在明政府的大力扶植下，琉球国的航海业在明代宣德（1426-1435）至嘉靖（1522-1566）年间迅速壮大。琉球的贸易船只在中国与东南亚诸国之间来往频繁，占据着十分有利的位置。除了硫磺和其它土产外，琉球朝贡的贡品主要通过与南海国家的贸易购得，其财政收入则主要依靠对明朝的朝贡。他们把中国急需的胡椒、香料等贩运到明朝作为贡品，然后把明朝赏赐大量的丝绸纺织品、陶瓷制品贩运到日本、朝鲜等国，从中经营着三角贸易。
早在明朝洪武五年（1372），琉球首次入明朝贡时，所献方物中就有胡椒、苏木、香料等东南亚物产。据《明会典》载，琉球对明代的贡物有马、硫磺、苏木、胡椒、螺壳、海巴、刀、生给铜、锡、牛皮、折子扇、磨刀石、玛瑙、乌木、降香、木香等。弘治十五年（1502），市舶司衙门进行大规模扩建。管辖琉球朝贡贸易的福州市舶司仅贮存货物的香料仓库三间、苏木仓库三间、硫磺仓库三间。可见当时琉球与东南亚各国的贸易规模较大，而主要交换的物品就是中国所需的各类香料。这在中国的史籍上也多有记载，下以分别以琉球和暹罗、爪哇、满剌加之间的贸易往来为例。
琉球-暹罗：
暹罗位于中南半岛，是东南亚航道重要的支线。当马六甲为中心的主航道受阻时，暹罗就和其他几个支线一起担负起整个地区贸易的运转。暹罗的物产也比较丰富，盛产大米，据《明史·暹罗传》记载，其国内的香料资源也颇为丰富。其贡物主要有安息香、罗斛香、速香、檀香、黄熟香、降真香、乳香、树香、木香、丁香、乌香、胡椒、苏木、肉豆蔻、白豆蔻、荜茇、乌木、大枫子等等。据《历代宝案》记载，琉球和暹罗最早联系是在洪熙元年（1425），其交往主要是海上商业活动的结果。
琉球国王至暹罗的咨文记载：“琉球国中山王为朝贡事，照得本国稀少贡物，为此今遣正使……装载瓷器，前往贵国出产地面，收买胡椒、苏木等物回国，谨备进贡大明”。景泰元年（1450），礼部奏称，琉球国通事程鸿等通报明廷，称琉球的朝贡船只在朝贡后想到暹罗国收买苏木等物，但是中途遭遇大风，致使船只损坏无法回国。琉球通事欲将明朝赏赐采币等物购买木材，请工匠重新造船返回。通过这两条记载便可窥探明朝的朝贡贸易对琉球中介贸易的影响。琉球了解胡椒、苏木等香料为中国所需，又因琉球本国不产香料，只得南下交换。值得注意的是琉球的朝贡和南海置易通常是一个连续的过程，即先入明朝贡而后直接用明朝的赏赐与东南亚各国进行贸易，然后满载香料而回。如此频繁的香料贸易，可见其背后的贸易利益相当客观。
琉球-爪哇：
琉球和爪哇于 1430 年建立联系。据《历代宝案》记载，从 1430 到 1442 年间琉球向爪哇遣使的咨文。中国史籍亦有记载，如正统六年（1441），巡按福建御史郑顒等奏称，琉球国通事沈志良、使者阿普斯古驾船载瓷器等物，往爪哇国买胡椒、苏木等物，但是仅到东山就遇到强风，致使桅折损无法前行，只得妄称进贡进港修理。琉球和爪哇的贸易和 14 世纪满者伯夷王国的贸易地位不无关系。
早在 12 世纪左右，印度尼西亚全境的商业就得到较大的发展。当时阿拉伯人和整个群岛进行的广泛贸易，他们到岛上购得胡椒、香料和贵重木材。三佛齐灭亡后，爪哇完全掌握着资源丰富的马来群岛及马六甲海峡等以西的货源，香料和稻米贸易也主要操在爪哇人手里。当时运往爪哇的货物“有万丹的胡椒，……有马鲁古群岛的丁香、豆落，小巽他群岛的檀香，……而中国人则从更远的地方运来瓷器、玉石和绸级。从遥远阿拉伯来的船只则饭来印度的粗细棉布、波斯的宝石和钻石。”当时爪哇进贡的货物中，仅香料、药材就多大几十种。其中仅香料就包括：胡椒、苏木、奇南香、植香、麻膝香、速香、降香 木香、乳香、龙脑、乌香、丁皮、黄熟香、安息香、蔷薇露。琉球和爪哇的贸易往来，也主要目的是为了置办入明的贡物，交换物品仍然以各类香料为主。
琉球-满剌加
琉球和满剌加两国之间的贸易较为频繁，商旅来往密切。据《历代宝案》中记载，在琉球与满剌加通商的 50 年间，琉球与满刺加的交往以成化年间最为频繁。成化（1465-1487年）年间，琉球至满剌加的咨文共计有十件，分别在元年一件、三年两件、四年一件、五年一件、六年一件、八年两件。期间，琉球向满剌加的航船次数达八次。另有琉球至满剌加的咨文两件，分别在天顺(1457—1464 年)七年一件、八年一件。满刺加致琉球的咨文共六件，也均在成化年间，分别为为成化三年一件、五年一件、六年一件、十六年两件和十七年一件。
