祖国医学具有悠久的历史，具备完整的理论体系。自先秦至东汉末年，由于《内经》、《难经》 、《神农本草经》、《伤寒杂病论》四部医学典籍的相继问世，标志着祖国医学理论体系的确立。祖国医学理论体系简而言之，即理、法、方、药；详而言之则有十大部分，即脏象学说、经络学说、病因学说、病机学说、诊法学说、辨证学说、治则学说、方药学说、针灸学说、摄生学说。
祖国医学至今不衰，并不断地发展和丰富，关键是这个理论体系建筑在古代朴素唯物论和朴素辩证法基础上的一门自然科学。可从以下三个方面加以剖析：
中医理论认为世界是物质的，人体本身也是物质的。气是构成自然界万物的基础，而物质是连续形的统一体。故世界的变化是物质的变化，人体的变化是气化的反映。《素问·四气调神大论》云：“天地具生，万物以荣……万物不失，生命不竭……与万物浮沉于生长之门。”本篇有七次提到“万物”二字，说明《内经》强调世界的物质性。《素问·宝命全形论》 云：“天覆地载，万物悉备，莫贵于人。”说明人是万物中最宝贵的一种物质。《素问·天元纪大论》云：“物之生，从乎化；物之极，由乎变；变化之相薄，成败之所由。”这是祖国医学理论体系的恒动观，认为物质世界处于永恒的运动状态。
《内经》认为“气”是构成物质的最小单位，是元初物质，由于气的变化而形成自然界所有的物质。故《素问·天元纪大论》云：“在天为气，在地成形，形气相感，而化生万物。”《内经》认为“气”是构成自然界万 物本源的思想和认识论，是继承先秦气一无论的唯物主义观点。精气学说可上溯到老子的“道”这个最高的哲学范畴。大约到战国中期，稷下黄老道家的宋尹学派（宋钘、尹文）继承了老子关于“精气”学说的这个合理内核，而向唯物主义方面发展。认为精气是构成万物的本源，这一学说比《周易》的阴阳说，《洪范》的五行说的元素论，更有利于说明宇宙万物的物质性和统一性。所以，祖国医学借用古代朴素唯物的精气学说，来阐明脏腑、经络、病因、病机、诊断、治疗等理论。故精气学说已融化于中医理论体系中，成为中医理论的认识论。
阴阳学说是古代朴素的辩证法。早在西周末年就有“伯阳父论地震”的记载。《国语·周语》云：“夫天地之气，不失其序，若过其序，民乱之也。阳伏而不能出，阴迫而不能烝，于是有地震。”这是最早记载阴阳的文献。在医疗方面，《左传·昭公元年》有'秦和论六气”的记载，其曰：“六气曰阴阳风雨晦明……阴淫寒疾、阳淫热疾……这是古人第一次用阴阳学说解释病理现象。《易传·系辞》对阴阳学说作了全面而系统的总结。认为宇宙间一切事物变化的原因，是阴阳、刚柔、动静两个相反势力的“相推”、“相摩'的结果。《内经》一书，借用了这一古代朴素的辩证法思想作为方法论，以说明祖国医学理论体系的各个部分，成为中医理论体系的思想核心。
五行学说是古代朴素的唯物论。早在西周末年就有“史伯论五材”的记载。《国语·郑语》中记载：“故先王以土与金木水火杂以成百物。”是说自然界一切事物都是由金、木、水、火、土这五种元素组成的。《尚书·洪范》对五行学说作了系统的总结。其谓：“初一曰五行。一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土；水性润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从革，土爰稼穑；润下作咸，炎上作苦，曲直作酸，从革作辛，稼穑作甘”。以五行为核心，在自然界则有五方、五时、五色、五音等，在人体则有五脏、五体、五窍、五液、五华等，形成了一个统一的整体。自然界是个大天地，人体则是一个小天地，人和自然界息息相关。这种整体观念，是祖国医学理论体系的特点之一。
总之，精气学说是中医的认识论。阴阳和五行学说是中医理论的方法论。正如范文澜所说：“阴阳是朴素的辩证法，五行是朴素的唯物论。”但是，阴阳和五行学说，它的内涵具有唯物辩证法的因素，但毕竟是朴素的，所以有一定的局限性，不能更科学地、更深刻地揭示一切事物的本质联系或一般规律。只能用以说明自然方面，不能说明社会问题。由于祖国医学理论体系形成较早，借用古代朴素的认识论和方法论来说明其理论体系，这显然是一种科学的，进步的方法。
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