1937年7月7日卢沟桥事变的爆发，拉开了全面抗战的序幕，国共两党开始再次携手，并肩作战，共同对抗中华民族最险恶的敌人——日寇。身处华北前线的宋哲元西北军、阎锡山晋绥军等地方实力派迅速投入战斗，身处后方的川军、桂军、滇军也不甘落后，紧急动员，挥师北上。
其中，滇军虽然处于最偏远的西南大后方，依然连续组建、扩编了第58军、第60军、新3军等部队开赴抗日前线，前后补充兵员42万人，战斗足迹达及山东、河南、湖北、江西、湖南、浙江等省，参加了徐州会战、武汉会战及中国第九战区的几乎所有重要战役，付出了重大牺牲，其中仅徐州会战期间就在台儿庄前线损失18000人。
出省滇军大部脱离控制
尽管如此，蒋介石仍然并未放过分化、削弱滇军的任何机会，从1937年10月滇军出省征战开始，就被派遣辗转作战于全国各地，其大部分高级将领要么被拉拢、要么被以明升暗降的方式剥夺兵权。武汉会战结束后，第58军、新3军被划归第9战区，由战区司令薛岳统一指挥，部队人事调动也被薛控制，逐渐被调入大批中央系军官。到1940年，这两个军已经基本脱离滇系势力的控制。
第60军于1940年9月被调回云南加强边境线防守，但数月后其接到命令，麾下第183师划归新3军管辖，部队仅剩第182师、第184师两支部队。至此，云南省集全省之力组建的3个军，仅剩两个师返回家乡；但相比之下，涌入云南的中央军势力却占据明显优势。
30余万中央军进入云南
早在抗战之初，中央军部分机关和“军统”特务组织就开始迁入云南，逐步开始对云南的控制；随着国民政府迁都重庆，大量的军队、机关工厂、大专院校等涌入云南。1941年，日寇占领越南，西南边疆危机一触即发，蒋介石以保卫西南大后方和国际交通线为借口调动关麟征第9集团军进驻滇越边境。
1942年春日寇入侵缅甸，蒋介石下令在滇西组建中国远征军，集中霍揆章第2集团军、宋希濂第11集团军等部进驻；何应钦为司令的陆军总部和杜聿明第5集团军、宪兵第13团也趁机进驻省会昆明周边，加上早已进驻滇南的关麟征部，整个云南省的中央军部队总兵力超过30万人，4倍于滇军，装备和后勤补给能力也强于滇军。
滇军紧急扩充，与蒋对抗
中央军在云南优势的增大，让云南省主席龙云如坐针毡，但他毕竟是统治云南十余年的一方诸侯，自然不甘心坐以待毙。首先，他打起“保境安民”的旗号，不顾蒋介石“国防归中央”的命令，一口气扩编了7个步兵旅，并在此基础上组建第93军。其次，龙云借助自己对各市县政权的控制，下令各地征调壮丁，组建保安团，很快建立起4万余人的地方武装，也是一股不容忽视的力量。
蒋介石见龙云一方势力暴涨，加上大敌当前，不宜再启战端，遂采取怀柔政策，任命龙云为军事委员会委员长昆明行营主任、驻滇干部训练团副团长、陆军副总司令等职，“凡归昆明行营序列之部队，无论驻在何地，皆由龙云全权指挥与负责部署，中央绝不干预。”
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