1、
随着乾隆年间在西藏重新布署驻防清军、颁布和执行章程以及藏军的整编，清朝用兵西藏的能量达到极至，驻兵西藏形成制度化和法律化。从嘉庆朝开始，问题又开始出现，集中表现于维持驻藏官兵的基本待遇、保证他们安心戍边、按班更换的问题。
饷银的拨放即是一个事关军心的问题。嘉庆等各个皇帝不得不重视对这个问题的妥善解决。驻藏官兵的饷银向“由川省拨解”，但因“路途遥远，雨雪难行，偶尔迟误”。（注：《清仁宗实录》卷91。）嘉庆五、六年（1800年和1801年），川省没有将饷银解送西藏，驻藏大臣英善、福宁只好向达赖喇嘛和班禅喇嘛分别借银一万四千两和六千两应急。嘉庆帝得知此事后，降旨“川省督藩等办理不善，实难辞咎。”并谕：“如果逾期不到，驻藏大臣等即当上紧咨催。倘再催而不应，即应据实参奏。”（《清仁宗实录》卷91。）一旦饷银到藏，“俱即如数拨还”所借达赖、班禅银两。
此后，川省督藩不敢过多怠慢，基本上保证了驻藏官兵饷银的按时拨解。但到光绪二年（1876年），驻藏大臣松溎又就驻藏官兵“请按年预拨饷项一折”上奏。光绪帝认为此事“均关紧要”，“著文格即将本年应解之饷迅速解齐，并将光绪三年额饷银六万两，于年前全数解藏。嗣后即作为定章，按年递推，预为筹办，毋误要需。”（光绪二年（1876年）润五月乙亥：《清德宗实录》卷33。）
驻藏清军饷项于同治十一年（1872年）奏定每年拨银六万两应用，光绪八年（1882年）丁宝祯奏应从是年（1882年）起改为三年拨银十三万两，减拨近三分之一的费用。此奏遭到了驻藏大臣色楞额等人的反对，他上奏慎重边防，请饬四川仍照定章拨饷一折。光绪帝饬令：“西藏饷需关系紧要，色楞额所奏各节自系实在情形，著丁宝祯督饬藩司，每年仍行筹解银六万两，以应要需。”（光绪八年（1882年）三月己亥：《清德宗实录》卷144。）
到宣统年间，驻藏绿营官兵的饷项似有增加，宣统三年（1911年）三月，据驻藏大臣联豫奏称：“驻藏绿营官弁制兵共计尚存一千余名，现拟一律裁撤。”“此项制兵从前系由川省委派粮员，经理饷项，每年通计领饷银九万三千两。”（宣统三年（1911年）三月丙午：《宣统政纪》卷50。）
清朝西藏驻兵，规定3年一换为既定制度，但是从嘉庆以后，执行不力，出现了延误和不能按时按班更换的情况。最严重的一次是自嘉庆元年（1796年）直到嘉庆十年（1805年）的9年间，“因内陆军务未竣，未能按班更换”。（《清仁宗实录》卷147）
当时考虑到派驻西藏的官兵必须有个熟悉藏情的过程，老兵比较熟悉藏情，但新兵“尽属生手，殊非慎重边防之道。”因此驻藏大臣策拔克等奏请驻藏班满官兵酌拟分起间年“二次更换。”嘉庆帝恩准此奏，决定初次官兵于嘉庆十一年（1806年）五月起程，其余一半间隔一年至十三年（1808年）五月起程进行换防，此又拖延了班满半数官兵的离藏，但却保证了新老官兵的交接和传带，有利于新兵尽快“熟悉夷情”与“练习营制。”
上述体制之弊端，在于“留防过多，更换日少”，而且“例准雇役番妇代司缝纫樵汲”，难免出现感情纠葛。道光二十四年（1844年）七月，驻藏大臣琦善等曾奏称：绿营兵丁“奸生之子，在营食粮者，现已十居二三。”（《清宣宗实录》卷407。）也就是说，绿营官兵和当地妇女结合所生的孩子已经规模不小，在驻防营地里吃饷银。
清统治者深感此事关系重大，“恐在营弁兵，渐成唐古特族类”，“自当渐次裁革”，担心官兵长期驻扎后会成了当地人，决定“嗣后遇换防之期，即行照例更换，少准留防。”（《清宣宗实录》卷407。）从此，按班按时换防才趋于正常。
2、
