很多人都以为太阳旗就是日军的军旗，其实太阳旗是日本的国旗，“日本”国名的本意就是“太阳升起的地方”，所以太阳也就自然成了日本的象征。太阳旗正式名称是日章旗，日本人则称为“日の丸”，最早是日本天皇的旗帜，1854年7月江户幕府发布通告，在民船、商船上使用太阳旗作为国籍标志，因此太阳旗就逐渐开始成为代表日本的旗帜，1870年正式将太阳旗定为国旗。
真正的日本军旗，它有很长的一串节，与古时中国的外交使节手中拿的奉节非常相似。这个长节上可以缝一面写有部队名称的旭日旗。旭日旗由太阳旗演化而来，但旗面中的太阳形象略靠左边，周围环绕着16道血红的光芒线。但旗面不是军旗，围绕这面旭日旗的穗及长节才是真正的军旗。
在日本，军旗为天皇亲授，只有建制步兵联队和骑兵联队才拥有，所以也被称为联队旗，具有特殊地位及对军队的绝对影响作用。最早的授旗是在1874年1月23日，日本明治天皇对近卫步兵第1、第2联队亲授军旗，以其为部队团结之核心、精神之象征。
图为甲午战争中的日军近卫师团中的近卫联队军旗
日军每个联队成立时都会有天皇亲授军旗，这就成了日本陆军的传统。而每年到了天皇亲授军旗的纪念日，这个联队都会举行盛大的纪念活动，称为“军旗祭”。
天皇御赐的联队旗由旗面、旗冠和旗杆三部分组成，旗面就是旭日旗，但周边一圈有金色绣线，再外面是紫色流苏（预备役为红色流苏），旗面右下角有一小块白布，白布上写着联队的番号和授旗的天皇名号（后期只有联队番号）。旗冠是镀金的三面体，上面是皇室的16瓣菊花徽记。旗杆则是黑色烤漆旗杆。
联队旗平时保管在联队长室，由联队长亲自保管。如果联队长不在，就由值班的大队长保管。只要拿出室外，就必须要有卫兵保护。联队旗的旗手通常是联队里最优秀的少尉军官担任，而且容貌身高都有要求，另外在联队的编制中还有一个专门的军旗护卫中队，负责保卫军旗。
图为日本广告上的日军30年代军旗手照片
联队旗的地位是如此超然，任何人即便是大将，看到联队旗都必须立正敬礼。联队旗除了是天皇御赐的圣物，关系部队的荣誉外，如果丢失或在战斗中被敌人夺取，都会被视为整个联队的奇耻大辱。更严重的是如果联队旗丢失，联队建制都会被撤销。
满洲事变（九一八事变）中的日军步兵联队旗
一支行军中的日军部队，联队旗被放在旗套里
最初，步兵联队、骑兵联队和炮兵联队都有联队旗，后来取消了炮兵联队的联队旗，就只有步兵和骑兵有联队旗。步兵联队旗为长三尺三寸、宽三尺六寸的长方形，骑兵联队旗则是长宽各为二尺的正方形。不过在战争中有关联队旗的照片保存下来的很少，这是因为联队旗上有部队番号，照片上只要出现联队旗就会泄露部队番号，一般都会被军方的新闻检查部门禁止发表，所以很少见到。
通常情况下，只要联队旗没有完全损毁，就不会重新授予新的军旗。很多老资格的联队，联队旗历经岁月风霜和战火洗礼，旗面都已经是破破烂烂的，甚至有的连旗面都没了，只剩下光秃秃的旗冠、流苏和旗杆，但只要旗冠旗杆还在，就不能申请授予新的军旗。而联队旗越是残破，越是说明这个联队的历史悠久，自然战斗力也越是强悍。
按照日军条令规定，如胜利时，军旗一定要高举，如果遇到有全军覆没丢失联队旗的危险，则应该焚烧联队旗，对此日军有个专门的术语叫“奉烧”。“奉烧”也不是随便就一烧了之，而是有严格的仪式程序。
然后旗手收卷起联队旗交给部队主官先由旗手持旗在护旗手的护卫下登上高处，全体官兵对联队旗行军礼
然后旗手收卷起联队旗交给部队主官
最后由部队主官亲自点火，全体官兵向联队旗致敬直到联队旗完全焚毁为止。
