《伤寒杂病论》成书以后,由于战乱频繁,在仲景逝世不久,原书便散失不全。曾任魏、晋两朝太医令的王叔和,搜集该书遗卷,并整理、重新编次。因已非原书全貌,且内容多为伤寒病的辨证论治,故更名为《伤寒论》,凡十卷二十二篇。王叔和还将《伤寒论》的内容收入其所著的《脉经》之中。唐代孙思邈撰《千金要方》时,仅引证了《伤寒论》的少数内容,尚未窥得全貌,故有“江南诸师秘仲景要方不传”的遗憾,也说明《伤寒论》确在民间流传,而且医家将其视为秘典珍藏,不轻易示人。孙氏晚年撰《千金翼方》时,才收载了《伤寒论》全书内容,载于卷九、卷十之中,今人称之为唐本《伤寒论》唐代王焘著《外台秘要》,不仅收入了《伤寒论》的内容,也收入了今本《金匮要略》的内容,王氏看到的可能是《伤寒杂病论》的另外一个传本。宋代设立校正医书局林亿、高保衡、孙奇等人校订了《伤寒论》,并在宋治平二年(公元1065年)刊行《伤寒论》。自此始有定本,此即“宋版”《伤寒论》,亦称“治平本”《伤寒论》。但宋版原刻本今已不得见到。明·赵开美在万历二十七年(公元1599年)刻有(仲景全书》一部。该书第一部分的内容即是《翻刻宋版伤寒论》,因其照宋版摹刻复刻应当是版的真面目。今称此本为“赵刻本”或“仲景全书本”。另外,金·成无己在宋版《伤寒论》的基础上全面作注,著成《注解伤寒论》,金皇统四年(公元1144年) 刊行,这是第一个注解《伤寒论》的版本,人称“成注本”或“成本”刻版本经明代汪济川校刊,又几经翻印,流传颇广。
此外宋代校正医书局还校勘刻印了《金匮玉函经》八卷,它和《伤寒论》“同体而别名”,即内容相同,而书名不同,人称“玉函本”或《伤寒论》“别本”后经清·陈世杰复制,流传至今。以上宋本、越刻本、成注本、玉函本是(伤寒论》的主要版本。在宋代,国家校正医书局还校勘刻印了《金匮要略方论》。其序中说:“翰林学士王洙在馆阁日,于蠹简中得仲景《金匮玉函要略方》三卷,上则辨伤寒,中则论杂病,下则载其方,并疗妇人。”“以其伤寒文多节略,故断自杂病以下,终于饮食禁忌,凡二十五篇,除重复合二百六十二方,勒成上中下三卷。依旧名曰《金匮方论》。”于是《金匮要略》始有定本。可见王所见蠹简,应是《伤寒杂病论》的另外一个传本,宋臣将其杂病以下部分进行了校勘刻印。自此,《伤寒杂病论》便正式被分成了《伤寒论》和《金匮要略》两书。
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