自然农业基本上拒绝非产自当地而从外引进的微生物，同时也拒绝使用以机械化方式人工培育出来的微生物，或加以提取分离出来的单一微生物。因为再没有比长期土生土长的土著微生物更能适应当地的环境。要活用长期以来在本地域内自然繁育的、具有本地域环境多样性的土著微生物群体。
活用微生物不能仅靠那些数据，而是以农作物生长发育状况判断出来的地力状况，以及活动在土壤中的“我军”的微生物群种的状况为标准来确定。
什么是土著微生物。土著微生物是以土壤作为自己的栖息地，并在土壤中形成自己的群体，坚守着自己生活的领域的微生物。土著微生物与农作物共存共荣，向人类提供着无穷无尽的粮食，是人类忠实而可爱的朋友。
各种微生物本来就与动植物保持着共生的关系，可今天的人类却毫无顾忌的破坏自然，使自然界集聚恶化，从根本上动摇了农业的根基。
为了保护我们的家园、农田，我们正在加紧以下的工作：采集和扩大培养土著微生物，适应当地环境的土著微生物，不论冬夏春秋，我们都可以采集和培养。活用土著微生物，就是自然农业所选择的补养土壤的方法。
