孝文帝曾说：“教随时设，治因事改”，他认为：法律并不是一成不变的，而是需要根据具体情况不断地修改完善。
太和十六年（公元492年），在《太和五年旧律》的基础上，由群臣起草、孝文帝亲自动笔勘定的《太和新律》颁布实施。与旧律相比，新律最大的特点就是删繁就简，强调法令简明，量刑从宽。
在北魏初年的律法中，将死刑分为轘、腰斩、斩首、绞四种，其中，轘，也称车裂，当年商鞅就是死于这种刑罚；腰斩，就是用巨斧将人自腰部一切两段，当年晁错就是死于腰斩；斩首，既是砍头，这个比较好理解；而绞刑相对复杂一些，分为缢和勒，所谓缢刑，是吊死，而勒，则没必要吊起来，直接用绳子或丝绸、也有用弓弦的，勒颈而亡。
在这四种刑罚中，轘刑与腰斩最为残忍，被车裂和腰斩的人，并不能立刻死亡，而是要惨叫嚎啕很久才会最终咽气。所以，《太和新律》废除了轘刑和腰斩，保留了斩首和绞刑，同时又增加了枭首。那什么是枭首呢？枭首，其实就是在斩首之后，将砍下的头颅悬挂起来，俗称“枭首示众”。
同时，《太和新律》还减轻了族刑。那什么是族刑呢？所谓“族刑”，就是株连、连坐，他会将犯罪人和一定范围内的亲属都看作是罪犯，一并追究其刑事责任。我们所说的“夷三族”、“诛九族”都属于族刑。在北魏太武帝拓跋焘执政时期，名臣崔浩被杀，不但崔氏本门128人被连坐，就连与其存在姻亲关系的范阳卢氏、太原郭氏、河东柳氏也被“尽夷其族”。
对此，孝文帝认为，族刑并不是维护统治的良策，必须加以限制。所以，在《太和新律》中，对株连五族、三族的情况加以制止。规定：“其五族者，降止同祖；三族，止一门；门诛，止身。”意思是说：需要株连五族的，只杀与罪犯同一祖先的，需要株连三族的，只杀与罪犯一门，而需要诛杀满门的，只杀罪犯一人。
尽管《太和新律》仍存在一定的局限性，可就当时的历史条件和时代背景而言，应该算是一种进步。随着《太和新律》的颁布实施，北魏国内矛盾得以缓和，也为日后更加完善的《北魏律》奠定了基础。
为推进《太和新律》的实施，加速汉化改革的步伐。孝文帝还对北魏原有的官僚体系进行了清理整顿，引入新鲜血液，充实官僚队伍。
举孝廉
自秦汉以来，朝廷选才为官，采取的是“察举制”。所谓“察举”，就是经过考察后进行举荐。它是在先秦乡里举荐制度基础上发展起来的选官制度。这一制度盛行于两汉，中衰于南北朝。由于“察举制”标准笼统，又缺乏严密的考核，所以在施行过程中，常常会出现弄虚作假的情况，致使风气日坏。民间甚至流传着“举秀才，不知书；察孝廉，父别居；寒素清白浊如泥，高第良将怯如鸡”的民谣。
九品中正制
魏晋以后，虽然已经开始施行“九品中正制”，可察举的形式依然存在。所谓“九品中正制”，就是任命具有辨人识人能力的官员，担任州郡的大小“中正”，由他们通过上上、上中、上下、中上，中中、中下、下上、下中、下下九品来评定人才等级。可在施行过程中，中正官全部由士族豪门把持，他们品评人才多以门第为重，而被选用者也大多来自士族，所以就出现了“上品无寒门，下品无势族”，“公门有公，卿门有卿”的说法。
为打破这种只重门第，不重才学的情况，孝文帝在沿用九品中正制的基础上，采取了“贡举”的方法，将贡举的标准定为“经行修敏，文思遒逸”，目的是以“先尽才学”为第一要务，选用具备真才实学的人为官。孝文帝还完善了“九品中正制”职官制度，首创“从品”，在之后的历史中，我们经常会看到，某某人，做了某某官，正二品，而某某人，做了某某官，从二品。这种由孝文帝首创的九品十八级的任官制度一直沿用到清末。
其实，不管孝文帝在政治、经济、社会任何一个领域内的改革，最终的目标，都是希望北魏能够走向繁荣与强大。
我们说，孝文帝一朝最大的成就，是对内改革。可每一位皇帝的心中都有一个“开疆扩土”的宏大愿望，孝文帝也不例外。
太和十八年（公元494年），他以南齐萧鸾篡位自立，不忠不义为借口，兴师问罪，四路伐齐，可结果却是无功而返。三年后，太和二十一年（公元497年）正月，孝文帝立皇子元恪为太子。六月，下诏征发冀、定、瀛、相、济五州二十万大军，再次讨伐南齐。
当年八月，孝文帝御驾亲征，率军号称百万，自洛阳出发，引兵直取襄阳。可襄阳城防坚固，易守难攻。激战两个月，北魏军再次徒劳无功，襄阳仍在南齐手中。十一月，南齐韩秀芳等十五位将军投降北魏，北魏军才取得了一场久违的胜利。
战争相持到第二年的三月，北魏军终于攻占了雍州的南阳、新野、南乡等郡，斩首、俘获南齐军二万余人。孝文帝率军十万，乘胜围攻樊城，齐雍州刺史曹虎闭门自守。涡阳一战，北魏军大败，一万多人被杀，三千多人被俘，军资甲帐损失无数，幸亏援军及时赶到，才击败南齐军的围攻。
此时，南齐明帝萧鸾病重，不治身亡，时年四十七岁。太和二十二年（公元498年）九月，得知萧鸾死讯的孝文帝，以“礼不伐丧”为由，引兵而还。可撤军途中，孝文帝身患重病，经过急救，方才转危为安。太和二十三年（公元499年）一月，孝文帝回到洛阳。
挑起战争的北魏撤军，可南齐并不打算结束这场战争。为夺回雍州所失各郡，南齐东昏侯萧宝卷，派兵围攻襄阳以北三百里的马圈城达四十余天，城中粮食断绝，北魏军被迫突围，死伤千余人。同时，南齐出兵夺取南乡郡，战场形势开始不利于北魏。
三月初，刚刚回到洛阳，还不满两个月的孝文帝，决定抱病御驾亲征。可谋事在人，成事在天，三月二十四，身在马圈城前线的孝文帝病重北返，三月二十八，命司徒元勰派人前往洛阳，迎请太子元恪到鲁阳登基即位。可行至邓州谷塘原，太和二十三年（公元499年）四月初一日，孝文帝驾崩，时年三十三岁。
孝文帝死后，为避免南齐军得知消息，穷追不舍。彭城王元勰与任城王元澄决定秘不发丧，继续赶路，前往鲁阳；行至宛城，与太子元恪会和之后，才将孝文帝驾崩的消息公诸于众。
按照孝文帝的遗诏，十六岁的太子元恪即皇帝位，是为宣武帝。太和二十三年（公元499年）五月，孝文帝葬于洛阳邙山之颠，是为北魏长陵。
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