琉球和满剌加最早的咨文是在天顺七年（1463），琉球国王尚德(1469-1471)致素丹芒速沙的。咨文中说，琉球欲遣使往满剌加，出带有献给满刺加国王的离去之外，还装载着大量的货物前往交易。中国史籍中也有大量关于琉球与满刺加通商的记载，在成化九年（1473），琉球中山王舅武实来朝贡时奏称“……武实复奏，国王常遣人往满刺加国收买贡物，被风坏船，漂至广州，有司转送福建，侯臣等同还，乞自备工料修船回国。”弘治十六年（1503）琉球国王派遣吴诗等乘舟到满刺加国交易，途中遇到大风导致货船损毁，吴诗等 152 人漂至海南获救。最后的一张执照是在正德六年（1511）。其与满刺加的通商一直到葡萄牙殖民者人侵马六甲时才结束。
自郑和航海活动停止以后，东亚的朝贡贸易主要体现为以琉球为媒介的间接贸易。这一过程中国际贸易港之间的交流往来更是将整个东亚地区间的贸易整合在了一起。琉球位于日本九州与中国台湾之间的海域，自古为东北亚海上交通的重要组成部分。明代史书《筹海图编》记载着一条“历代以来中国使臣入番之故道”，也就是“福建使往日本针路”。此航路从福州的梅花港出发，顺沿岸流先要南下，然后再借台湾暖流北上，进入黑潮干流，前往琉球那霸；接着再从那霸出发北上，抵达日本兵裤山港（神户）。此航路是先循沿岸流南下后，再循黑潮的东北流向前往琉球与日本的海流规律。这即是宋代的直接横渡东海通往高丽的“海道舟舡路”，这条航线贯通了琉球日本航路后，再与登州海行入高丽渤海道衔接，这就形成了古代环绕东亚大陆外围岛弧的海上航路网。而爪哇、满剌加都是东南亚各国货物的集散地。几个重要的国际贸易港之间的经济往来有力的推动着东北亚和东南亚之间的商品交换，并将两大区域整合于明朝朝贡贸易朝贡体系之下。
在这一特殊的贸易体系下，明王朝依然扮演着重要的角色。其一，由明朝“非贡不得入市”的特殊贸易体制所产生的朝贡贸易关系是联系琉球及各国的纽带。由于明朝厉行海禁，海外国家和明朝的贸易都只能以“朝贡”的形式进行。琉球与东南亚各国的交易，也通常都是以置办贡品为名，如正德四年（1509）琉球发往满刺加的商船执照日：“琉球国中山王尚真为进贡等事：切照本国产物稀少，缺乏贡物，深为未便。……前往满剌加出产地面，两平收买苏木、胡椒等物，回国预备下年进贡。”琉球入贡明朝常常误期，也以到各地置办贡物为名。说：“（弘治）十七年（1504）遣使补贡，谓小邦贡物常市之满刺加，因遭风致失期。”以琉球为中心，对朝贡物品的交换需求维系着琉球与朝鲜、暹罗、爪哇的关系，进而导致了琉球海洋网络的形成。其二，明朝的供需特点决定着朝贡贸易体系内商品流动的结构。从琉球从东南亚各国购买的物品来看，香料和药材是每次交易都会购买的物品。由此可见，明王朝的对特殊海外物品的需求在很大程度上决定了琉球的进口商品种类，同时明王朝又常以丝绸、铜钱等作为回赐物或是结算工具。因而在中国—东南亚贸易区就形成了以香料、奢侈品—丝绸、铜钱为主的商品结构。其三，明朝“海禁”政策的实施力度对琉球中转贸易的影响很大。琉球的贸易地位是在郑和航海活动停止之后凸显出来的，官方贸易渠道的运行不畅加之厉行海禁，明朝欲通过扶持琉球以获取帝国所需的重要资源。当政府无力维持官方贸易，不得不开放海禁时，琉球的中转贸易就被私人海外贸易所代替。
从这个意义上说，有明政府推动的帝国官方贸易对琉球和东南亚国家之间的贸易意义重大。虽然这一时期明朝对朝贡贸易的控制有所减弱，但却是朝贡制度向外扩展并在各国之间建立朝贡贸易联系的时期。明代正统以后，东亚各国都是通过这种间接的朝贡贸易与中国保持着政治经济联系，成为东亚经济圈的有机组成部分。东亚的各类物品在琉球的中转贸易中，在地区之间间源源不断地交流着，使各国在短时间内共同受益，促进了社会的整体发展。但是至正德以后，西人东渐，东南亚的重要岛国相继成殖民地，明廷对关键航线的控制也被西方势力所取代。东南亚地区的局势以及海上私人海外贸易的兴盛迫使明廷在隆庆年间的开放海禁，琉球的中转贸易也随之被兴盛的私人贸易所取代。
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