北宋后理学为皇权所重，朱熹发展出新儒家或叫儒教，中国社会进入高度专制时期，特别是灭绝异端、禁锢思想，同时罗织文网、诛戮异端文士，私学尽毁。后世言儒学旧矣，皆为理学，言文化之败，皆为理学下文化，非中国文化之本原；万物皆有所长，万物皆有所短，不察中国文化之本，以理学代中国文化，遂行沉没中国文化之途。西学东渐，不察西学之短长，片面的看优势，则有一叶障目之恨，好比见惯高墙大院之牡丹，徒见狗尾巴草，以为奇珍异草，孰不知物物皆有本性而随化自然。
《神农本草经》为医家四世之一，是现存最早的中药学著作 ，奠定医家用药，配伍的原则，后世药学无论如何发展，知识趋全而已，不出《神农本草经》范围；南北朝陶弘景把《神农本草经》给予整理、作注，在上中下三品上继续分类，用红、黑二色分别写《本经》与《别录》的内容，名之为《本草经集注》；唐代苏敬等人编修《新修本草》或叫《唐本草》，开启药物学编修之风，后历代皆有编修，到明代李时珍惑于药物典籍，多而庞杂，编撰，整理出《本草纲目》，成为世界上最大最全的药物学典籍；民国时期陈存仁著有《中国药学大辞典》，是现代药物学第一部具有重要影响的大型药学辞书。医家后有黄元御，自幼遍览经史著作，达通阴阳五行，“未识天道、焉知人理”，而后知仲景《伤寒杂病论》《难经》，知《黄帝内经》，《神农本草经》，遍达于“医门四圣”，终传故有“ 文是基础医是楼”之说，回归于医家大道之本，被誉为“黄药师”，真的难能可贵！而社会医之下工，不明于阴阳五行，不通于医家四世，只见理学之斗室，不窥室外之自然绚丽，妄自菲薄，遂毁人一时，而难察历史，医家沦丧，只行西医之法，来学中医，有四不象之感。中国文化之医家，先通达阴阳五行，后通于医家四世，则为医，中药以《神农本草经》为基础，以 三百六十五味中药，配三百六十五天足矣，何必求其全，终不出辛、酸、甘、苦、咸之论。
徐光启自幼博览群书，通晓阴阳五行之理，更明六艺之传承，受惠于儒墨经典，儒学入仕不利，则致力于墨家行兼用之本，遂用之术理，通达于天文，数学，几何，机械，农工，兵器等具体应用科学，并且汇于西学之长，成《农政全书》之伟； 宋应星自幼有好学之能，稍长即通阴阳五行之本，博览群书而不缀，又得儒家张子之厚，更得墨家兼用之才，术理应用之能，达于天文学、声学、农学，工艺制造，本意继儒学入仕而未果，进则行墨家术理之能事，成就《天工开物》之风范。因理学为皇权所重，异者不用，致使文人行己私个人之路，明末有徐宏祖铺就《徐霞客游记》，得各地私学渐盛，以别于官学。
官学大力推行崇正统、灭异端的文化专制。八股为行文之法，非取士之道，而理学之官学以一家之言，妄自八股取士，文化僵尸出现，伪道，书呆子等词汇涌现，这是对理学最好之嘲弄。王阳明继承陆九渊之心学，遂有发展，欲回儒家之本，鉴于佛教盛行，道教纷开，然而惑多余知而不行，导致知行难一，后世不明，片面放大心学之好，只留心有余而行不进也。后有王夫之先沉浸十三经之意旨，悟儒家大道之本，遂逆行于理学之为，感慨于经世治国之旁落，后顿悟于阴阳五行之生化，“静者静动，非不动也”，“动而成象则静”，“动而趋行者动，动而赴止者静”，通达于阴阳生化之外，遂得中国文化大道之本原，则始终归于儒家之本，进而在张载人性认知上，进一步提出“日知日行”，开启儒家在人性认识论的新篇章，在儒家学术上向前迈进了一大步，超越理学行用之末，以末带本的认知；而在史学上，一改《资治通鉴》以来得一家断言，从客观公正的立场阐明历史事件，即为“敦实行，传信史”，“立公言，去私意”，回太史公治史之本意，这才是史学当有之风貌，而非《资治通鉴》一家私意之说，妄说历史而非鉴于史册，丧名之本意，绝史家大道。后再无人出王夫之之左，西学东渐，国人不明而自哀，哀而不鉴，遂自毁文化之大道本原。
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