首先说明一下，货物销售，开13个点的增值税专用发票的是一般纳税人，而开3个点的增值税专用发票的多数是小规模纳税人。在实务中，同一项交易，一般纳税人和小规模纳税人的报价是不同的，因为现在是分析问题，所以不考虑报价不同的情况。
假设，甲公司是一般纳税人，购进货物合同价款是200万元，取得13%和3%的增值税专用发票，对甲公司的影响如下：
1、增值税。
无论是取得13%的增值税专用发票还是3%的增值税专用发票，其进项税额都是可以抵扣的。
13%的增值税专用发票可抵扣进项税额＝200/1.13×0.13=23.00万元，不考虑其他因素，可以抵减销项税额23.00万元，少交增值税23.00万元；
2、城市维护建设税。
该税种是以实际缴纳的增值税为计税依据的，税率按增值税的缴纳地不同，而分别适用7%、5%和1%。这里假设为7%。
可以少交城市维护建设税＝23×7%＝1.61万元；
3、教育费附加和地方教育费附加。
这两项附加税和城市维护建设税一样，也是以实际缴纳的增值税为计税依据的，税率分别为3%和2%。
可以少交两项附加税合计＝23×5%＝1.15万元；
4、企业所得税。
计入成本的金额为不含增值税的金额；同时，因为这200万元的增值税少交的附加税，会增加应纳税所得额。
可以冲减应纳税所得额＝200/1.13-1.61-1.15=174.23万元；
可以少交企业所得税＝174.23×25%＝43.56万元。
综上所述，一般纳税人取得200万元13%的增值税专用发票，不考虑其他因素，可以少交税收＝23+1.61+1.15+43.56=69.32万元。
1、增值税。
可以少交增值税＝200/1.03×0.03=5.83万元；
2、城市维护建设税。
可以少交城市维护建设税＝5.83×7%＝0.41万元；
3、教育费附加和地方教育费附加。
可以少交两项附加税合计＝5.83×5%＝0.29万元；
4、企业所得税。
同样的，可以冲减应纳税所得额＝200/1.03-0.41-0.29=193.47万元；
可以少交企业所得税＝193.47×25%＝48.37万元。
通常情况下，小规模纳税人会给人一种规模比较小、财务核算不太健全、管理不太正规的印象。
很多公司在缺少发票进行成本列支、抵扣进项的时候，第一印象就是找一家小规模公司去补发票，这就间接地造成增值税发票虚开现象层出不穷。
要知道，按照发票管理办法的规定，有下列行为之一的都属于虚开增值税发票行为：
（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
增值税是链条税，一般纳税人取得进项发票，自己是下游；而小规模纳税人开出的增值税专用发票，是上游。
上游开出的发票一旦出了问题，下游的一般纳税人不仅需要做进项税额转出处理，补缴增值税及税收滞纳金，还有可能面临着被罚款，甚至是降低纳税信用等级的风险。前一段时间，我的一个客户，因为取得一张“劳务费”发票是虚开的，金额才3万元，纳税信用等级直接从A级降到D级，发票都领不出来了，后来费了好大劲，花了很多钱才摆平的。
当然了，我这里说的是潜在的税收风险，并不是说，小规模纳税人开出的发票都是虚开的。
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