清洁生产审核分为七个阶段：筹划和组织、预审核、审核、方案的产生和筛选、可行性分析、方案实施和持续清洁生产。第一阶段，筹划和组织。这一阶段的重点是组建审核小组，取得领导的支持，制定工作计划，宣传清洁生产思想。成立审核领导小组，制定审核工作计划。
第二阶段，预审核。通过现状调查发现清洁生产潜力。确定审核重点、提出无低费方案，完善审核小组。这一阶段的方案是一个广泛征集意见建议的过程。
第三阶段，审核。建立物料平衡，从量化角度进一步寻找审核重点，分析原因，针对审核重点提出无低费方案。围绕八个方面考虑：原材料、过程管理、工艺技术、设备、产品、废弃物、员工和管理。方案的提出也从这八个角度展开。比如，工艺改进、加强设备的维护、完善岗位操作制度、加强员工培训等。开始实施无低费方案。
第四阶段，方案的产生和筛选。具体方案列表，按照无低费/高费方案分类汇总，筛选方案，继续实施无低费方案并核定实施效果。这一阶段需要完成中期审核报告，建议在前四个阶段一直完善中期审核报告。
第五阶段，可行性分析。从技术、经济和环境三个方面评估方案的可行性，形成中高费方案汇总。
第六阶段，方案实施。组织实施方案，汇总无低费方案的实施成果，验证中高费方案的成果，分析所有已实施方案的成果。
第七阶段，持续清洁生产。形成清洁生产管理制度。清洁生产成为企业的长期战略融入企业的各项活动中。
