命门，即人体的性命之门，指生命的关键和根本。命门一词最早见于《灵枢·根结》之中，曰：“太阳根于至阴，结于命门。命门者，目也。”而自 《难经》提出 “右肾为命门”的理论之后，历代医家对命门的部位、形态及生理功能，各有发挥，解释也有许多不同。特别是明清时期，关于命门的研究更加深入。
关于命门的部位，有左肾右命门说、两肾为命门说、两肾之间为命门说等。首先从形态而言，分有形与无形之论。在《难经》中以右肾为命门；持无形之论者，如明·孙一奎则认为命门非水非火，乃 “肾间动气”，为元气发动之机，生生不息造化之机枢。从功能而言，有主火、水火共主之不同。明·赵献可认为命门即是真火，主持一身阳气。《医贯·内经十二官论》说：“余有一譬焉，譬之元宵之鳌山走马灯，拜者舞者飞者走者，无一不具，其中间唯是一火耳……夫既曰立命之门，火乃人身之至宝。”明·张介宾在 《景岳全书·传忠录·命门余义》提出：“命门为元气之根，为水火之宅。五脏之阴气，非此不能滋；五脏之阳气，非此不能发。”认为命门的功能包括了阴阳水火两方面的作用。清·陈士铎认为命门真火是各脏腑功能活动的根本。
肾与命门在部位、功能等方面皆有相同之处，故历代医家皆有肾与命门合一而论者。如隋·杨上善 《黄帝内经太素·经脉标本》：“肾为命门。”元·滑寿 《难经本义·三十六难》：“三十九难亦言左为肾，右为命门，而又云其气与肾通，是肾之两者，其实则一尔。”命门与肾同为脏腑之本、阴阳之根、水火之宅，故称肾阳即命门之火，肾阴即命门之水。古代医家之所以提出 “命门”，无非是强调肾阴肾阳在生命活动中的重要性。
不过不论是关于左肾右命门的说法、还是包含阴阳水火的说法，以及脏腑活动的根本结合实际来讲，是不符合正常人体的，相比之下目前主流的说法还是赞同赵献可的一身之阳气，而从临床实际上来看，命门火与肾阳的关系也是最为密切的，从命门火衰的用药和诊断方面无不从肾阳入手，故而通过此反推法也间接的证明了赵献可理论的正确性。
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