通常而言，有限责任公司股东的出资比例、持股比例及表决权比例原则上保持一致。但随着各股东之间合作形式的多样化，有限责任公司会出现出资比例与持股、表决比例不一致的设计以满足实际需求。
一、《公司法》及最高院判决关于出资比例、持股比例、表决权比例的相关规定与认定。
《公司法》第四十二条规定：“股东会会议由股东按照出资比例行使表决权；但是，公司章程另有规定的除外。”
最高人民法院民事判决书（2011）民提字第6号判决认为，在注册资本符合法定要求的情况下，我国法律并未禁止股东内部对各自的实际出资数额和占有股权比例做出约定，这样的约定并不影响公司资本对公司债权担保等对外基本功能实现，并非规避法律的行为，应属于公司股东意思自治的范畴。但是，为了防止出现大股东或者多数股东欺压小股东或者少数股东的情况，应严格限制该约定的生效条件为全体股东一致同意。
综上可知，出资比例与股权比例及表决权比例可约定不一致，该约定并不违反《公司法》的规定，且能充分尊重公司意思自治，应当予以保护。
二、股东出资比例与持股比例、表决权比例不一致的章程设计。
一方面，公司章程应明确经全体股东协商一致出资比例与持股比例不一致，并删除其他相矛盾之条款。比如甲、乙、丙共同设立A公司，A公司注册资本为100万元，注册资本由甲、乙各投入50万，公司章程可明确约定,经全体股东一致同意甲按照50%的比例持有股权、乙按照40%的比例持有股权、丙按照10%的比例持有股权。另一方面，关于出资比例与表决权则可直接根据公司法另行由章程规定 。
综上，有限责任公司股东的出资比例与持股比例和表决权比例，在经过公司章程或股东全体一致同意后，三者可以不是同一比例。
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