1840年鸦片战争爆发后，中国开始沦为半殖民地半封建社会。清朝从“康乾盛事”逐步衰败。清朝对西藏的统治亦趋于逐渐弱化。英帝国主义乘机向我西藏边界诸国加紧侵略，清朝则采取“不闻不问”、“少管闲事”的态度，藏边诸国渐对清朝表现出离心疏远。
英国东印度公司侵占了廓尔喀南部平原地区，廓尔喀曾多次向清朝政府求援，但腐朽的晚清政府却采取了“不干涉”外藩的政策，致使英国势力进而侵入到其他喜马拉雅诸山国。到19世纪中叶，英国逐步控制了属于清朝“藩属”的不丹、锡金等喜马拉雅诸山国，形成了对西藏的包围。
1841年4月，克什米尔的森巴王国分兵三路侵入西藏西部，得到了英国的支持。忙于鸦片战争的清朝没有兵力可以派往西藏迎敌，驻藏大臣派了噶伦才丹多吉和代本比喜率藏军1300人，前往阿里反攻。清朝政府特命驻藏大臣将存于武器库房的劈山大炮交给藏军使用，“以资攻剿”。随后，噶厦又抽派前后藏民兵500人，前往增援。道光二十二年（1842年）冬，阿里降大雪，藏军利用森巴人不耐冷、大雪封山、供给困难等有利条件，同入侵者进行了决战，森巴人大败。藏军“杀毙森巴头目四十余人，贼匪一千五百余名，投降者八百三十余名”。（《西藏奏疏》卷1，第53页下。）并乘胜追击至拉达克，阿里失地全部收复。
建立森巴王国的古拉伯辛格
同年（1842年）4月，不甘失败的克什米尔古拉伯·辛格又派出5000名援军，锡克王国也派几千援军增援拉达克。经过一番激战，藏军溃败。噶伦索康、代本比喜等被俘，大部分藏军被杀。（《拉达克王统记》（藏文本），西藏人民出版社1987年版）9月17日（藏历八月二十三日），以噶伦索康、代本比喜为首，与森巴代表于列城举行谈判，最后签订了停战协议。最终，藏兵先胜后败，失去了拉达克地区的控制权。
太平天国运动时期，清朝疲于应付内陆危局，完全无力应对边疆的危机。英国蚕食了中国西藏的临国和友邦后，一直蓄意侵略中国西藏领土。1888年和1904年，英军公然两次发动侵略西藏的战争。
当时，清朝已无力派遣军队进藏征战，西藏军民与侵略军进行了殊死的战斗，最终英国人凭借洋枪、洋炮攻占拉萨。十三世达赖喇嘛出逃，噶厦地方政府被迫与英国侵略者签定了《拉萨条约》。随后英军撤走拉萨，劫去了西藏的大量珍贵文物。《拉萨条约》签订时，清政府电示驻藏大臣有泰没有签字，另派唐绍仪为中方全权代表赴印度与英方商谈修改《拉萨条约》。
1906年4月27日，中英关于西藏的第二次条约在北京签订，并将《拉萨条约》作为该约的附约。据此清政府于1908年1月27日付清了赔偿英国的兵费二百五十万卢比（合中国银一百二十万两），英军不得不提前22年从其所占领的西藏春丕谷撤走。
此后，清朝派张荫棠入藏“查办藏事”；赵尔丰在西康推行“改土归流”。光绪三十四年（1908年）底，清政府对西藏又采取了两项重要措施：一是任命赵尔丰为驻藏大臣，兼川、滇边务大臣；二是命令知府钟颖统率川军2000人自成都经康定、昌都向拉萨挺进，这是清朝对西藏的第六次用兵。
赵尔丰
3、
清朝是一个统一的多民族国家。清朝用兵和驻兵西藏的制度，是清朝管理边疆的一个重要内容，体现了清政府对西藏的主权和政治的管理，它对于西藏在政治、军事、经济和文化等方面的建制和发展都起到了积极的作用，产生了深远的影响。
清军进藏驻藏是清政府管理西藏地方事务的一项重要举措。清朝通过用兵，抵御了外敌的侵略，巩固了国防，保护了西藏人民的利益；平息了内乱，维护了西藏地方的稳定。通过用兵，清朝加强了对西藏的政治、经济、文化等诸方面的管理。用兵后，酌定善后事宜，颁布规章制度，不断整顿西藏地方的行政体制和管理方式，使清朝治藏政策基本上能够符合西藏的特点，有利于西藏的发展。
