一六九九年
己卯年 清康熙三十八年
正月
廿一日，康熙帝以黄、淮连年溃决，下流地方时遭淹没，虽耗费库银数百万两，多年仍无成效，遂决定第三次南巡，查看河道，指示方略，并巡历江浙，察吏安民。他谕户、工、兵等部，南巡一切供应由京备办，严禁沿途官吏借名科派，地方官员也不许馈赠扈从人员，违者均以军法论处，百姓不必引避，有在驻跸处告讦者以冲突仪仗例治罪。
二月
初三日，康熙帝第三次南巡启行，皇太后及皇子胤禔神等八人同行，于大通桥乘舟南下。
十二日，康熙帝舟泊桑园，命直隶巡抚李光地等往视漳河与滹沱河，如漳河故道可寻，即可开通，引入运河；如虑运河难容，即于运道之东别开一河，使之赴海。
十八日，康熙帝只乘一舟，减少扈从，昼夜前进，往阅黄河以南各处堤防。在高家堰、归仁等处堤工，以河工敝坏，令原任河督董安国、原任河道冯佑于运口等处挑浚引河、修筑水坝赎罪。
清廷下令实行放票采参，严禁私采。
三月
初一日，康熙帝召见桑额、于成龙、徐廷玺等详加指示治河方略，并命于成龙委派效力人员从速开浚下河海口。
初六日，康熙帝舟泊高邮州，指出经过测量河水比湖水高四尺八寸，湖石堤被水浸坏，命于成龙迅速派人查验修理。
十三日，康熙帝见因南巡，山东、江南地方官员备办船只非常勤劳，便谕示吏部，此等官员中有因公挂误、罚俸、住俸、降俸、降级、革职留任者，皆予宽免；以后对浙江官员亦重此谕。康熙帝亲自祭奠明太祖陵，表示要察访明代后裔，授以职衔，使世守祀事。后来大学士等奏称，明亡已久，子孙湮没无闻，今虽查访亦难得实，便决定委派该地方佐贰官一员专司祀典，以时致祭。康熙帝还检阅了江宁驻防官兵。因江宁、苏州绿旗兵骑射较差的很多，决定拨督抚标兵一千零五十四名赴河标效力，凡骑射较差者令在河工效力。
十五日，康熙帝命江南巡抚宋荤、江宁织造曹寅修明太祖陵，为明陵题“治隆唐宋”殿额。
十六日，康熙帝谕示江南、浙江巡抚，申明出巡纪律，不许百姓因竞相观看皇帝而践踏麦苗。
康熙皇帝南巡太湖饮茶，赞不绝口，但觉茶名不雅，遂钦定茶名为“碧螺春”。 康熙皇帝为酬谢法国耶稣会士进药有功，在中海西边蚕池口赐建教堂一所，道光七年清政府拆除教堂，土地变卖。后英法与清政府签订的《北京条约》规定，清政府归还蚕池口教堂并重新修建。后因距皇家御园太近，清廷要求将教堂迁到西什库。
四月
初四日，康熙帝渡太湖时，有百姓奏称水东地方田地已无而钱粮尚存。地方官回奏及风浪冲坍，处处皆有。康熙帝说：朕不到江南，民间疾苦焉能知道。康熙帝离江宁府，
廿一日，康熙帝抵达扬州府。
廿七日，康熙帝渡黄河，乘小船沿途巡视新埽，就修防诸事指示于成龙。
康熙驻跸江宁织造署，曹寅奉母孙氏朝谒，“上见之色喜，且劳之曰：'此吾家老人也。’赏赉甚渥，御书'萱瑞堂’三大字以赐。”一时贤士大夫竞作歌颂。 国学者白晋认为，“儒学”预示“全球性道德观的可能性；汉字也蕴含全球性语言的希望”。
五月
初七日，黑龙江将军萨布素以逢迎近侍，命降五级调用。
十七日，康熙帝返回京城，此次南巡历时一百零三天。康熙帝在南巡中见百姓生计大不如前，皆因地方官私派豪取，或借端勒索以馈送上司，或将轻微易结案件牵连多人，故意拖延时间，索诈财物，但督抚对这些情况知情而不参劾，反将行贿官员荐举。
十八日，康熙帝谕大学士九卿等议永革横派、严禁贿赂、察吏安民之法。决定今后各督抚要正己率属，查参贪污害民官员，尽革积弊，不得仍前因循，如被纠参，督抚一并治罪。
孔尚任经历二十年苦心经营、三易其稿创作的《桃花扇》终于写成。孔尚任，字聘之，又字季重，号东塘，别号岸堂，自称云亭山人，山东曲阜人。他早年受封建传统教育，曾应科举试。他学习范围广泛，既爱好诗文，也精通乐律。康熙二十四年，康熙帝南巡北归到曲阜祭孔，孔尚任因御前讲《论语》受到褒奖，被任命为国子监博士，从此开始了仕宦生涯。一年以后，他出差淮阳疏浚黄河海口时，接触到黑暗的社会现实，逐渐认识到吏治的腐败。回到京城以后，便以读书和搜藏古物来填补闲散的生活，以诗歌、戏曲创作来抒发抑郁的胸怀。