清代是封建专制皇权最集中的一个时期，皇帝拥有至高无上的权威，所谓的军机大臣虽为当朝重臣，甚至被冠以宰相，实则奴才而已。他们所能做的，也仅仅是忠实地执行皇帝的决策，充其量不过是秘书的角色。但从另外一个角度来说，军机大臣和皇帝之间还有一层微妙的关系。
清代皇帝勤于政务，但也非事事都能拿主意，更多的时候他们还是会征求军机大臣们的意见。换句话说，皇帝可以限制大臣，同样大臣也可以限制皇帝的自主行动。以军机大臣来说，主要和皇帝有三个方面的交集。
其一，对于外省奏折的决策
康熙、雍正时期，奏折制度是一种丰正式的、皇帝与地方大员间的私人通信渠道。雍正即位后，扩大了这一制度，使用它搭建与心腹官员的联系桥梁，循循善诱，吐露心声。雍正帝对奏折如何在京处理尤其重视，对于抄录和存档，不厌其烦地指示军机处，可谓细微入至。这中间军机大臣就发挥了重要的作用。
乾隆帝即位后，奏折就从过去康雍时期秘密、非正式的通信渠道转变成正式、系统化和制度化的体系，用以上呈并决定国家的许多事务。和雍正批复奏折的长篇大论不同，乾隆帝批阅奏折十分简单明了，例如一些不太重要的奏折，他就批示“览”或“知道了”，只需在内廷存档。
当然，乾隆帝还有一些批复奏折的套语，如“另有旨”、“该部议奏”、“军机大臣议奏”等。通常情况下，乾隆帝都能选用适当的套语，如果他不能，军机大臣就会给他奏片，请求他做必要增加，以确保奏折能正确处理。
在皇帝偶尔粗心的场合，军机大臣会主动地忽视不合适的朱批并根据形势采取行动。这样一来，军机大臣就无形的参与到了决策政务当中，替皇帝行使权力。这一点也表明，清中期时皇帝并非是一人独治，皇帝不受约束的行为，当然是存在的，但也受到限制。
就奏折而言，皇帝主要有两种不受约束的做法。首先，他拥有将奏折交发的权力。也就是说，他能选择到底由哪一个朝臣议奏外省奏折所提出的问题，即议覆奏折。这一方法可以绕开军机大臣或其他个人及群体，不给他们研究此问题并提出建议的机会。这种奏折交发的权力使皇帝可以挑选并可能提出他自己能够同意之建议的人。
尽管在雍正时期，皇帝专断地使用这种权力，以强化他的行政作风，但在乾隆朝，许多有一定裁量权的任务都交给了军机大臣或是其他大臣，比如六部九卿等。乾隆帝极少使用这种交发权以绕开他所有的军机大臣。
另一种不受约束的是皇帝拥有直接批准奏折中的建议的权力。通过这种手段，皇帝能够自主、，秘密地决策，不受大臣建议的干扰。但在乾隆朝，这种情况很少发生，通常是将奏折交付议论，这种批示为“军机大臣速议具奏”。
最后，若是皇帝给奏折的批示不切实际，那么它的执行就将成为问题。军机大臣向规避这种错误其实也不难，从乾隆朝开始，奏折在批示往往都是较为模糊并留有余地的，为的就是让军机大臣可以从中周旋和谐一些不该出现的错误问题。
其二，廷寄上谕中的决策
军机处的崛起造成了对于皇帝行动的非正式限制。雍正七年时，岳钟琪对准噶尔蒙古用兵失败。雍正帝在朱批中想岳钟琪吐露心声，他写道：“朕诚惶诚恐，通自省责，一一皆我君臣自取之咎。”这表明雍正帝别无他法，只能自己担当过失，因为他当时并没有征求军机大臣的建议，而是决定独自一人行事。
就在这件事发生后不久，雍正帝就扩大了廷寄人员名单，成了一个专家讨论班子。早期的廷寄主要是由怡亲王允祥和张廷玉来做的，扩大名单以后，包括了所有的军机大臣以及办理军需大臣。此后朝廷对准噶尔用兵，雍正帝不再只是与某位心腹磋商，而是集思广益。
这对于前线的将帅们来说也是好事，因为他们知道收到的廷寄不完全是出自皇帝个人的，而是经过军机处众大臣商议后的结果，这样他们就更有信心，不会怀疑最高指示会出现过多的偏差。
乾隆朝时，大臣们继续参与廷寄的讨论，通常是命军机大臣进见，商量外省大员上呈的奏折。之后，乾隆帝又有一种新的做法，承旨人员名单只开列领班军机大臣，有时是两个职务最高的人。嘉庆二年，当时和珅在阿桂去世后成为首席军机大臣，所有军机大臣个人的名字都从廷寄的承旨名单中省略了，只用“军机大臣”字样。
可以看出，皇帝虽然是决策的主导，但也形成了一个与军机大臣商讨的传统，而且这种传统在乾隆中晚期以后逐渐形成了制度。
其三，决策与议覆奏折
外省奏折上呈皇帝，往往在汇报某一件事时会提出自己的见解，或一个或两个，皇帝会将这些建议分派给军机处和其他大臣共同讨论，这就是议覆。大多数议覆奏折是由军机大臣进行商讨，并给出最终建议。如果皇帝不满意，该问题就会被重新分派，讨论的结果会由数个在京重要机构参与。
面对议覆，皇帝可以同意，可以修改，也可以直接拒绝。从乾隆一朝的情况来看，乾隆帝虽然保留了这种权力，但极少这样做，大多时候都是同意军机大臣提出覆议。因为乾隆知道，皇帝不能凡事都要插手，他需要大臣们的合作，经常性行使否决权就会降低士气并动摇大臣们的凝聚力，这种局面乾隆显然是不愿看到的。
还有，皇帝在处理议覆奏折时，也不太可能不受束缚，因为大臣间的分歧在讨论过程中差不多已经达成一致，尽管皇帝有时会怀疑或看出分歧，但通常面对的是在建议背后显然团结一致的官员群体，甚至是那些开始反对该建议的人也签了字。即便皇帝有权否决这样的议覆结果，但也不会真的否决。
事实上，军机处崛起以后，无形地扩大了官员在政府中的影响力，无论在位的皇帝是否强势，这个班子都减弱了皇帝积极干预决策的必要性。之所以会出现这样微妙的关系，主要是封建专制时代，以皇帝一人并非真能治理一个国家，在很多事情上，必须要依靠集体的力量才能达成，而军机处就是为此而生的。
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