蒙古科尔沁部，是成吉思汗二弟哈布图哈萨尔（合撒儿）的后裔，成吉思汗元年（1206年），成吉思汗就汗位，封哈布图哈萨尔以呼伦贝尔湖及额尔古纳河、海拉尔河流域作为领地，成为“东道诸王”之首，这就是日后东道蒙古中“兀良哈三卫”、“科尔沁部”的起源之祖。
明嘉靖二十六年（1547年），东蒙古豁尔辰部首领、哈布图哈萨尔第十四世孙奎蒙克.塔斯哈喇诺颜（国主）为躲避蒙古高原的内战，率本部从呼伦贝尔草原出发，越过大兴安岭东迁至嫩江、松花江、西拉木伦河流域，占领了今天内蒙古东部、吉林、辽宁西部的广大区域。“豁尔辰”后来在汉译文中被写成了“科尔沁”，所以奎蒙克.塔斯哈喇的后裔所在部族就被称为“科尔沁部”，也叫“嫩科尔沁”。
明万历二十一年（1593年），海西女真叶赫部首领纳林布禄因建州女真首领努尔哈赤崛起后不断扩充实力、感到自己部族受到了威胁，便故意向建州提出土地归属要求，以便激怒对方，然后趁机出兵。努尔哈赤果然拒绝了叶赫部的无礼要求，于是纳林布禄便联络海西女真辉发、乌拉、哈达三部，并邀请东蒙古科尔沁、锡伯、卦尔察各部，合计九部联军进攻建州，意欲一举消灭努尔哈赤，瓜分其地。其中科尔沁部诺颜翁果岱率领其堂兄弟莽古斯、明安等自西拉木伦河游牧地出兵，配合叶赫部进攻建州，准备战胜努尔哈赤后将牧场向辽东一带扩展。
可是战争的结果大大出乎联军意料：建州女真在浑河岸边的古勒山一战中大破各怀心思的九部联军，当场杀死叶赫部贝勒布塞，俘获乌拉部首领布占泰，纳林布禄狼狈逃窜，几乎被擒，九部联军分崩离析、一败涂地。
大溃败中，科尔沁部首领翁果岱和堂兄莽古斯也被建州兵马擒获，只有明安趁乱逃走。为了打击海西女真各部，同时分化其他蒙古部族，努尔哈赤在战后将俘获的科尔沁部首领翁果岱、堂兄莽古斯赐给衣物马匹、倍加优待后放还回科尔沁部。第二年，回到科尔沁的翁果岱向努尔哈赤派出使者致敬，感谢建州国主对自己的优待和赏赐，请求以后互通有无、通好结盟，努尔哈赤大喜，立即同意了翁果岱的请求，礼待使者，并亲书盟词交由使者带回。从此，建州女真和蒙古科尔沁部关系逐渐紧密，往来不断，从敌人变成了密友。
明万历三十九年（1611年），五十二岁的努尔哈赤为了更好的掌控科尔沁部这个友邻，于是向科尔沁诺颜翁果岱提出联姻请求。翁果岱也需要建州女真这个强援来抵抗东蒙古汗庭察哈尔部的进攻压力，于是同意努尔哈赤的联姻请求，宣布将堂弟明安之女嫁给努尔哈赤为侧福晋。明万历四十年（1612年）正月，明安亲自护送女儿博尔济吉特氏前往建州，努尔哈赤出迎三十里，礼仪隆重地迎接科尔沁送亲队伍，并在赫图阿拉（辽宁新宾）举行盛大婚礼，以庆祝和科尔沁部的联姻。而明安这个没有留下名字的女儿，就是科尔沁部第一位嫁到建州（也即是日后的清朝）的后妃，她的出嫁，揭开了日后满蒙联姻的序幕。
明万历四十二年（1614年），在明安的女儿嫁给努尔哈赤后两年后，其兄莽古斯的长女、十五岁的额尔德尼琪琪格也奉命和努尔哈赤的第八子洪太（即日后的清太宗皇太极）成婚。皇太极率迎亲队伍从赫图阿拉出发，跋涉三百余里到达扈尔奇山城（吉林辉南县），在此迎接到了送亲的科尔沁部诸人，然后就地杀牛宰羊、广建大帐，举行隆重的迎亲仪式和婚礼。额尔德尼琪琪格，又名哲哲，她就是将来第一位拥有皇后（国君福晋）名号的蒙古科尔沁部女子。
明万历四十三年（1615年）二月，蒙古科尔沁部贝勒孔果尔（莽古斯和明安的弟弟）之女再次联姻建州，嫁与时年已经五十六岁的努尔哈赤，给自己的堂姐额尔德尼琪琪格当了婆婆。