这期间，他结识了冒辟疆、石涛等人，得到了不少明末遗闻和史料，为创作《桃花扇》准备了丰富的材料。《桃花扇》是写南明王朝兴亡的历史剧。作品以候方域、李香君的爱情故事为线索，集中地反映了明朝末年腐败、动荡的社会现实，以及统治阶级内部的矛盾和斗争。“借离合之情，写兴亡之感。”是全剧的主题思想，同时也体现了作者的艺术构思，从《桃花扇》所展现的故事情节中，人们看到了明朝三百年基业的复亡；通过候方域的活动，看清了统治阶级里一部分文人的生活态度和政治面貌；以及以史可法为代表的爱国将领的壮烈殉国，以李香君、柳敬亭等为代表的下层人物的坚贞不屈。《桃花扇》通过精心的艺术创造，例如排场的起伏、情节的前后照应，角色的分配，曲白的分工，而成为一部优秀的传奇作品。此外，在人物描绘，语言的运用等方面，《桃花扇》也有许多独到之处。
六月
初一日，谕大学士等：“原任左都御史郭琇，前为吴江知县，居官甚善，百姓至今感颂，其人亦有胆量，无朋比”，因补授为湖广总督。
七月
十七日，河决淮、扬。
十八日，清政府裁减中央各机构官员。裁宗人府满员外郎二员，汉经历一员；内阁满侍读三员，满撰文中书五员，满办事中书八员，蒙古撰文中书一员，蒙古办事中书二员，汉军撰文中书一员，办事中书四员、汉撰文中书二员，汉办事中书六员；吏部汉军员外郎四员；户部蒙古郎中四员，蒙古员外郎五员，汉军郎中二员，汉军员外郎六员，汉主事四员；礼部军员外郎二员；兵部蒙古郎中一员，满员外郎一员，蒙古员外郎一员，汉军员外郎四员，督捕满员外郎二员，汉军员外郎二员，汉主事二员；刑部汉军员外郎八员；工部满员外郎一员，蒙古员外郎一员，汉军员外郎四员，汉员外郎二员；理藩院汉院判一员，汉知事一员，汉副使一员，满司务一员，蒙古司务一员；都察院汉军御史三员，汉军都事一员；通政使司汉参议一员；大理寺汉寺丞一员，汉寺副一员，汉军评事一员；起居注满字主事一员，汉字主事一员；詹事府汉中允一员，汉赞善一员；司经局汉正字一员，汉录事一员；太常寺汉协律郎一员；汉赞礼郎二员，汉司乐二员；光禄寺汉少卿一员，汉寺丞一员；鸿胪寺汉序班四员；行人司汉行人四员。总计裁减官员一百二十七名。
黑龙江将军衙门移住齐齐哈尔城。直至清末，黑龙江将军衙门与齐齐哈尔副都统衙门合署管辖齐齐哈尔。
八月
郑成功孙子郑克爽上奏康熙帝，乞请将祖父归葬家乡的祖茔。康熙准奏，派御林军护灵归葬，并赐以挽联：“四镇多二心两岛屯师敢向东南争关壁；诸王无寸土一隅抗志方知海外有孤忠。”还褒封郑成功为“忠臣”。 台湾纳入清朝版图，郑成功的灵枢由其孙郑克爽带回大陆故里安葬。
九月
北运河发生洪水，洪水在北运河武清县杨村段筐儿港发生决堤，使河道运输受到影响。
十月
初九日，以王新命管理永定河工。寻康熙帝阅视永定河堤，准自郭家务至堤尽处，挑河共长七千七百四十丈。
十一月
初八日，免湖南明年地丁杂税等项钱粮。
十一日，议改移清口河工。于成龙奏称：“清江浦西界黄水高于淮水一尺，淮水高于运河之水七尺，运河之水高于平地七尺，合而观之，淮水高于运河西堤外平地共一丈四尺。今惟以清口自河之下流，沿武家墩由清江浦之北，另行改移，中间河身量留八、九、十丈空地，两旁坚筑石堤，俾清水畅达。”命确议具奏。寻遣侍郎查勘，后于成龙病故。令九卿科道等确议后行。
十三日，顺天乡试舞弊案。顺天乡试正考官李蟠、副考官姜宸英瞻顾情面、纳贿徇私、不公已极、物议沸腾。发榜后落第考生揭文于市，曰：“顺天大主考李蟠、姜宸英等灭绝天理，全昧人心，上不思特简之恩，下不念寒士之苦，白镪薰心，炎威炫目，中堂四五家尽列前茅，部院数十人悉居高第，若王(熙曾孙)、李(天馥子)以相公之势，犹供现场三千，熊(一潇子)、蒋(宏道子)以致仕之儿，直献囊金满万。”谕将所取举人齐集内廷复试。后李蟠滴戍关外，姜宸英病死狱中。
十二月
皇帝玄烨第三次南巡至杭州，御书“潮音洞”额，赐普陀山普济禅寺。 雷琼道成泰慎、游击詹伯豸等扰害黎族百姓，勒索花梨、沉香等物，致使黎族王镇邦等攻犯宝停等营，被逼起事。
是岁
