SVI建议将PP5/BP6证据从ACMG/AMP指南框架中移除

2018年，序列变异解读工作组(Sequence Variant Interpretation Working Group)对PP5/BP6证据提出：应考虑将其从ACMG/AMP指南框架中移除。     

PP5：“Reputable source recently reports variant as pathogenic, but the evidence is not available to the laboratory to perform an independent evaluation.”

“有可靠信誉来源的报告认为该变异是致病的，但实验室没有证据进行独立评估。”       

BP6：“Reputable source recently reports variant as benign, but the evidence is not available to the laboratory to perform an independent evaluation.”    

理由如下：

原始数据远比那些无法获得原始数据的专家意见要好得多。因为PP5/BP6证据是依据别人的“论断或结论”，而不是直接从证据本身出发考虑的。    

在2015年提出PP5/BP6可能是合适的，因为ClinVar数据库为实验室和研究人员共享了原始数据，使得他们在数据库中获益。事实上，ClinVar的成功程度超过了人们的预期。截止2018年1月8，ClinVar数据库有375,106种变异的580,831个“结论”。其中81% 变异位点(470,245/580,831)有结论判定标准“assertion criteria provided”。    

在共享临床报告项目(Sharing Clinical Reports Project)中，临床医生收集了一家大型商业实验室在过去十年中一直拒绝共享基础数据或向ClinVar提交过的报告(包括变异解读)。随着遗传性乳腺癌和卵巢癌易感等位基因的数据越来越多地来自其他实验室，这些数据的必要性价值在减少。   

担心PP5/BP6证据可能经常会被实验室误用。实验室可能会将原始数据纳入变异评估(例如功能数据、PS3/BS3标准)，同时调用现有分类标准PP5/BP6，这可能会导致重复计数，并可能导致致病性分类错误。   

笔者注：ClinVar数据库以真实的案例证据为基础，可灵活调用其病例数据，看看是否适用于其他证据，如de novo、家系共分离、病例证据。