1941年12月，太平洋战争爆发，美国对日宣战，燕京大学关闭，只有辅仁大学能够继续办下去。
辅仁的校务是由教会代表兼校务长主持的，但是作为大学，它需要有一面有号召力的旗帜，这面旗帜就是陈垣。
有一次，学校礼堂放电影，正片前加放一部体育新闻电影，偶然出现中国国旗（青天白日满地红），学生情不自禁鼓起掌来。
事后，日本宪兵追究学校当局，要陈垣校长交出鼓掌同学，陈垣大义凛然地说：“带头鼓掌的是我，要逮捕就把我抓走！”慑于陈垣的威望，这件事后来不了了之。
但陈垣的壮举，无疑极大地激励了辅仁师生。
也从此开始，日伪政府私下里一直说辅仁是“抗日大学”。
实际上，辅仁大学自从成为了沦陷区北平的“孤岛”后，大学里面就有共产党的地下组织，而国民党在北平的抗日据点就在辅仁大学。有爱国思想的进步教授大都团结在辅仁大学周围，共产党人和国民党人共同为抗日出力，秘密从事地下工作。
1944年3月，辅仁大学秘书长英千里和沈兼士、胡鲁士神父（荷兰人）、范文澜、赵光贤、李德伦、萧乾、葛信益、赵禹锡、张怀等三十多名教授、附中教员因宣传抗日被捕。
陈垣作为校长，虽不鼓励教师和学生去冒险，但常常暗中支持他们，和他们一起并肩与敌人周旋。
赵光贤回忆说：“先生不仅指导我如何治学，也教育我如何应变。”
在陈垣等人积极营救下，入狱师生于1945年7月得释出狱。
抗战还未胜利，辅仁大学公宴出狱的诸教授，以此来表达对他们的支持和对日伪当局的抗议。
赵光贤说：“我在监狱里住了一年又五个月，才得释放。这期间，在先生的不屈精神的鼓舞下，始终精神振奋，一心想着，要有脸面去见老师。出狱之后，去拜见先生，先生热情地握着我的手，说：'你们终于胜利归来，欢迎你！’我心里一阵激动，几乎掉下泪来。”（赵光贤在《回忆我的老师援庵先生》，载于《励耘书屋学问记》，三联书店1982年6月版）
葛信益也回忆道：“1944年3月间，我以及辅仁有二十多位教授、教师都被日宪抓去，坐了一年多的监狱，1945年日本投降前夕才出狱。出来后，陈老师送我一本他撰写的《通鉴胡注表微》，并亲自题了'信益仁弟蒙难纪念’八个字。”（葛信益《永远怀念我的老师援庵先生》，载于《纪念陈垣校长诞生110周年学术论文集》，北京师范大学出版社1990年10月版）
陈垣还想方设法地宣传爱国思想，以历史故事教导学生爱国家，讲气节，不贪财爱利，要锻炼身体，积蓄力量，以待时机报国。
当时日伪当局为了笼络人心，提倡“读经”，陈垣先生就用儒家经典的话，巧妙地打击敌人。
1939年，他为《辅仁学刊》题词曰：“毋事浮嚣失礼于人，毋徒顾目前，毋见利忘义，永保汝令名”。
在1940年的辅仁返校节题字为：“规矩严，功课紧，教授认真，学生在校时每不甚愿意也，及至毕业出世，所知所能者少，则又第咎学校规矩之不严，功课之不紧，教授之不认真，何也？语曰：书到用时方恨少。又曰：闲时不学忙时悔。诸如皆过来人，能一告在校同学使毋遗后悔。努力、努力、加努力！”
给1940年的《辅仁学刊》题词是：“子张问行，子曰：言忠信，行笃敬，虽蛮貊之邦，行矣。言不忠信，行不笃敬，虽州里行乎哉！今诸君毕业将行，谨书此为赠。”
1942年为毕业生同学年刊题曰：“《孝经》曰：士有诤友则身不离于令名，父有诤子则身不陷于不义。交友之道在得切磋之益，毋徒事佚游宴乐，是之谓辅仁”。
1942年4月，抗战已经进入第六个年头。辅仁大学举行返校节，返校节照例要开运动会，陈垣校长要在会上致词。他环顾会场，发现观众中混进了一些汉奸。他说：“今天不是开运动会吗，我给大家讲一个孔子开运动会的故事。”
孔子怎么会开运动会？
这个题目一宣布立刻引起了大家的注意。
陈垣先生接着说：“《礼记》的《射义》篇记载，孔子曾主持射箭比赛，让子路宣布：凡是败军之将，投降事敌的人；凡是亡国大夫，在敌伪作官的人；凡是贪财好利的人，都不能进运动会会场。宣布后，有些人只好溜了。比赛结束，孔子又让学生宣布：在场观众，有幼壮孝弟，年老好礼，不随波逐流，一直到死都能修身洁己的人，可坐众宾之位。结果，又走了一批人。最后，孔子宣布：凡好学不倦，好礼不变，八、九十岁仍能正直不乱的人，才真能坐在众宾之位的席上。”陈垣讲完之后，有些达官贵人退出了会场，有的人想给他找点罪名，且看他说得言之凿凿，也不知《礼记》里面的《射义》是不是真有这样一篇记载，万一真有，自己才识浅陋，岂不要闹笑话？有人明知他是借题发挥，也不好说什么，因为他讲的是孔子。
陈垣还别出心裁地选用具有“故国之思”的清初学者全祖望的文集作为“史源学实习”课的教材。
其中有一篇是全祖望和杭世骏关于刘豫墓在何处的讨论。
刘豫是金灭北宋以后建立的伪齐傀儡政权的头目。金灭北宋以后，一时不能灭南宋，在中原地区建立过一个伪齐政权。这两个学者讨论伪齐的头子刘豫死后到底埋在什么地方。
陈垣分析了两人观点之后，他突然话题一转，说刘豫到底埋在哪里不重要，有一条材料讲，刘豫的后人故意隐瞒自己的家世，说先人“事轶不传”。陈垣先生的结论是：“人至为子孙所羞称，则亦已矣！”
在当时的课堂上这样讲，是需要很大的勇气和冒很大风险的。
抗战八年，陈垣“居'黉舍为墟，士星流散’之北平，拒不仕敌，闭门著书，更坚守辅仁，'聚徒训众’，一再勉励青年学生要爱护名誉，认真读书，其为国家保留'读书种子’之苦恼孤诣若此。”（王明泽《陈垣事迹著作编年》，载于《纪念陈垣校长诞生110周年学术论文集》，北京师范大学出版社1990年10月版）
他坚持不与敌伪合作，潜心著述，以全祖望等明末遗民爱国情操相砥砺，并笺注《鲒埼亭集》。所以陈垣致友人信中说：“亦所谓还心愿也。”
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