清朝用兵西藏，进一步提高了清朝中央的威望，促进了西藏地方对清中央政府的向心力作用。清朝用兵西藏又推进了民族关系和民族融合的发展。清军本身就是一支由满、汉、蒙等多民族组成的军队，清军驻藏，长期与藏民族和睦相处，互相学习和交流。在清军中，官兵雇佣藏族妇女进行“喂马樵汲缝补之事，相沿已久。”（乾隆五十九年（1789年）六月二十七日，“和珅等遵旨议复藏地善后事宜十九条”，见《一史馆藏宫中朱批奏折》。）
藏族妇女与清兵“私相往来”，致使清军营中“弁兵奸生之子，在营食粮者，现已十居二三。”（道光二十四年七月，琦善等奏，见《清宣宗实录》卷407。）清兵与藏族通婚，渐成潮流，驻藏清兵适应了藏族生活，有的甚至愿意留居西藏。清朝统治者也提倡驻藏清兵“以糌粑为食”，“与番兵同甘苦。”（松筠：《西招图略》，西藏人民出版社1982年版，第23页。）这些情况，促进了民族融合，有利于维护民族团结。
清朝用兵西藏，派遣军队驻守各个要隘，加强边境巡逻，整编藏军，加强西藏地方军事力量，威慑外敌，安定内部，形成定制。这些前已详述，此不赘述。清朝大规模用兵西藏，还波及川、滇、甘、青藏族地区的稳定与发展。清朝从进藏部队中抽调兵力的同时将其驻防于上述西藏，稳住后方，有力地支援了对西藏的一系列军事行动，同时对于这些地方的开发和发展发挥了重要作用。
推行军屯是清代就近解决戍边部队粮饷问题的又一办法。清自康熙年间用兵西藏后，逐渐在邻近的川（如大小金川）、滇（如中甸和维西）、青（如西宁至格尔木）等省西藏推行军屯。雍正九年，清廷即派兵在青海柴达木盆地的额色尔津地方筑城建廒，进行屯田。官府还发直隶、山西、河南、山东、陕西等5省军罪人犯到青海大通布隆吉尔等处，“令共开垦。”（吴燕绍：《西藏史大纲》）
屯田地区除接受犯人之外，还吸引不少汉人向西藏迁移，官府给予屯田眷属的待遇。对投诚的藏民，官府也安插与汉人一体屯垦。屯田带有军民混合、汉藏结合的特点。这些屯田，支持了西藏，解决了驻藏清军的一部分养赡问题，减少了内陆供粮的压力。屯田不仅是对西藏农牧业生产有示范效应，而且也有利于促进西藏的开发。
清军进藏和驻藏极大地推动了西藏与内陆、藏族与汉族之间的文化交流。清军把军用物资、生活用品以及内陆先进的农耕、畜牧、建筑、艺术等方面的技术带进西藏，又把西藏的文化及地方特产、各种艺术品等带回内陆，形成广泛的交流。
清军进藏后主动学习藏族文化，清统治者鼓励清军要“熟悉夷情”，士兵主动适应高原生活，甚至与藏族通婚。藏族也向清军学习先进的内陆文化和生产技术。清军作为一个文化的载体，在与藏族的接触中，留下了许多反映藏汉民族文化交流的历史遗迹。由清军建造的分布于拉萨等西藏各地的关帝庙就是其中的重要反映。清军在西藏建有10多座关帝庙，最有名是今尚存的拉萨磨盘山关帝庙。
拉萨的磨盘山关帝庙
拉萨的磨盘山关帝庙是西藏僧俗人民缅怀中央政府和清军历史功绩及祭祀关公的地方，每年驻藏绿营官兵、驻藏大臣衙门官员及随行人员、内陆各族商人及其家属、当地藏族僧俗都会前去祭拜。人们祭祀关公以实现祈福、祛病、消灾、避祸、求官和佑安等愿望和要求。历史上磨盘山的香火四季不断，它是汉藏文化进行交流的一种体现。
总之，清军进藏驻藏是有史以来前所未有的重大举措，是清朝政府对西藏行使主权的重要体现，它在保卫祖国领土完整、巩固国防、安定西藏、保证西藏地方的稳定和发展等方面功不可抹。它推动了内陆各族人民与西藏之间的政治、经济、文化等方面的友好往来，为维护祖国统一和民族团结作出了重要的贡献。
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