《素问·骨空论篇》记载了督脉的循行路线——“督脉者，起于少腹以下骨中央，女子入系廷孔，其孔，溺孔之端也，其络循阴器合篡间，绕篡后，别绕臀，至少阴与巨阳中络者合，少阴上股内后廉，贯脊属肾，与太阳起于目内眦，上额交颠，上入络脑，还出别下项，循肩髆，内夹脊抵腰中，入循膂络肾，其男子循茎下至篡，与女子等，其少腹直上者，贯脐中央，上贯心入喉，上颐环唇，上系两目之下中央”。
督脉起于小腹部横骨的中央（女子为胞宫，男子为精室），与冲、任脉同源，之后出于会阴部（在女子则系于尿道外口，在男子则循阴茎），再绕行于肛门的后面，然后绕到臀部，从尾骶骨沿着脊内上行，至项后风府穴进入颅腔中，络脑，再沿着正中线上行至头顶，循前额正中线到鼻柱下方，至龈交穴而止。分支一：从会阴分出后，到足少阴肾经与足太阳膀胱经的络脉相合，从肾经经脉经过大腿内侧后缘上行，贯穿脊柱而连于肾脏。分支二：从少腹直上，贯穿于肚脐中央，再上贯心直到咽喉，然后上行到面颊并环绕口唇，再上行进入瞳孔。分支三：在眼部，与足少阳胆经起于目内眦，上行于额，交于颠顶，内入络于脑，然后再出来分别下行至脖子，沿着肩膀，夹着脊柱向下，直到腰部，内入循脊梁骨连络于肾，在男子则循着阴茎至会阴部。分支四：从脊内分出，归属于肾。
《素问·骨空论篇》记载了督脉经脉的病变主要是：“督脉为病，脊强反折。此生病，从少腹上冲心而痛，不得前后，为冲疝。其女子不孕，癃痔遗溺嗌干。”大意是：脊背僵痛像折断了一般。少腹有气上冲而心痛，女子不孕，小便不通或淋沥点滴，痔疮，遗尿，咽喉干燥等。具体来说，邪犯督脉可出现牙关紧闭，头痛，四肢抽搐，甚则神志昏迷、发热等表现； 督脉虚衰可出现头昏头重，眩晕，健忘，耳鸣耳聋，腰脊酸软，佝楼形俯等表现。督脉阳虚可出现背脊畏寒，阳事不举，精冷薄清，遗精，女子少腹坠胀冷痛，宫寒不孕，腰膝酸软等症状。这条经络可以预防和治疗腰肌劳损、腰椎间盘突出、僵直性脊柱炎、颈椎病；小儿消化不良、头痛、发烧、中风、脱肛、失眠、多梦、记忆力减退、退行性关节炎、胆囊炎等表现。
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