(1)0.5%鬼臼毒素酊或0.15%鬼臼毒素乳膏（证据等级 A）：是从小檗科鬼臼属植物中提取到的木脂类抗肿瘤成分。用于男、女外生殖器及肛门周围部位的尖锐湿疣。涂药前清洗患处、擦干，将药物涂遍疣体，避免药液接触正常皮肤和黏膜，每日用药2次，连续3天，停药观察4天为1个疗程。如病灶尚有残留可重复1个疗程，但最多不超过3个疗程。注意局部刺激反应，在用药1~4小时后彻底清洗。对柔软、非角化增生性的较小皮损效果佳。
(2)5%咪喹莫特乳膏（证据等级 A）：将药物涂于疣体上，隔夜一次，每周3次，用药6~10小时后彻底清洗用药部位，最长可用至16周。
(3)其他外用药物：茶多酚软膏（证据等级A，我国尚未上市）、80%~90%三氯醋酸（证据等级A）、皮损内注射干扰素（证据等级A）、5-氟尿嘧啶（证据等级 A）、中药（含鸦胆子、苦参、金银花、大青叶、白花蛇舌草、蛇床子等成分的复方外用药物，尚缺乏高质量证据）等，其中三氯醋酸对胎儿无明显不良反应，是目前唯一能用于治疗孕期CA的药物。
(1)冷冻治疗（证据等级A）：利用液氮低温直接破坏疣体，1次/周，直至疣体消退，可能出现局部组织水肿、疼痛等不良反应，适用于大多数浅表疣体，禁用于腔体部位。
(2)电离子和高频电刀（证据等级A）：通过电流产生热量破坏或切割疣体，治疗时注意深度，防止瘢痕形成。
(3)CO₂激光治疗（证据等级A）：治疗者需佩戴医用外科口罩防止气溶胶吸入，激光治疗利用红外线光束产生的热量破坏组织。
(4)其他物理治疗：微波治疗、温热治疗（缺乏高质量证据）等。
手术切除适用于数量少、带蒂或体积较大的疣，可在局麻下行切除术或剪切术，同时辅以电灼去除较小皮损、控制出血，对肛门周围的疣疗效较好。手术切除的清除率为89%~100%，复发率为19%~29%。
疣体和周围1cm皮肤外用10%~20%浓度的光敏剂5-氨基酮戊酸，再用红光（630~635nm）照射治疗。通过光化学反应产生的单线态氧破坏组织。治疗1次/周，初发病例3~4次为一个疗程。
鉴于各种治疗均有一定的复发率，临床中经常联合多重方法治疗。最初使用局部物理或手术方法均可提高局部药物治疗的渗透性。
针对亚临床感染期患者，可给予相应的激光、冷冻、局部外用药物治疗或光动力疗法。潜伏期感染患者因无有效针对HPV病毒的药物，可暂不处理。
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