总局为了推动企业所得税纳税人享受研发费用加计扣除政策可以说是煞费苦心，2017年发布的《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第40号）可以说就体现了总局这样的良苦态度。
40号公告的第七条“其他事项”第（一）项规定：企业取得的政府补助，会计处理时采用直接冲减研发费用方法且税务处理时未将其确认为应税收入的，应按冲减后的余额计算加计扣除金额。这里充分尊重了会计上的净额法跟税法意义上的总额法存在着正常的会计税法差异，可以进行正常的纳税调整。纳税人可以根据自身的合理选择，可以选择进行纳税调整，也可以放弃进行纳税调整，但是绝不是不允许进行纳税调整。
有部分业内人士不允许进行纳税调整，他们认为，如果需要享受研发费用加计扣除的税收优惠，必须现在会计处理层面将账务处理结果调整为总额法的处理结果，然后再根据会计上总额法的处理结果去申请加计扣除。他们给出的理由是：国家税务总局2012年15号公告第八条已经规定，关于税前扣除规定与企业实际会计处理之间的协调问题。根据《企业所得税法》第二十一条规定，对企业依据财务会计制度规定，并实际在财务会计处理上已确认的支出，凡没有超过《企业所得税法》和有关税收法规规定的税前扣除范围和标准的，可按企业实际会计处理确认的支出，在企业所得税前扣除，计算其应纳税所得额。他们认为，如果你会计处理上选择净额法，没有调整为会计上的总额法，就只能按照会计上净额法处理的结果进行税前扣除和加计扣除。姑且不说15号公告的本意到底是什么，目前即使是针对40号公告本身，这样的理解也是错误的和机械的。
总局办公厅给出的40号公告的官方解读稿旗帜鲜明地指出：近期，财政部修订了《企业会计准则第16号——政府补助》。与原准则相比，修订后的准则在总额法的基础上，新增了净额法，将政府补助作为相关成本费用扣减。按照企业所得税法的规定，企业取得的政府补助应确认为收入，计入收入总额。净额法产生了税会差异。企业在税收上将政府补助确认为应税收入，同时增加研发费用，加计扣除应以税前扣除的研发费用为基数。但企业未进行相应调整的，税前扣除的研发费用与会计的扣除金额相同，应以会计上冲减后的余额计算加计扣除金额。比如，某企业当年发生研发支出400万元，取得政府补助100万元，当年会计上的研发费用为300万元（净额法），未进行相应的纳税调整，则税前加计扣除金额为300×50%=150万元，相当于你自己放弃调整的机会，也就放弃了一部分税收优惠待遇。继续沿用这个例子，如果企业进行纳税调整，允许其调增政府补助收入100万元（账载0，税收100万元），调增研发费用100万元（账载300万元，税收400万元，实际税收后果为调减应纳税所得额），税前加计扣除金额为400×50%=200万元。所以，我们应该大胆地进行纳税调整，总局已经给我们撑腰了！
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