文章共分三部分：
一、科学生涯。介绍薛氏生平、科学道路、总体评价等；二、科学贡献。述评薛氏最先采用哥白尼日心说、最先引进对数和实行独具特色中西会通模式等三大科学贡献；三、科学思想。评价薛氏在天文历法、数学、水利学、力学和机械学、医学和格物穷理等方面的思想。
本文为迄今学界第一篇全面评价薛凤祚科学思想的论文,对山东自然辩证法研究会组织和发起的薛凤祚研究发挥了一定导向作用。
理论创新主要有：
1、首次提出薛凤祚主张和实践的会通模式继承了徐光启思想的精髓又有发展、独具特色，是薛凤祚的第三大科学贡献。
2、薛凤祚历经两次人生转向，贯穿同一宗旨：孜孜不倦地追求经世致用、富国强民，并均展示了他思想解放，引领时代潮流的风采。
3、明清之际，民族矛盾上升，儒学意识形态重构、实学思潮兴起，加上西方科学的冲击，中国传统的格物穷理观念开始发生由重道德内省向重外部世界探求的转向。在这一科学观念鼎革的历史关头，薛凤祚走在了时代前列。
4、清初中国古代科学和占验尚未彻底剥离，薛氏批判传统占验贡献突出；同时他天人感应思想浓重，对占验所肯定部分，仍有一定迷信成分。
5、给出薛凤祚的基本历史评价：明末清初传播西方科学的先驱、兼通中西并善于会通中西的优秀科学家、明清之际实学思潮的中坚人物、齐文化开放精神的杰出代表。
意义：
1、是对又一位历史人物的深度发掘，对于弘扬齐鲁文化、推动山东文化强省建设具有重要意义；
2、研究薛氏中西会通思想对于当代正确处理中西文化关系具有重要借鉴意义；
3、追寻薛氏作为名儒勇敢亲近和热情传播近代科学的心路历程，对于研究儒学与科学关系具有特殊价值；
4、薛氏是是中国早期启蒙思潮的骨干、中国传统科学观向近代科学观转型的标志性人物，因此，本研究对于研究中国思想史、文化史和科学思想的近代化进程具有重要意义。
2、儒学与科学协调发展具有广阔前景，山西大学学报,2009（2），中国人大《科学技术哲学》2009（5）转载
3、西学东渐中的科学与儒学关系，贵州社会科学,2009（1），社会科学报2009、3、12摘要
4、利玛窦科学传播功过新论，自然辩证法研究,2011（2）
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