明万历四十四年（1616年），努尔哈赤在辽东建立后金政权，建元天命，努尔哈赤就是后来被子孙追尊为皇帝的清太祖。
天命二年（1617年）正月，科尔沁部闻报努尔哈赤建国后来朝，依旧由明安出使。努尔哈赤出迎赫图阿拉一百里，在诸富尔简冈设宴慰劳岳父明安（明安其实比努尔哈赤还要小几岁。）这是后金建国以来，第一个来朝的部族（或者说外藩）。
明天启四年，后金天命九年（1624年），科尔沁部诺颜奥巴（翁果岱之子）与后金汗努尔哈赤会于伊克唐噶哩坡，杀白马乌牛祭天，宣布正式结盟，第一个公开归附后金。投桃报李，后金汗努尔哈赤在明天启六年、后金天命十一年（1626年）册封归附的奥巴为土谢图汗（图什业图汗），科尔沁部拥有了和察哈尔汗庭并列的汗号。
在此前后期间，明天启五年，后金天命十年（1625年），将联姻手段演绎得炉火纯青的后金再次向科尔沁部求亲，这一次是莽古斯长子宰桑的女儿、额尔德尼琪琪格的亲侄女布木布泰出嫁，同样嫁给了努尔哈赤第八子洪太（皇太极），姑侄同时嫁给了一个人。布木布泰，在后世有一个著名的名字、或者说谥号——孝庄文皇后（即某部电视剧内的“我孝庄”）她也是第二位拥有皇后（ 皇太后、太皇太后）名号的蒙古科尔沁部女子。
明天启六年，后金天命十一年（1626年），在和科尔沁部结盟半年后，后金汗努尔哈赤薨逝，年六十七岁。经过一番权力争夺和平衡后，努尔哈赤第八子——额尔德尼琪琪格和布木布泰姑侄的丈夫皇太极成功登上汗位，成为后金第二任大汗。额尔德尼琪琪格被封为汗王大妃，俗称中宫大福晋；布木布泰则被封为西侧妃，俗称西宫福晋。
明崇祯七年、后金天聪八年（1634年），宰桑的另一个女儿、布木布泰的亲姐姐海兰珠在兄长、宰桑长子吴克善的亲自护送下来到盛京（辽宁沈阳），进入皇太极后宫，成为第三位嫁给皇太极的科尔沁部女子，姑侄三人都成为皇太极的妃子。
明崇祯九年、后金天聪十年（1636年）正月，因上一年后金平定蒙古察哈尔部（东蒙古正统所在），取得察哈尔林丹汗保有的“北元玉玺”，所以后金群臣延请皇太极“早正尊号”，科尔沁等部也积极参与此事。皇太极于是在当年四月十一在盛京举行祭天仪式，在群臣的“拥戴”下即皇帝位，宣布改国号为“大清”，改元崇德，改族名为“满洲”，追尊努尔哈赤为清太祖。群臣奉皇太极尊号“宽温仁圣皇帝”，而科尔沁等蒙古外藩则尊奉其为“博克达彻辰汗”。皇太极就是清太宗。
皇太极称帝后，晋封大福晋额尔德尼琪琪格为中宫皇后、授予皇后册宝，居住于清宁宫，册封海兰珠为宸妃，居住于关雎宫，册封布木布泰为庄妃，居住于永福宫。三位科尔沁后妃，占据着皇太极后宫中最重要的部分。因为额尔德尼琪琪格是中宫皇后，所以其他妃嫔都尊称她为“哲哲”（姐姐），这也是额尔德尼琪琪格又名“哲哲”的由来。
此时科尔沁土谢图汗奥巴已死，科尔沁没有实际首领，于是皇太极册封奥巴之子、科尔沁济农巴达礼为科尔沁图什业图亲王，罢去此前科尔沁部所拥有的土谢图汗、科尔沁济农称号。同时，皇太极将科尔沁各部划为十个旗，分左右两翼，各自册封札萨克亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公等外藩爵位以掌本旗，合十旗为哲里木盟，以图什业图亲王、科尔沁右翼中旗扎萨克巴达礼为盟长。
