（三）重视气化活动的功能观
《内经》学术的另一特色是注重于从功能角度去研究和阐明人体和疾病，故后世论《内经》学术有“重气化不重形质”之说，如恽树珏的《群经见智录》即谓“西医之生理以解剖，《内经》之生理以气化”。
1.从功能角度去认识人体生命活动
五脏是人体生理活动的中心，在《内经》中，虽然五脏有其实质形态可征，但与西医的解剖器官是两个不同的概念，《内经》的五脏，其实质是五大生理功能系统，是生理功能及其外在表现的系统归纳和分类，故其生理学说称“藏象”而不称“脏腑”。例如，其五脏“藏五神”、“化五志”的理论，就是从功能角度对人体精神情志活动的概括和分析。如果将《内经》（实际亦是中医）的五脏等同于西医的解剖器官，那么《素问·刺禁论》“肝生于左，肺藏于右，心部于表，肾治于里，脾为之使，胃为之市”之说就成了不可理喻的谬论了。
2.疾病是整体功能失调的表现
“百病皆生于气”（《素问·举痛论》）是《内经》著名的理论观点，这一理论突出体现了其从功能角度认识疾病，在疾病观方面“重气化不重形质”的学术特点。由于“四时阴阳，生病起于过用”（《素问·经脉别论》），不论是天地自然的过用（失常），还是自身生活起居、精神情志的过用，首先影响人体的就是气机的逆乱，功能的失常，这就是“百病皆生于气”的缘由。亦正是从功能的角度去认识和研究疾病，所以才说疾病是异常（失常）的生命现象。当然，《内经》并不否认形质方面的病变，但形质与功能是互相依存、互相关联的统一体，任何形质病变都将引致功能的失常，因此从功能角度认识疾病，可以说是一种通过现象以研究本质的一种独特的认识方法，并不片面和局限。
3.治病重视调整失常的功能状态
基于“重气化”的生命观和疾病观，《内经》在治疗疾病方面亦贯彻了着重于调整失常功能状态的原则和措施。作为基本治则的“谨察阴阳之所在而调之”，就是强调对疾病过程中阴阳失常状态的调整，而具体的“从阴引阳，从阳引阴，以右治左，以左治右”、“阳病治阴，阴病治阳”（《素问·阴阳应象大论》）、“诸寒之而热者取之阴，热之而寒者取之阳”（《素问·至真要大论》），以及“木郁达之，火郁发之，土郁夺之，金郁泄之，水郁折之”等等，则是调治功能失常的具体方法。（四）取象比类
取象比类就是在把握事物征象的基础上，据其征象将该事物与其他已知事物作归类比较，从而由已知事物推论正在被研究的事物。取象比类法借助直观推理手段，通过对事物外在征象的比较联系而推知被研究对象的内在本质和规律。在中医学术理论处于初创时期的《内经》时代，由于科技水平低下，人的认识能力受到较大限制，取象比类不失为一种行之有效的研究方法和说理手段。《内经》高度推崇和强调这一方法在理论研究与临床运用上的意义，认为“夫圣人之治病也，循法守度，援物比类，……不引比类，是知不明也”（《素问·示从容论》），“善为脉者，必比类奇恒”（《素问·疏五过论》），“不知比类，足以自乱”（《素问·征四失论》），并且在医疗实践中广泛应用这一方法研究、阐发人体的生理病理
和疾病诊治法则。在具体运用时，《内经》一方面以之作为论证手段，论证阐明其所提出的理论观点，如《素问·灵兰秘典论》将人体十二脏腑比类于封建行政机构十二职官，用以说明脏腑各不相同而又互相配合协调的功能关系，以及心神在生命活动中的主导作用；又如《灵枢·五变》以树木质地不同，而对风霜淫雨旱曝等灾害耐受能力的不同，比类说明人的体质不同则“同时得病，其病各异”的道理。另一方面，《内经》亦运用类比法作为研究手段，推论、探索被研究对象的机理或性质，例如，根据自然界草木受风吹而掉摇振动的现象，推论出“风胜则动”（《素问·阴阳应象大论》）的病机————人体出现搐搦震颤或眩晕旋动证候的病机在于风气内动，并根据肝与风木的比类关系，进而推论出“诸风掉眩，皆属于肝”（《素问·至真要大论》）等理论。
《内经》在初创中医理论体系之际，明智地选择取象比类方法作为医学研究的重要手段，为中医学术的形成和发展奠定了基础。通过这一方法，《内经》建立了“视其外应，以知其内藏”（《灵枢·本藏》）的藏象学说、“以我知彼、以表知里”（《素问·阴阳应象大论》）的诊法学说，以及有关病因病机、治则治法等诸多理论，构建了中医理论体系的基本框架。可以说，取象比类是《内经》在方法论方面的鲜明特色。
从上述可见∶《内经》在研究人体生命活动和疾病发生、发展变化的机理时，运用整体联系、运动变化的观念去看待和阐明其研究对象，形成了整体恒动观这一认识论特色，同时，在整体恒动观的指导下，提出了一系列从整体、动态角度辨证论治疾病的原则和方法。因此，《内经》最基本学术特点可以概括为整体恒动观及其指导下形成的辨证论治思想，这种学术思想为后世所继承发扬，成为祖国传统医学的基本观念和有别于现代医学的特色。
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