桓玄虽与殷仲堪、杨佺期在寻阳筑坛为盟，抵制朝命，但只是各怀鬼胎、互相利用而已，并非真正联合。各自归镇后，桓玄时时想除去殷仲堪、杨佺期，扩大自己的势力，打下成就霸业的根基。
功高必危，兔死狗烹
北府兵是谢玄镇守广陵(今江苏扬州)时，招募徐、兖二州骁勇组成的。这支军队的战斗力极强，淝水之战就是以这支军队为主力，击败了前秦军。以后，北府兵在刘牢之的率领下东征西战，无往而不胜。
刘牢之一直对司马元显的所作所为不满，虽为前锋，却不肯效力。他想让桓玄除去司马元显，自己再将桓玄除去。
桓玄见有机可乘，派人暗中去见刘牢之，说："自古以来功高必危，兔死狗烹。侍奉明主尚且如此，何况受制于司马元显这样的小人。将军与桓公本无嫌隙，何必使北府兵受创，斗得两败俱伤，让司马元显坐收渔利？将军不如改换门庭，长保北府兵。"
刘牢之给来人说动了心，沉吟了半晌，终于答应倒戈，与桓玄共进退。
刘牢之与桓玄共进退
部将刘裕、外甥何无忌闻知此事，一再劝谏，刘牢之终不肯听。他派儿子刘敬宣去见桓玄，送上降书。
刘牢之投降后，其他各军抵挡不住，桓玄迅速攻下了建康
司马道子、司马元显父子被俘后，立即被枭首示众。
刘牢之自缢身亡
桓玄自封为太尉、大将军，总揽朝政。他知道刘牢之英勇善战，一旦起事后果难料，决心夺去他的兵权。
刘牢之正在溧州(今江苏南京西南)等候佳音，没想到桓玄任他为会稽太守，令他即刻赴任。这好比是当头一棒，打得他苦不堪言。他惊叹道："现在他夺去我的兵权，看来祸患就在眼前了！"
刘牢之想领兵攻打桓玄，作一拼搏，于是召来心腹商议此事。
部将刘裕道："先前将军有劲卒数万，后有援兵无数，尚且投降了桓玄。现在他已夺得建康，大权在握，若怕将军造反，决不敢如此嚣张，我刘裕不敢再从将军。"
参军刘袭道："将军前反王恭，后反司马元显，现在又要反桓玄，一人而三反，怎能取信于人，号令得部众！"
一人而三反，怎能取信于人
一句话说到了刘牢之的痛处，心腹散去后，他于百般无奈中率领几十名随从向西北逃去。到了新州(今湖北京山)随从逃散。刘牢之又悔又惧，自缢身亡。
惶惶如丧家之犬
元兴二年(公元403年)十二月，桓玄废去安帝，自己登上帝位，改国号为楚。
桓玄做了皇帝，骄横无比。他又怕臣子暗中作弊，遇事便严加盘查，弄得群下无法办事，满腹怨气。
第二年二月，刘裕在京口起兵，讨伐恒玄。他振臂一呼应者云集，北府兵旧部纷纷归从。
桓玄的部将吴甫之、皇甫敷领兵前来抵御，被刘裕军打得四下溃散，二将战死。
刘裕领兵直逼建康，所向披靡。桓玄无法抵挡，挟持了安帝和何、王二后，乘船逃去。
刘裕领兵直逼建康
大军进入建康，刘裕将桓玄的党羽全部收捕，一并杀戮。又派刘毅等人领兵追捕桓玄。桓玄惶惶如丧家之犬，急急逃至寻阳。他刚想驻足休息一番，闻得追兵赶来，又匆匆登舟逃至江陵。
当时，江陵仍为桓玄的堂弟桓石康盘踞。桓玄有了安身之处，依然称楚帝，企图与晋廷对抗。
他怕有人不从号令，滥加杀戮以树威，弄得大家提心吊胆，渐生二心。
刘裕废恭帝，东晋灭亡
刘裕不容他喘息，命何无忌等直向江陵攻去。何无忌是刘牢之的外甥，报仇心切，所率士卒多为北府兵旧部，斗志正盛。桓玄军哪是北府兵的对手，连连败退。
这时殷仲文为了自保，收集了部分散卒，背叛了桓玄，护送何、王二后回建康。
桓玄走投无路，乘着夜色掩护，挟持着安帝，深一脚浅一脚地向西奔去。
冷不防暗中闪出一队人马，直向桓玄冲来。桓玄身边还有心腹一百多人，慌忙接住厮杀，桓玄这才乘乱逃脱，安帝则被救出。
这一年五月，桓玄在逃亡的途中，被益州都护冯迁斩杀，安帝复位。
经过这场变化，北府兵将领刘裕树立了威望，大权渐渐落入他的手中。
由于他镇压了农民起义，平定了桓玄之乱，为朝廷立下了大功，义熙七年(公元411年)，他被任为太尉、中书监，总揽朝政。
以后，他为了捞取更多的政治资本，提高自己的威望，为夺取东晋政权铺平道路，又率军北伐，消灭了南燕、后秦等国，扩大了疆域。
与此同时，他在朝廷培植亲信，铲除对手，地位日益巩固。
义熙十四年(公元418年)十二月，他杀了晋安帝，拥立司马德文为帝。
第二年七月，刘裕自立为宋王。
刘裕自立为宋王
公元420年，刘裕废恭帝司马德文，自立为帝，改国号为宋，东晋灭亡。
东晋自公元317年司马睿称王定都建康，至公元420年晋恭帝司马德文被废，历11帝，共103年。
（编辑 黎平）
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