而和清朝皇室联姻最多、又是皇太极本人双重外戚身份的科尔沁莽古斯、宰桑这一系，则被皇太极加恩册封为扎萨克和硕达尔汉亲王，成为科尔沁左翼中旗札萨克，以宰桑嫡子满珠习礼为本旗札萨克、达尔汗亲王。宰桑长子、满珠习礼长兄吴克善则册封为和硕卓哩克图亲王，但不授予札萨克称号，没有旗属，从属于于弟弟科尔沁左翼中旗札萨克、达尔汗亲王满珠习礼。达尔罕亲王和卓哩克图亲王都拥有世袭罔替资格。
当年第一个和清朝联姻的科尔沁贝勒明安一系后代，则成为科尔沁左翼后旗札萨克，明安之孙彰吉伦被册封为多罗郡王，成为第一代科尔沁左翼后旗札萨克，并世袭罔替。关于这一系的故事，我们后面再说。
明崇祯十六年、清崇德八年（1643年）八月，清太宗皇太极突然在盛京皇宫驾崩，年五十二。因为生前没有公开立下皇储，所以在他死后围绕着皇位的归属在清朝内部展开了激烈的对峙和争斗，主要的皇位争夺者是皇太极长子豪格和十四弟多尔衮。为了争夺皇位，叔侄间矛盾尖锐、彼此毫不退让，几乎到了公开火并的地步。
最后，在其他王公大臣的居中调和下、以及豪格关键时刻的退缩下，最终清朝内部才达成了一致：豪格和多尔衮都不再对即位提出要求，皇位由皇太极第九子、永福宫庄妃布木布泰之子福临继承，用明年为顺治元年，以平息内部纷争。随着福临的继位，科尔沁成为了清朝新帝的外家，地位在外藩中扶摇直上，成为清朝最显赫的蒙古藩部，没有之一。福临是清朝第三代皇帝（含追封的努尔哈赤），即清世祖顺治帝。
顺治帝继位后，尊嫡母哲哲为中宫太后（称额真太福晋），但并没有正式文献表示被她曾经被尊为皇太后，现代影视艺术作品中她“母后皇太后”的称呼，在史书上没有记载。根据现有的史料，哲哲在世时，顺治帝对她的称呼是“母亲（讷讷）国君福晋”。
顺治六年（1649年）四月十七，清太宗正妻、“国君福晋”额尔德尼琪琪格（哲哲）因病在京师紫禁城去世，年五十一岁。顺治帝穿孝服为嫡母服丧，下诏其葬礼典仪和皇父清太宗完全相同，实际上是遵循了皇太后薨逝的典仪制度。
顺治七年（1650年）二月，顺治帝给嫡母上谥号为：孝端正敬仁懿庄敏辅天协圣文皇后，并将她梓宫送出关外，和皇父清太宗皇太极合葬于昭陵中。此后经过雍正、乾隆两朝的累加，额尔德尼琪琪格最终的谥号为：孝端正敬仁懿哲顺慈僖庄敏辅天协圣文皇后；也即后世人所熟知的孝端文皇后。这是联姻清朝皇室的科尔沁部中，第一位得到皇后称号（含追尊）的后宫女子。
清顺治七年（1650年）十二月，摄政王多尔衮因坠马去世后，十四岁的顺治帝终于等到了亲政这一天，之后顺治帝开始清算叔父多尔衮擅权的“罪行”，并在顺治八年(1651年）初正式执掌清朝国政。在外朝大政独揽之后，在内廷中年轻的顺治帝也按照自己的意愿开始治理宫闱。
顺治八年（1651年）二月，入关八年的顺治帝终于可以按照汉家制度制定内宫礼仪，他依照汉制，尊奉生母布木布泰为“昭圣慈寿皇太后”，清朝由此第一次迎来在位的皇太后（孝端文皇后没有正式尊号，不算）。布木布泰经过儿子数年内屡次追加尊号，在顺治朝的徽号为：昭圣慈寿恭简安懿章庆皇太后。
顺治八年（1651年）八月，皇帝大婚，在顺治帝生母昭圣皇太后的安排下，顺治帝长舅科尔沁和硕卓哩克图亲王吴克善的女儿孟古青（又名娜木钟，真实名字叫额尔德尼本巴）被指定为顺治帝的皇后，在八月十三和顺治帝行合卺礼，孟古青也成为清朝入关以来第一位中宫皇后，同时也是科尔沁部第三位拥有皇后称号的女子。
但是这桩婚事是摄政王多尔衮生前所定（多尔衮原配博尔济吉特氏是科尔沁贝勒明安的孙女、莽古斯的侄女、孝端文皇后堂妹、孝庄文皇后堂姑），所以顺治帝成婚时就极不情愿，和皇后没有感情。同时皇后孟古青性情善妒、喜好奢华，在后宫中飞扬跋扈，不能曲意承奉顺治帝，有时候连姑姑昭圣皇太后的面子也敢驳斥，更加让心性简朴、孝敬母后的顺治帝讨厌和疏远，帝后成婚不久就开始失和，长久之下，顺治帝极度讨厌皇后，于是决心废后。
