随着水产养殖业的发展，水产养殖单位产量大幅度提高，但水质污染严重，特别是饲养后期，水中有机物、氨及亚硝酸盐含量偏高，严重影响了鱼的生长。光合细菌施入水体后，它可降解水体中的残存饲料、鱼类的粪便及其它有机物；同时，还能吸收利用水体中的氨、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质。施用光合细菌，能有效避免固体有机物和有害物质的积累，起到净化水质的作用。
在水产养殖中运用的光合细菌主要是光能异养型红螺菌科(Rhodospirillaceae)中的一些品种，例如沼泽红假单胞菌(Rhodop seudanonas palustris)；
在自然界淡、海水中通常每毫升含有近百个PSB菌，光合细菌的菌体以有机酸、氨基酸、氨和醣类等有机物和硫化氢作为供氧体，通过光合磷酸化获得能量，在水中光照条件下可直接利用降解有机质和硫化氢并使自身得以增殖，同时净化了水体。
光合细菌施入水体后，迅速繁殖成为水体中的优势细菌种群，既改善了水质，又抑制了有害病菌的生长和繁殖，降低了有害病菌数量，从而减少了鱼类病害的发生。光合细菌的防病效果非常有效。
水体中施入光合细菌后，硅藻、小球藻等鱼类喜欢摄食的藻类成为优势藻类，而蓝藻等有害藻类受到抑制。光合细菌能大量利用水中的氨氮，能有效避免“水华”的产生，如蓝藻的大量繁生。
水体喷洒适合改良水质、防治鱼病和培养优良藻类时使用。选择晴天上午或下午，将光合细菌用池水稀释后，全池均匀泼洒。因本品含菌量高，每毫升菌液应含光合细菌的数量为100亿以上，所以每亩施用量为1.5公斤－3公斤。施光合细菌的次数根据水质情况确定，水质好可每隔15天施一次；水质较肥，水质较差，特别是饲养后期的高产池，应每隔7—10天施一次。
光合细菌作为饲料添加剂使用时，可将光合细菌菌液喷洒于饲料中拌匀即可，菌液用量为投喂饲料量的1%，现配现用。
注意事项
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（一）光合细菌可在鱼苗池、鱼种池、成鱼池、亲鱼池、垂钓池和越冬池使用。除养鱼池可以使用外，养虾池使用更是事半功倍。
（二）如果水体已使用消毒剂，应在48小时以后再使用光合细菌。实际上，坚持使用光合细菌，比频繁使用消毒剂效果要好得多。
（三）光合细菌与粪肥配合使用效果更直接、更明显，特别是在鱼苗、鱼种培育池使用，增产增效特别显著。
（四）扩繁好的光合细菌应尽早使用，常温贮存不宜超6个月。
（五）光合细菌禁止使用金属容器存放。
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