RBP调控了哪些RNA。点击P,search RBP,包括了ENCODE的eCLIP-seq数据和其他已发表的PAR-CLIP、HITS-CLIP、iCLIP和PIP-seq数据。
例如查询RBP TAF15
在ENCODE的eCLIP-seq数据中,发现TAF15靶向如下基因的RNA
TAF15调控的基因富集在哪些GO生物学过程和KEGG pathway。
鉴于help里对GO和KEGG版本的描述,建议下载靶基因列表,用注释最新的clusterProfiler做富集分析,详见:富集分析,俩人做的结果差5岁 | 你用的注释文件有多老?
清华大学鲁志组今年年初发表POSTAR,9月份又发表一个工具RBPgroup。详见:清华大学鲁志课题组在《Genome Biology》发表论文 开发了用于研究RNA及多个结合蛋白相互作用的生物信息学方法——细胞
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