今天要讲的这种图,
这篇讲的就是DNA拓扑异构产生的转录调控的影响,分析了一下结构域,里面就有这样的图片:
当然,你们估计不明白这是什么意思哈。
这个图主要是为了显示在这段染色质附近,转录相关的Track,类似RNA聚合酶啊,CTCF啊,组蛋白甲基化的变化情况
那你要问了:哇!夏老师,为啥要分段呢?
实际上,这样区分Domain,
这个图实际上叫做2D热图,就是研究染色质片段互作的。
2D的热图,实际上就是给你们这条序列上
比如这样的情况下,前面这个紫色的圈的片段,就和后面这个紫色圈中的片段有比较高的相互结合关系,很有可能是作为启动子或者增强子的存在。
比如,我们在Hi-C这样的平台上,对于基因进行搜索(我搜了个SHH),就能直接得到这样的图:
005
可以看到,
好了,要是想做这样的Hi-C分析的话,要么就是直接去UCSC上下载数据来分析,要么就是到上面的那个网站上去分析
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