顺治十年（1653年）八月，在无可忍受之下，顺治帝传谕礼部及内三院，诏书说：“朕惟自古帝王，必立后以资内助。然皆慎重遴选，使可母仪天下。今后乃睿王于朕幼冲时，因亲定婚、未经选择。自册立之始，即与朕志意不协，宫阃参商，已历三载。事上御下，淑善难期，不足仰承宗庙之重。谨于八月二十五日奏闻皇太后，降为静妃，改居侧宫。”毅然冒着天下百官万民的非议，把皇后兼表妹的博尔济吉特氏废黜为静妃，迁居别宫。
顺治帝废黜皇后之后，原本想选立自己所喜爱的妃子为新皇后，但是昭圣皇太后坚决不允许顺治帝立科尔沁部之外的女子为皇后，母子发生了激烈冲突。最后还是顺治帝退让求全，同意了母亲的意见，继续从外家科尔沁部选立皇后。
顺治十一年（1654年）五月初三，经过礼部群臣的商议和挑选，最后选定了科尔沁部镇国公绰尔济的长女、十四岁的阿拉坦琪琪格为继后人选，同时绰尔济的次女也作为陪嫁一同被选进宫中。另外，为了不使孟古青被废导致科尔沁各系心中不安，科尔沁和硕达尔汉亲王满珠习礼的女儿也一同入选，进入顺治帝的后宫中。
绰尔济，是莽古斯的孙子、宰桑的次子察罕之长子，吴克善、满珠习礼、孝庄文皇后的侄子，所以，阿拉坦琪琪格姐妹是孝庄文皇后的侄孙女，顺治帝废后的堂侄女，顺治帝本人的表侄女。另外，一起被选进宫的满珠习礼的女儿，是顺治帝废后的堂妹，阿拉坦琪琪格姐妹的堂姑。这也是清初时期清朝皇室和科尔沁部联姻的显著特点。
阿拉坦琪琪格入宫后，于顺治十一年（1654年）五月册立为妃，六月正式行礼，立为继任皇后。其妹则一同册封为妃，其堂姑（满珠习礼之女）因为年纪太小，没有立即册立，而是养育宫中，以待后来。但是在顺治十五年（1658年）满珠习礼之女还没有成年就因病薨逝，顺治帝追谥表妹为妃，赐号“悼”，葬于蓟县黄花山，后来在康熙五十七年（1718年）迁葬孝东陵，祔葬于姑母孝庄文皇后陵旁。
阿拉坦琪琪格是第四位得到皇后封号的科尔沁部女子，但她虽然有皇后之尊，却从未得到过丈夫顺治帝的宠爱，顺治帝对这个表侄女皇后从来都是不闻不问，冷淡至极。尤其是顺治十三年（1656年）八月，内大臣鄂硕之女董鄂氏入宫后，得到顺治帝的万千宠爱，先册为贤妃，然后在九月晋封为皇贵妃，几乎成为事实上的副后。而皇后博尔济吉特氏不能获取顺治帝欢心，又被顺治帝挑剔说侍奉皇太后礼节疏阙，有违孝道，在顺治十五年（1658年）被停用中宫笺表，顺治帝甚至于再次下诏，命诸王大臣议论废后的事宜。
因昭圣皇太后和皇贵妃董鄂氏本人的强烈反对，所以顺治帝再次废后之事没有实施，同时皇贵妃董鄂氏在顺治十七年（1660年）八月去世，顺治帝本人在顺治十八年（1661年）驾崩，这才让危如累卵的皇后博尔济吉特氏躲过了和堂姑一样被废的命运，被即位的皇三子玄烨（即康熙帝）尊奉为仁宪皇太后，成为第二位当上皇太后的清朝科尔沁部后妃。同时其姑祖母、顺治帝生母昭圣皇太后被康熙帝尊为昭圣太皇太后。
仁宪皇太后年轻时不受丈夫顺治帝宠爱，朝不保夕，皇后之位岌岌可危，但是顺治帝驾崩后，仁宪皇太后却苦尽甘来，被嫡子康熙帝尊崇恩养了数十年，享尽人间富贵荣华，历经五十六年安宁。康熙五十六年十二月初六（阳历是1718年1月7日），七十七岁的仁宪皇太后薨逝，康熙帝亲自赴宁寿宫为嫡母奠酒致祭，并在苍震门内住了一个月，为嫡母守孝，追谥嫡母为：孝惠仁宪端懿慈淑皇后。此后历经雍正、乾隆朝加谥，最终谥号为：孝惠仁宪端懿慈淑恭安纯德顺天翼圣章皇后，即孝惠章皇后。
