(一)性质不同
城镇居民基本医疗保险是国家为了保障广大人民群众的身体健康，而建立的基本医疗保障制度，政府对居民医疗保障给予一定的补助，属于政府行为;商业保险受市场竞争机制的制约，保险人与被保险人之间完全是一种契约关系，属于商业行为。
(二)基金筹集渠道不同
城镇居民基本医疗保险费用由家庭(个人)和政府分担，商业保险费用完全由个人缴纳。
(三)参保资格不同
城镇居民参加城镇居民基本医疗保险，不受身体状况的限制。而大多数商业保险不吸收有病患者参保。
(四)保险病种范围不同
城镇居民基本医疗保险病种范围不受限制，而大多数商业保险只保部份病种的医疗费。
(五)待遇赔付结算方式不同
参加城镇居民基本医疗保险的人员，持《社会保障卡》在定点医院就医，属于基金支付的费用，本人不需垫付，由医院与医保中心结算。参加商业保险的人员就医，医疗费用一般是由本人垫付，出院后报商业保险经办机构审核后赔付。
(六)经办机构管理运行费用来源不同
社保经办机构的日常管理费用是政府全额拨款解决，城镇居民基本医疗保险筹集的医保基金，全部用于参保人员治病，社保经办机构不能从基金中提取管理费。商业保险办理机构的日常管理运行费用政府不承担，商业保险筹集的医疗保险费，是按收缴保费的一定比例提取管理费用，用于维持商业保险机构正常运行。
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