公元1368年，也就是至正28年的8月份，当时的明帝国双碧徐达和常遇春的北伐大军一举攻克了大都（今北京）的门户通州，这也预示着自唐朝中期就脱离中原长达600多年的燕云十六州张开了它的双臂，准备再次回到中原的怀抱。而元朝的皇帝元惠宗早就在当年的七月二十八日就火急火燎的带着一干物资仓惶北逃了。随后徐达率军攻陷了元朝的首都元大都（今北京），大都的光复也意味着蒙元作为一个全国性质的统治宣告结束。
由于元惠宗北遁，朱元璋本着我们玩一品官老爷或者麻雀飞青天这类游戏区排名第一的优势心态。的认为他顺天明命，给他上谥号为“顺帝”，这点。而明朝也以克复大都为标志，开始了明朝的纪元。而很多人因此就理所当然的认为，这个时候的明朝就完成了全国性的统一。虽然这样说也大概意思也没错，但事实并非如此。明王朝真正意义上的完成后来明朝疆域上的全国一统，那也是在13年之后的洪武十四年的事。而之所以会是这个样子，那是因为一直到了洪武十四年，云南这个地方才最终归入到了明朝版图里。
而这只之前，哪怕元朝皇帝已经搬了无数次家，从大都跑上都，从上都跑草原上立个帐篷当皇庭，云南对元朝的忠诚，那是一点都不值得怀疑的。之所以云南不愿意效忠明朝而奉死命逃亡的元朝为正统，那就是孩子没娘，说来话长了。公元1236年底，窝阔台次子阔端攻陷成都，疯狂杀掠川西后，又大摇大摆地撤离盆地。得来的地盘一概不要，只有汉中和沔州两个军事据点，被蒙军作为下次入蜀的钥匙而保留。此后，阔端的事业转向青藏高原。 公元1247年，阔端在凉州会见藏传佛教萨迦派领袖萨班，确立蒙古对青藏高原的统治。
这个时候，脱离中原王朝300多年自立的云南大理国就彻底暴露在蒙古人的眼里。蒙古人知道，只要拿下大理国（云南省），那么蒙古军队就可以从这里绕到南宋后方，不仅是巴蜀，包括两湖、两广在内的整个南宋，都将暴露在蒙古人眼前。南宋就成了案板上的肉，随意切割。而此时当的大理国，却还活在梦里。所以当蒙古人大兵南下的时候，只用了三十多天就把立国三百余年的大理给攻灭了。
蒙古征服大理，除了成功开辟新的战场，对南宋实现战略包围之外，更深远的历史意义在于，自南诏立国之后便脱离中原王朝的云南地区得以重新回到中国政治舞台。这点上，蒙古是有功劳的。
1274年，塔吉克族人赛点赤·瞻思丁受忽必烈之命出任云南平章政事。他在任期间，结束了蒙元对云南单纯的军事占领，将中原地区的行政体制引入云南，建立云南行省，并于公元1276年将云南省会由大理迁往昆明。由此奠定了如今云南省的基础。
元朝对云南的控制卓有成效，以至于元代末年，群雄并起之时，云南人民也是认为蒙古给自己带来了先进的文明，给了他们新生，因此他们选择依然效忠于远在大都的蒙元皇室。也是情有可原的。
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