孝惠章皇后是清朝第四位、也是最后一位得到过皇后尊号（含礼尊皇帝正妻，及皇帝生母）的科尔沁部后宫女子，在她于康熙五十六年薨逝后，由蒙古科尔沁部博尔济吉特氏主掌清朝后宫的九十二年历史就正式结束了（自清太宗正妻哲哲被立为中宫大福晋开始，至孝惠章皇后去世结束。虽然日后清宣宗道光帝的孝静成皇后也是博尔济吉特氏，不过一来她不是科尔沁部出身，二来她也没当过皇后，只是在生命的最后日子里当过几天皇太后，所以不计算在内。）此后虽然也有科尔沁部女子入选清朝后宫，但再也没有入主中宫皇后者，蒙古科尔沁部女子在清初执掌后宫的风云历史，就此划上了句号。
此外，还有一个番外故事：之前所说的科尔沁部贝勒明安一系所在的世袭科尔沁左翼后旗札萨克郡王，在清朝中前期都是默默无闻，没有出过什么大人物 ，和本部盟长科尔沁右翼中旗扎萨克、图什业图亲王，及清朝皇室几代联姻家族科尔沁左翼中旗札萨克、和硕达尔汗亲王、和硕卓哩克图亲王相比，一直微不足道。直到第九代札萨克郡王索特纳木多布斋在位时，因为迎娶了清仁宗嘉庆帝第三女和硕庄敬公主，成为嘉庆皇帝的女婿，才稍微扩大了一点本旗的门楣。
不过索特纳木多布斋一生无子，他在道光五年（1825年）去世后，因为没有直系后代承袭郡王及科尔沁左翼后旗札萨克之位，由此引起旗内诸亲属台吉们的王位争夺混战，局势一片混乱。为了平息争斗，道光帝下诏亲自为妹夫索特纳木多布斋挑选嗣子，并有意摒弃其近亲，从远支族人中挑选。最后道光帝选定了哈日额日格苏木百兴图嘎查四等台吉、家境贫寒的布和德力格尔十五岁的长子为索特纳木多布斋嗣子，承袭科尔沁左翼后旗札萨克、多罗郡王爵位，这就是清朝晚期外藩蒙古的第一重臣——僧格林沁。
僧格林沁承袭郡王后，先后授御前大臣、正白旗领侍卫内大臣、正蓝旗蒙古都统、镶黄旗领侍卫内大臣，受命统领健锐营、外火器营、两翼前锋营、八旗护军营等军，是朝廷最为倚重的柱石之臣。咸丰三年（1853年）八月，僧格林沁率军和太平军北伐部队交战，历时一年半，到咸丰五年（1855年）正月彻底击败北伐的太平军，咸丰帝大为欣喜，数次嘉奖名义上的表兄僧格林沁，并在咸丰五年（1855年）二月晋封其为博多勒噶台亲王，世袭罔替。科尔沁部因此也获得了又一个科尔沁世袭亲王爵位，科尔沁左翼后旗自此和科尔沁右翼中旗、科尔沁左翼中旗平起平坐。
此后僧格林沁先后在于咸丰九年（1859年）在大沽口坚决抵抗来犯的英法联军，获得胜利，但是在咸丰十年（1860年）的八里桥之战中惨败于英法联军，导致咸丰帝“秋狝”避暑山庄，京师失陷，圆明园被焚。再后来僧格林沁长期和北方捻军交战，互有胜负。
同治四年（1865年）五月，僧格林沁率军冒进，在山东曹州（山东菏泽市）高楼寨被捻军包围，陷入重围。当其率少数随从冒死突围时，于曹州西北吴家店重伤坠马，被捻军斩杀在麦田内，终年五十五岁。僧格林沁阵亡消息传到京师后，清朝中枢一片震惊，两宫皇太后及同治帝均以“失我国家柱石”而痛心。
僧格林沁是最后一位敢于亲自统兵上阵作战的满蒙王公贵族，在他之后，再也没有满蒙王公能够率军上阵出征。僧格林沁用自己战死沙场的结局，宣告了一个时代的结束，而他的死，也标志着煊赫了二百年的蒙古科尔沁部从此走向衰落和式微的历史终点。
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