每种医学(包括西医学)都必须有自己的独特理论作依据和指导，才能赖以生存和发展。瑶族医学也不例外。但由于瑶族以前没有本民族的文字，这些用以指导本民族医药的理论未能以文字形式进行总结，更缺乏专著，瑶族民间医生以盈亏平衡理论来指导自己的临床实践。
【一】发病
瑶医看病大多是审症而不是诊断某病，盈亏平衡理论揭示了机体是一个统一的整体。它不但要求机体自身各脏腑之间的盈亏平衡，亦要求机体与周围环境相互平衡。瑶医认为，人体要保持健康，平衡是根本，平衡是关键，一旦这个平衡被破坏，身体健康就失去可能。在这一理论思想指导下，瑶医审症治病的方法是根据机体不平衡之所在，采用各种药物或非药物的治疗方法，调整或促使机体与周围环境及机体各脏腑之间盈亏达到平衡，从而使病体恢复正常。瑶医认为盈则满，满则溢，溢则病，如脑出血、血山崩等。同样，亏则虚，虚则损，损则病，如贫血、眩晕、腰痛、哮喘、心悸等症，这些症状大都由于某些脏腑的亏虚引起。在审症的基础上，瑶医用药的原则是盈则消之，亏则补之。瑶医将药物分为风药及打药两大类，对于盈症的治疗，用打药为主；治疗亏症，则以风药为主。临床具体运用时还根据不同脏腑的盈亏，选用不同的打药及风药，有时是风打两类药合理配伍。
瑶医认为肝湿热(盈)，肾阳不足(亏)会患胆道系统或泌尿系统结石病。瑶医根据盈亏平衡理论，将常规治疗泌尿系统结石的破石软坚、清热利尿为主改为补肾壮阳为主的治疗方法，往往收到理想的效果。瑶医应用盈亏平衡理论指导治疗精神分裂症亦收到可喜的疗效。那些哭笑无常、狂躁妄动、弃衣而舞、不避亲疏的病人，瑶医认为是由于邪盈而致邪火攻心，上扰神明之故，治宜消邪气，清心火，定神明。在用药方面则以打药为主。那些沉默寡语，神志痴呆，生活不能自理者，是由于阴痰内阻(瑶医把痰分为阴痰及阳痰两种，看得见、吐得出的是阳痰；看不见、吐不出的是阴痰)，心脑失养(即亏)所致，治疗上以补心脑、养心神为主，正气充盈则阴痰自消，用药方面以风药为主，以此法治疗的患者，所需疗程短，一经治愈则不易复发。对于乙型肝炎、特别是迁延型肝炎，瑶医认为是由于肝气不足(即亏)所致，摒弃了中草药一贯使用的清热解毒方法，而重用滋补肝气的十全大补(草药名)的治疗方法，往往取得显著的效果。
瑶医盈亏平衡理论的另一重要内涵是人与大环境的关系。瑶医认为人生活在大自然环境中，机体与周围的环境要保持相互的盈亏平衡，才能少生病增健康，如果这个平衡被打破（或是破坏），人就会生病，所以在治病时不能忽视调节机体与周围环境的盈亏平衡。如秋季天气久旱无雨，易引起老年人呼吸道疾病，瑶医常用罗汉果炖猪肺等以润肺来预防及治疗，多能收效。又如冬春天气久雨不晴，气候潮湿，人们患病多有“湿气重”的表现，即是湿盈，湿盈就会引起寒湿凝滞，寒湿凝滞常引起风湿病，故在岭南冬春季风湿病为多发病，瑶医常用祛风除湿、活血散寒的草药煎水薰洗或药浴，以消除机体内盈余的寒湿来预防或治疗风湿病。瑶医注重调节机体与自然界的盈亏平衡还表现在“春燥、夏消、秋润、冬补”的饮食特点，这样就能使身体内部及机体与周围环境达到盈亏平衡，从而预防疾病的发生。同时瑶医还认为，一年四季的更替，每月月亮圆缺的变化，昼夜的不同对人体盈亏平衡都有一定影响，所以在治病投方的药物剂量及服药时间上常根据季节的不同，月亮圆缺及昼夜的变化来进行调整，常能收到更显著的效果。
【二】病因
瑶医认为人体患病与自然界环境影响、饮食不调、意外创伤、劳累过度、房事不节、先天禀赋异常等因素有很密切的关系。
1、自然环境的影响
人类生活在自然界中，自然界气候或环境的变化，必然会直接或间接地影响到人体。若气候发生了异常变化或环境卫生不良，而人又不知道趋避或改善环境，就会导致人体生病。例如：春、秋两季，本是风和日丽、气候凉爽、令人舒适的季节，若气候反常，或酷热逼人，或绵绵阴雨致湿邪伤人，则会导致脘腹剧痛、欲吐不吐，甚至昏迷的“蚂蝗痧”；又如：夏季烈日炎炎，而人若在烈日下长时间劳作，多会发生突发性脘腹剧痛、发热、口渴、全身酸痛、皮肤变黄，甚至昏迷的“泥鳅痧”等。
2、饮食不调
瑶族中有“人食五谷生百病”之说，这里“五谷”泛指食物。瑶医认为，五谷虽养人，若饮食不节制，或过食生冷，或食入不清洁食物，都会使人生病。
3、意外伤害
瑶族人民多生活在深山峻岭或茂密丛林之中，常会受到毒虫、猛兽、狂犬等侵袭，或农具、武器及不慎摔跌等伤害而致皮破肉裂、骨折、大出血，或感染破伤风、狂犬病、中毒等，这些常是导致他们身体病残，甚至危及生命的主要原因。
4、劳累过度
过去瑶族人民生活极为贫困，为了生存他们常常超强度地劳作，为避战祸他们常翻山越岭，长途跋涉，迁徙到人迹罕至的深山丛林中重建家园，以致劳累过度，使脏腑、筋骨受损，而患全身筋骨疼痛、少气乏力、食欲不振的“伤力病”。
5、房事不节
瑶医认为，夫妻同房是生儿育女、繁衍后代的一件生活大事，也是维系夫妻感情的一种方式，但是房事应该有节制，否则会引起疾病。如“月痨”，即因妇女产后恶露未尽而行房事所致的身体久不康复、面黄肌瘦、食欲不振的妇科疾患；男子色欲过度，则会导致不思饮食、骨干肉瘦的“色痨”等。
6、先天禀赋异常
瑶医认为，由于先天禀赋不同，人的身体素质有所差异，不同体质的人易患不同的疾病，所以瑶医中流传有“百人生百病”之说。
瑶族医药，在长期的医疗实践中积累了丰富的经验，考察其治疗方法，亦是十分丰富多彩。
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