体外震波碎石虽为门诊微创治疗，但如果适应证把握不好、术前准备不充分、单次碎石能量过高、两次震波碎石间隔时间过短、碎石总次数过多、术后未遵医嘱休息和复发随访等，体外震波碎石也会产生血尿、肾绞痛、石街、泌尿系感染及肾损伤等并发症。
血尿
（1）血尿：经体外震波碎石术治疗后，几乎所有的患者皆有程度各不相同的血尿。血尿的发生是因为冲击波损伤了肾盂和输尿管黏膜的血管，或者是结石撞击损伤黏膜而导致的。结石被击碎之后，碎石随着尿液排出的过程中，若划破了输尿管黏膜，同样也会诱发血尿。大部分患者为轻微的血尿或者是镜下血尿，通过多饮水增加尿量，并不需要特殊处理便会自行停止。但是，如果患者发生持续的较严重的血尿，则应及时就医并做进一步检查和治疗。
肾绞痛
（2）肾绞痛：体外震波后，一方面冲击波可能损伤输尿管引起输尿管水肿、出血和痉挛等，另一方面碎石排出过程中可能造成输尿管梗阻从而导致肾绞痛的发生。碎石过程中出现疼痛，可降低碎石工作电压，或暂停震波碎石，等患者疼痛缓解之后再进行碎石。如果震波碎石后出现轻微疼痛，可口服布洛芬（芬必得）、塞来昔布（西乐葆）或者肛塞消炎痛栓之类的镇痛类药，严重的肾绞痛需要至医院就诊。
震波碎石术后形成的石街
（3）石街：体外震波后，大量碎石颗粒在输尿管内堆积导致“石街”形成。石街形成后，结石数量从一颗变为多颗，往往引起肾绞痛和肾积水，需要及时手术解除梗阻并清除结石，反而增加了治疗难度。出现石街并发症的主要原因是结石过大，这也是临床上推荐直径1cm左右结石是震波碎石的最佳适应证的原因之一。对石街的防治，必须在体外震波碎石术之前做好评估，并制订好分期碎石方案，再依据碎石的具体情况对患者进行体位、运动、饮水及辅助排石药物等方面的指导。
（4）尿路感染：在体外震波碎石的过程中，感染性结石里和震波碎石后石头碎块会释放大量细菌和炎性介质，加之碎石梗阻于输尿管引起肾盂高压、冲击波引起的肾组织损伤等因素，细菌和炎性介质可经过损伤黏膜快速进入血液，诱发尿路感染。绝大部分患者症状较轻，口服抗生素就可好转，极少数可出现高热甚至尿源性脓毒血症，尿源性脓毒血症病情进展较快，可继发感染性休克，甚至死亡，需要高度重视并积极治疗。对此，进行体外震波碎石术之前，应常规进行尿常规化验，若发现合并尿路感染者，应选用敏感抗生素抗感染治疗，有效控制感染之后再做震波碎石治疗。震波碎石术后，可酌情短期口服抗生素预防感染，同时嘱患者多饮水、多运动，减少术后尿路感染并促进碎石排出。
（5）肾输尿管损伤和周围血肿：冲击波可能导致肾输尿管损伤，少数患者可出现肾周血肿和输尿管狭窄等并发症。
（6）其他比较少见的并发症有：心律失常，最严重的可能导致心脏骤停，肺部损伤导致咯血，消化道损伤导致呕血和便血等。
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