著名学者费密完成了《中传正纪》一书的写作，为研究古代儒学的发展做出了贡献。费密，字此度，号燕峰，四川新繁（今新都西）人。他早年以诗文闻名蜀中，后来举家离蜀，流寓他乡，晚年定居扬州，专门著述。《中传正纪》共一百二十卷。该书博采经史，依据古代儒学发展的源流，从孔子门人子夏开始，直到清朝初年，共列历代学者传纪八百余篇，涉及学者多达二千余人。费密历经三十年才完成此书的写作。在此之前，他曾摘取该书的主要论述，写成《弘道书》十卷、《圣门旧章》二十四卷。此外，费密在经学、史学、诗文、医道等方面也多有论述，达三十余种之多，二百余卷。只是由于家庭贫寒，生前多未刊行，以至年久散佚。流传后世的，只有《弘道书》《尚书说书》和《燕峰诗钞》数种。费密除写成《中传正纪》等学术著作外，还写了不少诗。他的诗多是即景抒情，深沉淡雅，有所寄托。费密在写作《中传正纪》以及创作诗歌时，生活相当困苦。由于故乡路远，归计无着，他的心情十分惆怅。他写诗记述了这种心情：“木棉花发几回红，十度思归归不得。”但是，他甘于乡村式的寂寞生活，在非常穷困的条件下，即使“妻孥皆菜色”，也勤奋著述，以求“留得灌园名”。他以《中传正纪》等一系列著述，终于成为清朝初年学风转化过程中一名有影响的学者。 唐甄写成《潜书》，对后世产生了深远影响。唐甄，原名大陶，字铸万，晚年改名甄，号圃亭，四川达州（今达县）人。明代，唐氏是达州富豪。唐甄父亲阶泰曾任苏州府吴江县、南京礼部精膳司郎中。清朝建立后，唐氏一家多因抗清而死，唐甄也不能回归故土，便以其父仕所吴江为第二故乡。康熙初年，唐甄经吏部考选任山西长子知县。任官期间，他奖励农桑，整顿社会风气，获得好名声，后因处理逃人案受牵连罢职丢官。随后举家迁往苏州。多年仕宦生活，加深了唐甄对社会的认识。他决心以著述“权衡天下”。为了抒发政治主张和学术见解，在四十岁时他发愤为文，开始《衡书》的撰写，天道人事，前后古今，具备其中。康熙初年，《衡书》初成十三篇，在名士魏禧帮助下刊刻问世。到了晚年，政治失意，生活凄楚，唐甄无法抗拒生活的重压，便继续《衡书》的写作。唐甄安于贫困，专心著述，在他七十岁时，历时三十年，终于最后完成了《衡书》的撰写。他因一生遭受坎坷，书成后便将书名改为《潜书》。全书以论学、论治分类，分为上下两部，共九十篇。该书撰写宗旨是上观天道，下察人事，远正古迹，近度今宜，根于心而致于行，如在其位而谋其政，并非虚言。康熙四十三年，唐甄去世后，《潜书》得以刊行。当时的著名学者潘来对该书给予很高评价，认为该书论学术、论治道皆人所不敢言者，必传后世而无疑。 蔡毓荣逝世。蔡毓荣，字仁庵，汉军正白旗人，自称锦川人氏（今辽宁省锦县小凌河）。其父蔡士英在顺治年间曾任漕运总督。蔡毓荣初授佐领，兼刑部郎中；后授京畿道御史，兼参领；以后历任内秘书院学士，刑部右侍郎，刑部左侍郎，吏部左侍郎，管右侍郎事，四川湖广总督，总督仓场侍郎等。他在任职四川湖广总督期间，曾疏陈招民填川垦荒。他认为：蜀省有可耕之田，而无可耕田之民，招民开垦洵属急务。他指出：旧例招民限以七百户，始议叙授官，三年升科纳粮，结果，所费钱多，而招徕人民却少。他建议：几候选及现任文武人员，能招民至三百户者，就可准议叙即用即升，限五年起科。这对清初四川经济的恢复和发展有重要意义。吴三桂叛乱发生后，蔡毓荣专督湖广。当时，吴三桂军攻破沆州后，又相继攻下常德、澧州、长沙、岳州。蔡毓荣令副将胡士英等分防江口，令襄阳总兵前往抵御，由于清军奋勇力战，也由于蔡毓荣部署得法，吴军大败。在八年平叛战争期间，蔡毓荣或献合兵会剿之策，或亲率营伍冲锋陷阵，或督造战船，建立水师，都建立了不少功绩。平叛战争结束后，他调补云南、贵州总督。面对人民流离失所、经济凋敝的情况，蔡毓荣招抚散亡，给牛种，劝耕作，创定规制、条例，为云南、贵州经济的恢复和发展奠定了基础。蔡毓荣在军务繁忙之际，还不断定作，著有《通鉴本末纪要》八十一卷，又有《平南纪略》记其平云南事情。蔡毓荣逝世后，人们称赞他是文武兼备的人才。
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