如何看懂文献里的那些图（18）

夏老师又要带你们夏季把看文献里的图了，

不要惊讶，为啥这次序号已经变成18了，因为我翻了一下，如何看懂文献里的那些图，

真的是已经写过十七期了，只是你们自己平时都不认真看而已

。

今天要讲的这种图，

也是很常见的，经常会在一些转录调控元件的文献里看到，

就像这篇文献：

这篇讲的就是DNA拓扑异构产生的转录调控的影响，分析了一下结构域，里面就有这样的图片：

当然，你们估计不明白这是什么意思哈。

我们拆开来看，下半截实际上就是UCSC上直接荡下来的图：

这个图主要是为了显示在这段染色质附近，转录相关的Track，类似RNA聚合酶啊，CTCF啊，组蛋白甲基化的变化情况

，主要还是柱状图。下面的线条就是基因所在的位置了，最上面还加上了DI-HMM，也就是隐马尔科夫模型

，主要是为了分析片段正反向的相互关联，就是以此来进行分段。

那你要问了：哇！夏老师，为啥要分段呢？

实际上，这样区分Domain，

就是为了后期研究片段间的折叠相关性。我们来看上半截的这个图：

这个图实际上叫做2D热图，就是研究染色质片段互作的。

大家应该知道，基因转录不光是转录因子结合到启动子上。还有些其他的调控原件，什么操纵子啊、增强子啊、绝缘子啊、加应子啊

……比如增强子，一般会是这样：

2D的热图，实际上就是给你们这条序列上

，前后片段相互关联性的展示：

比如这样的情况下，前面这个紫色的圈的片段，就和后面这个紫色圈中的片段有比较高的相互结合关系，很有可能是作为启动子或者增强子的存在。

比如，我们在Hi-C这样的平台上，对于基因进行搜索（我搜了个SHH），就能直接得到这样的图：

005

可以看到，

这个LncRNA所在的染色质的片段，与SHH的启动子附近可能存在一定的相互结合关系。好了，大概这样的图，

能看明白了吧？

好了，要是想做这样的Hi-C分析的话，要么就是直接去UCSC上下载数据来分析，要么就是到上面的那个网站上去分析

，想看今天这篇文献，或者想试试看分析一下调控元件的，就回复“公克”（不要在评论区回复），

今天就给你们先策到这里吧，祝你们心明

眼亮。