乾隆二十四年(1759年),清军平定天山南路,叛乱首领波罗尼都(大和卓)、霍集占(小和卓)被杀,大小和卓家族亦被诛灭,清军的声望远被中亚,大清的国势如日中天。此时的新疆已经全部纳入大清帝国的版图,但是乾隆的一个疏忽却导致了此后新疆百年的乱局。
原来当时清军对和卓家族的斩草除根工作并不彻底,波罗尼都有个遗腹子叫萨木萨克,萨木萨克又有2个儿子,玉素普和张格尔,此后玉苏普和张格尔以及他们的子侄在新疆持续发动了多次叛乱,如张格尔之乱、玉素普之乱、七和卓之乱,都被清军一一荡平,但也极大地消耗了大清帝国的国力,特别是新疆的清军在多次平叛中也是伤亡惨重。当然了,和卓家族一次次被镇压,也是伤亡惨重,和卓家族的势力也是逐渐被削弱。
和卓家族也知道,时间越长,他们的号召力就会越弱,于是在咸丰七年(1857年),和卓家族的最后骨干成员、波罗尼都的重孙倭里罕在浩罕国的支持下,发动叛乱,是为倭里罕之乱。五月十四日,倭里罕率30余名亲信,以经商为幌子,侵入南疆,并勾结喀什噶尔(今喀什)的内应,里应外合之下攻占了南疆重镇喀什噶尔回城。之后,又分兵进攻喀什噶尔汉城和英吉沙尔。
当时因为沙俄利用塔城军民火烧沙俄贸易圈事件为由,陈兵清俄边境,使得清军主力多在北疆,无法策应南疆,以致南疆防务空虚。倭里罕见状,趁机进攻叶尔羌(今莎车),并筑堤坝堵水,试图水淹喀什噶尔汉城。两城皆岌岌可危,所幸清军守城将士浴血奋战,拼死守城,多次打退叛军的进攻。
与此同时,清军在新疆的最高军政长官伊犁将军,最终还是从捉襟见肘的兵力中抽调了数千清军驰援南疆,并以清军悍将锡拉那统率,锡拉那在叶尔羌城下与守军内外夹击大破叛军,斩杀叛军700余人,俘虏40余人,缴获抬炮6尊,鸟枪30余支,倭里罕遭重创。此后清军顺利收复喀什噶尔回城并解了英吉沙尔之围,至八月三日,倭里罕率残部逃亡浩罕,倭里罕之乱遂平。
倭里罕之乱是和卓家族主导的最后一次叛乱,也是和卓家族的最后一次“折腾”,倭里罕短暂占据南疆多地近3个月,在此倒行逆施,特别是在喀什噶尔回城,更是以杀人为乐,每天都有大量的平民被处死。倭里罕在逃亡浩罕时,还掠走了40余驮马和1000余驮驼的金银财宝,还掳走了大量的平民百姓,更丧心病狂的是,倭里罕还将这些南疆民众,在浩罕公开拍卖,用南疆人民的生命赚取肮脏的金银。
倭里罕之乱使得南疆地区的经济被大大拖垮,南疆地区的驻防清军也损失惨重,这为之后的阿古柏入侵埋下了祸根。1864年,北疆地区的妥明趁清军主力在伊犁塔城交战之际,发动反清暴乱,占据乌鲁木齐等北疆重镇。之后阿古柏也从浩罕侵入南疆,至此,除巴里坤等少数据点外,新疆整体性陷落。
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