在中国战场上日本军旗被迫“奉烧”有三次，一次是在1941年，当时侵华日军第13师团进攻湖北宜昌，遭到了中国军队的猛烈反击，当中国军队接近其司令部时，日军被迫组织“奉烧”军旗。另两次是在1944年，驻守云南腾冲的日军步兵第113联队和148联队在遭到中国军队的勇猛攻击后，绝望之中遂“奉烧” 军旗。
腾冲战役中，中国军队缴获的日军旗
在太平洋战场，日军第一次“奉烧”联队旗是在1942年8月的瓜达尔卡纳尔岛战役中，日军由第7师团第28联队为基干组建的一木支队被美军全歼，支队长一木清直大佐烧掉联队旗后自杀。而这个一木清直就是1937年7月在卢沟桥挑起七七事变的华北驻屯军第1联队第3大队大队长。在此后的太平洋战场上有多支日军“玉碎”，所以也有过多次“奉烧”联队旗。
瓜岛战役中，美军缴获的日本旗
二战期间，日军绝大多数联队旗都不是在战争中毁掉的，而是在战争结束后的1945年8月31日，根据日本新任陆军大臣下村定陆军大将的特别命令，全军各联队统一“奉烧”，当时总共烧毁444面联队旗，其中在中国境内烧毁了179面。
最终只有一面联队旗被保存了下来，那是第321联队的联队旗，该联队是1945年7月23日刚刚成立，也就是说刚刚被授予联队旗才一个月。联队长后藤四郎大佐在8月23日接到31日“奉烧”联队旗的命令后就决心要违抗命令，将联队旗保存下来。在“奉烧”联队旗的当天，后藤先将全体军官集中到联队长室前，向联队旗进行永别礼。然后命令所有军官先到“奉烧”仪式的现场，只留下自己的心腹旗手有吉胜少尉，两人迅速取下旗面，藏到早已准备好的小木箱，然后只是把旗冠和旗杆放到军旗箱中。随后两人捧着只有旗冠和旗秆的军旗箱赶到仪式现场，按照既定程序在全体官兵面前烧毁了军旗箱。在“奉烧”仪式结束后，有吉再将联队旗秘密送到山口县石城山上的日本神社，交给神社的主持友清欢真。1948年，后藤又秘密将联队旗从石城山取回，藏在长崎自己的家中。
1951年9月8日，《旧金山和约》签订，日本恢复了国家主权，后藤这才在家中举行了一次小型的军旗祭，公开了秘密收藏十多年的联队旗。到1959年8月，他又向日本的NHK电视台公开了这段秘密。1963年3月，在靖国神社宫司筑波藤麿的请求下，后藤将这面“最后的联队旗”交给了靖国神社，一直到今日都保存在靖国神社。就这样，这面联队旗就成了如今存世的唯一一面联队旗了。
图为保存在靖国神社里的唯一一面存世的联队旗
日本投降后，所有日军部队全部解除了武装。之后日本重新成立了自卫队，由于旧日本陆军在当年战争中罪孽深重，遭到了彻底清算，新建的陆上自卫队军官主要都是由警察系统或战前内务省的官僚来担任，起初连旧陆军少佐以上的军官都一律不用，这一规定后来才逐渐放宽，但旧日本陆军出身的军官在陆上自卫队一直都抬不起头们，这些都说明陆上自卫队是想要和旧日本陆军撇清关系，所以陆上自卫队的旗帜虽然还是太阳加光芒线的旭日旗，但改为8道光芒线，并在旗子周边加上了一圈黄边。
日本陆上自卫队的旗帜
但是旧日本海军在投降之后还保留着一支扫雷舰部队，同时由于海军高层和陆军矛盾很深，并且曾经反对和英美开战，所以不仅没有一名海军将领被处以死刑，而且对海上自卫队的组建也比较宽松，对历史的清算也远没有陆军那样彻底，因此海上自卫队的“自卫队舰旗”完全沿用了二战时的海军旗，还是16道光芒线，太阳向左偏移的旭日旗，可见，当年军国主义残余依旧阴魂不散。
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